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- PDB-8c0j: Structure of AmiB enzymatic domain bound to the EnvC LytM domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c0j
タイトルStructure of AmiB enzymatic domain bound to the EnvC LytM domain
要素
  • Murein hydrolase activator EnvC
  • N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
キーワードHYDROLASE / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / peptidoglycan catabolic process / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Ami_3 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase, catalytic domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / Peptidase M23 / Peptidase family M23 / Duplicated hybrid motif
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Murein hydrolase activator EnvC / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
類似検索 - 構成要素
生物種Citrobacter rodentium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.381 Å
データ登録者Crow, A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/V017101/1 英国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Activator-induced conformational changes regulate division-associated peptidoglycan amidases.
著者: Cook, J. / Baverstock, T.C. / McAndrew, M.B.L. / Roper, D.I. / Stansfeld, P.J. / Crow, A.
履歴
登録2022年12月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
B: Murein hydrolase activator EnvC
C: N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,6337
ポリマ－67,3133
非ポリマー3214
水00
1
A: N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
B: Murein hydrolase activator EnvC
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, EnvC lytm domain and AmiB enzymatic domain were co-purified by IMAC with tag only on EnvC, they stay together on gel filtration. These proteins have also been shown to ...根拠: gel filtration, EnvC lytm domain and AmiB enzymatic domain were co-purified by IMAC with tag only on EnvC, they stay together on gel filtration. These proteins have also been shown to interact by Bacterial 2-hybrid assay and the interface has been confirmed using site-directed mutagenesis to break the interaction.
  • 41.9 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8874
ポリマ－41,7272
非ポリマー1602
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7463
ポリマ－25,5861
非ポリマー1602
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)237.363, 237.363, 237.363
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number214
Space group name H-MI4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-502-

PO4

21A-502-

PO4

31C-502-

PO4

41C-502-

PO4

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 190 - 421 / Label seq-ID: 2 - 233

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
要素

#1: タンパク質 N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase


分子量: 25585.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Citrobacter rodentium (バクテリア)
遺伝子: amiB, E2R62_12775 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43
参照: UniProt: A0A482PQR2, N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
#2: タンパク質 Murein hydrolase activator EnvC


分子量: 16141.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Citrobacter rodentium (バクテリア)
遺伝子: envC, E2R62_17750 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: A0A482PID1
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.28 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Na Phosphate pH7.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.38→59.34 Å / Num. obs: 16294 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 78.2 % / Biso Wilson estimate: 81 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 3.38→3.65 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 3305 / CC1/2: 0.939 / Rpim(I) all: 0.686

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in silico model

解像度: 3.381→50.005 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.891 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / SU B: 26.314 / SU ML: 0.383 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.517 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2909 817 5.074 %
Rwork0.2492 15286 -
all0.251 --
obs-16103 98.967 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 119.898 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.381→50.005 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4045 0 12 0 4057
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0124137
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0163755
X-RAY DIFFRACTIONr_ext_dist_refined_b0.0070.01333
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4051.6455600
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4961.5638731
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4075523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg8.99540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.89510669
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg13.74610195
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2607
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024852
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02824
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2480.21084
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1970.23939
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.22004
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0840.22404
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1970.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1020.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1520.222
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1620.282
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2620.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it12.0212.2092107
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other12.01812.2092107
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it17.81218.3582625
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other17.80918.362626
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it10.90112.6372030
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other10.91312.6492023
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it17.07618.7252975
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other17.10118.7422964
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it22.52161.9895029
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other22.518162.0045030
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0990.056298
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.099260.05009
12AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.099260.05009
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection all% reflection obs (%)WRfactor Rwork
3.381-3.4680.373680.35910840.359115599.74030.358
3.468-3.5630.348450.37510930.374114099.82460.373
3.563-3.6660.654520.6459390.645112688.01070.678
3.666-3.7780.364500.29910210.302107699.53530.288
3.778-3.9010.344640.3039880.306105699.62120.283
3.901-4.0370.248590.2499660.24910251000.227
4.037-4.1880.296510.2179320.2219831000.191
4.188-4.3580.231410.1758900.17793499.67880.151
4.358-4.550.219440.158820.15492899.78450.126
4.55-4.7710.205360.1458360.1488721000.123
4.771-5.0260.265390.1928010.1968401000.165
5.026-5.3280.224380.1997660.20180599.87580.172
5.328-5.6910.363370.2277120.2337491000.196
5.691-6.140.277320.1796580.18369199.85530.153
6.14-6.7160.282340.1816330.18566899.85030.158
6.716-7.4920.237320.1945590.1965911000.176
7.492-8.6190.21240.2155080.2155321000.199
8.619-10.4780.307380.2214310.2274691000.211
10.478-14.5030.251180.2713550.273731000.261
14.503-50.0050.366150.5082320.4992471000.491

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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