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- PDB-8c0h: Crystal structure of guanidinase from Nitrospira inopinata -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c0h
タイトルCrystal structure of guanidinase from Nitrospira inopinata
要素Putative agmatinase 2アグマチナーゼ
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / comammox / guanidine (グアニジン) / guanidinase / complete ammonia oxidizer
機能・相同性
機能・相同性情報


アグマチナーゼ / agmatinase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ureohydrolase, manganese-binding site / Arginase family signature. / Ureohydrolase / Arginase family / Arginase family profile. / Ureohydrolase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Putative agmatinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Candidatus Nitrospira inopinata (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Puehringer, D.
資金援助 オーストリア, European Union, 4件
組織認可番号国
Vienna Science and Technology Fund (WWTF)FA705009 オーストリア
Christian Doppler ForschungsgesellschaftFA743017 オーストリア
University of Vienna Research Platform Comammox326300 オーストリア
European Regional Development FundFA263001European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Growth of complete ammonia oxidizers on guanidine
著者: Palatinszky, M. / Herbold, C.W. / Sedlacek, C.J. / Puehringer, D. / Wasmund, K. / Nielsen, P.H. / Dueholm, M.S. / Jehmlich, N. / Grusek, R. / Kostan, J. / Krasnici, N. / Palmetzhofer, J. / ...著者: Palatinszky, M. / Herbold, C.W. / Sedlacek, C.J. / Puehringer, D. / Wasmund, K. / Nielsen, P.H. / Dueholm, M.S. / Jehmlich, N. / Grusek, R. / Kostan, J. / Krasnici, N. / Palmetzhofer, J. / Hofmann, T. / Zumstein, M. / Djinovic-Carugo, K. / Daims, H. / Wagner, M.
履歴
登録2022年12月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative agmatinase 2
B: Putative agmatinase 2
C: Putative agmatinase 2
D: Putative agmatinase 2
E: Putative agmatinase 2
F: Putative agmatinase 2
G: Putative agmatinase 2
H: Putative agmatinase 2
I: Putative agmatinase 2
J: Putative agmatinase 2
K: Putative agmatinase 2
L: Putative agmatinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)504,31260
ポリマ－500,59712
非ポリマー3,71448
水50,8922825
1
A: Putative agmatinase 2
B: Putative agmatinase 2
C: Putative agmatinase 2
D: Putative agmatinase 2
E: Putative agmatinase 2
F: Putative agmatinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)252,15630
ポリマ－250,2996
非ポリマー1,85724
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: Putative agmatinase 2
H: Putative agmatinase 2
I: Putative agmatinase 2
J: Putative agmatinase 2
K: Putative agmatinase 2
L: Putative agmatinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)252,15630
ポリマ－250,2996
非ポリマー1,85724
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.965, 164.791, 143.965
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Putative agmatinase 2 / アグマチナーゼ


分子量: 41716.457 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Nitrospira inopinata (バクテリア)
遺伝子: speB, NITINOP_1173 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0S4KUT0, アグマチナーゼ
#2: 化合物...
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル


分子量: 58.693 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2825 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.55 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.5 M (NH4)2SO4, 0.1 M Na3 Citrate pH 5.6, 1 M Li2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月14日 / 詳細: Vertical CRL / Horizontal Eliptical mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→45.01 Å / Num. obs: 583936 / % possible obs: 92.89 % / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 22.07 Å2 / CC1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1064 / Rpim(I) all: 0.07673 / Rrim(I) all: 0.141 / Net I/σ(I): 4.66
反射 シェル解像度: 1.58→1.636 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 1.191 / Mean I/σ(I) obs: 0.56 / Num. unique obs: 53686 / CC1/2: 0.256 / CC star: 0.639 / Rpim(I) all: 0.9081 / Rrim(I) all: 1.506 / % possible all: 85.24

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1-4478精密化
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.58→45.01 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2145 2001 0.34 %
Rwork0.1997 --
obs0.1997 583178 92.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→45.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数34261 0 144 2825 37230
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.58-1.620.41971310.372637366X-RAY DIFFRACTION83.7
1.62-1.660.39221350.350940526X-RAY DIFFRACTION91.1
1.66-1.710.36891490.328942202X-RAY DIFFRACTION94.5
1.71-1.770.35281460.299142090X-RAY DIFFRACTION94.4
1.77-1.830.28941440.280742203X-RAY DIFFRACTION95.1
1.83-1.90.26671410.249342424X-RAY DIFFRACTION95.1
1.9-1.990.26971510.222642652X-RAY DIFFRACTION95.7
1.99-2.10.21051530.203243029X-RAY DIFFRACTION96.4
2.1-2.230.19641440.186142663X-RAY DIFFRACTION95.6
2.23-2.40.21391490.174942147X-RAY DIFFRACTION94.2
2.4-2.640.17921420.171542398X-RAY DIFFRACTION94.9
2.64-3.020.17871390.176341571X-RAY DIFFRACTION92.9
3.02-3.810.17541460.175340799X-RAY DIFFRACTION90.9
3.81-45.010.19021310.178339104X-RAY DIFFRACTION86.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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