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- PDB-8c0e: The lipid linked oligosaccharide polymerase Wzy and its regulatin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c0e
タイトルThe lipid linked oligosaccharide polymerase Wzy and its regulating co-polymerase Wzz form a complex in vivo and in vitro
要素ECA polysaccharide chain length modulation protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / enterobacterial common antigen / lipopolysaccharide / Wzx/Wzy pathway / polysaccharide polymerase / polysaccharide co-polymerase
機能・相同性ECA polysaccharide chain length modulation protein WzzE / enterobacterial common antigen biosynthetic process / Polysaccharide chain length determinant N-terminal domain / Chain length determinant protein / : / protein tyrosine kinase activity / plasma membrane / ECA polysaccharide chain length modulation protein
機能・相同性情報
生物種Pectobacterium atrosepticum (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Weckener, M. / Woodward, L.S. / Clarke, B.R. / Liu, H. / Ward, P.N. / Le Bas, A. / Bhella, D. / Whitfield, C. / Naismith, J.H.
資金援助 英国, カナダ, 4件
組織認可番号国
Wellcome Trust20289/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust100209/Z/12/Z 英国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)FDN-2016-148364 カナダ
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UU_12014/7 英国
引用ジャーナル: Open Biol / 年: 2023
タイトル: The lipid linked oligosaccharide polymerase Wzy and its regulating co-polymerase, Wzz, from enterobacterial common antigen biosynthesis form a complex.
著者: Miriam Weckener / Laura S Woodward / Bradley R Clarke / Huanting Liu / Philip N Ward / Audrey Le Bas / David Bhella / Chris Whitfield / James H Naismith /
要旨: The enterobacterial common antigen (ECA) is a carbohydrate polymer that is associated with the cell envelope in the . ECA contains a repeating trisaccharide which is polymerized by WzyE, a member of ...The enterobacterial common antigen (ECA) is a carbohydrate polymer that is associated with the cell envelope in the . ECA contains a repeating trisaccharide which is polymerized by WzyE, a member of the Wzy membrane protein polymerase superfamily. WzyE activity is regulated by a membrane protein polysaccharide co-polymerase, WzzE. Förster resonance energy transfer experiments demonstrate that WzyE and WzzE from form a complex , and immunoblotting and cryo-electron microscopy (cryo-EM) analysis confirm a defined stoichiometry of approximately eight WzzE to one WzyE. Low-resolution cryo-EM reconstructions of the complex, aided by an antibody recognizing the C-terminus of WzyE, reveals WzyE sits in the central membrane lumen formed by the octameric arrangement of the transmembrane helices of WzzE. The pairing of Wzy and Wzz is found in polymerization systems for other bacterial polymers, including lipopolysaccharide O-antigens and capsular polysaccharides. The data provide new structural insight into a conserved mechanism for regulating polysaccharide chain length in bacteria.
履歴
登録2022年12月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ECA polysaccharide chain length modulation protein
B: ECA polysaccharide chain length modulation protein
C: ECA polysaccharide chain length modulation protein
D: ECA polysaccharide chain length modulation protein
E: ECA polysaccharide chain length modulation protein
F: ECA polysaccharide chain length modulation protein
G: ECA polysaccharide chain length modulation protein
H: ECA polysaccharide chain length modulation protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)316,3748
ポリマ－316,3748
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
ECA polysaccharide chain length modulation protein


分子量: 39546.781 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pectobacterium atrosepticum (バクテリア)
遺伝子: wzzE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6CZE3

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: WzzE from Pectobacterium atrosepticum / タイプ: COMPLEX / 詳細: Polysaccharide polymerase co-factor / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Pectobacterium atrosepticum (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: C43
緩衝液pH: 8
詳細: 50 mM phosphate buffer, pH 8, 200 mM NaCl, 0.026% (w/v) DDM
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: This membrane protein was purified in the presence of DDM
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: Quantifoil R2/2 400 mesh grids were glow-discharged in the presence of pentyl-amine to drive protein into the ice.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 8.5 sec. / 電子線照射量: 85 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2347
画像スキャン動画フレーム数/画像: 20

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_4788: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9RELION3.1初期オイラー角割当
10RELION3.1最終オイラー角割当
12RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 464832
対称性点対称性: C4 (4回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 190490 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 詳細: Relion 3.1 AutoRefine / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
詳細: The model was built into a density modified map - processed using DeepEMhancer
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00418737
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.70225359
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.582564
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0392771
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0083323

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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