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- PDB-8c05: LOV-activated diguanylate cyclase, dark-state structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c05
タイトルLOV-activated diguanylate cyclase, dark-state structure
要素Sensor domain-containing diguanylate cyclase
キーワードFLAVOPROTEIN / LOV / GGDEF / c-di-GMP / FMN / linker
機能・相同性
機能・相同性情報


diguanylate cyclase / negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / diguanylate cyclase activity / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / nucleotide binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / Nucleotide cyclase / PAC motif ...: / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / Nucleotide cyclase / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Beta-Lactamase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIPHOSPHATE / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / diguanylate cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Methylotenera sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Vide, U. / Winkler, A.
資金援助 オーストリア, 2件
組織認可番号国
Austrian Science FundP34387 オーストリア
Austrian Science FundDOC 130 doc.funds オーストリア
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Illuminating the inner workings of a natural protein switch: Blue-light sensing in LOV-activated diguanylate cyclases.
著者: Vide, U. / Kasapovic, D. / Fuchs, M. / Heimbock, M.P. / Totaro, M.G. / Zenzmaier, E. / Winkler, A.
履歴
登録2022年12月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月23日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor domain-containing diguanylate cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8974
ポリマ－36,2421
非ポリマー6553
水00
1
A: Sensor domain-containing diguanylate cyclase
ヘテロ分子

A: Sensor domain-containing diguanylate cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,7938
ポリマ－72,4842
非ポリマー1,3096
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.350, 56.350, 318.040
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6

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要素

#1: タンパク質 Sensor domain-containing diguanylate cyclase


分子量: 36242.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methylotenera sp. (バクテリア) / 遺伝子: CTY33_01890 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2S5LZS0
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-DPO / DIPHOSPHATE / ジホスファ-ト


分子量: 173.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.1 % / 解説: bipyramid-like crystals
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Sodium formate, 0.1 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1 M Sodium oxamate, 0.1 M Sodium HEPES; MOPS (acid), pH ...詳細: 0.1 M Sodium formate, 0.1 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1 M Sodium oxamate, 0.1 M Sodium HEPES; MOPS (acid), pH 7.5, 20% v/v Glycerol; 10% w/v PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.03312 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月16日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03312 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 11310 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 80.05 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 27.21
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 5.36 % / Mean I/σ(I) obs: 4.39 / Num. unique obs: 1202 / CC1/2: 0.993 / Rrim(I) all: 0.82 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487モデル構築
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDS1.02データ削減
XSCALEVERSION Feb 5, 2021 BUILT=20210323データスケーリング
PHASER1.20.1_4487位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→48.8 Å / SU ML: 0.3039 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 41.1624
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2978 558 5 %
Rwork0.2547 10595 -
obs0.2569 11153 98.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 114.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2433 0 41 0 2474
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00152518
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.39333416
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0382385
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0023435
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.0939927
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.750.41781330.3182501X-RAY DIFFRACTION97.09
2.75-3.150.38311340.34112572X-RAY DIFFRACTION97.87
3.15-3.970.36111390.29372634X-RAY DIFFRACTION99.14
3.97-48.80.24961520.22312888X-RAY DIFFRACTION99.77
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.03428848330.8914728929564.394096765797.984156437772.469973877865.922351196721.37394000609-0.597904766312-2.316761317661.48316477511-0.630513684717-2.777000224572.582325896450.818262642459-0.2820095230411.968873712670.663746937992-0.009250321555681.400108415210.1538907531311.080332761821.5636785399-3.731202026133.58278469184
23.78846191886-0.3563819424850.3546897233123.691798695140.7260551190231.97054867913-0.3818374628160.300602893688-0.0273295664491-0.332819928080.3161176139660.07272713353860.6999299335650.1569151315190.02267648323961.56881214498-0.1083394686840.07824260553010.543792395715-0.01058136609260.8193530862879.94091460494-6.05570979632-13.6689804265
32.49265326513-0.09436715447612.626633925860.142213202941-0.06861541037513.034882708780.987170050314-2.038074297851.347857106971.10785922969-0.3539293578730.9644776565370.6831470038940.253826736101-0.7437007210021.709911911480.08432894436350.2341818860222.52839399428-0.6687852509391.5354504455228.34287100394.51104842391-15.3336548756
42.55852312331-1.824584181780.6011845193833.29467643153-0.2517092805683.079591685570.0136053328615-0.487969202393-0.5437252831730.2099567999790.1478960987310.821806291234-0.505577878682-0.275120369028-0.1969124237451.44474166991-0.0279333471650.1274336473310.4681057920110.01831357621120.893615957609-5.307328372866.90156759955-2.71394273703
53.687683509711.16089949170.9324947640481.609782022770.3409223428911.84203678878-0.4027784609150.411430476259-0.003207878000390.07622715083430.21408063840.147123025557-0.663107517646-0.2143450486970.187817788981.67129969043-0.383727874427-0.0865342265290.3277518645930.1003046362260.893750061568-1.8675806405116.9975792723-16.3198612428
63.98292748707-1.238175219530.001833369786654.970451184990.07898985108583.07568434513-0.5377262970670.4247147242230.8566863491170.7603228430020.522925695092-0.106517705516-0.6891428901590.7507311613160.1624175275961.67583608556-0.40381656774-0.2678899612060.3786705147710.2106575709921.052301593945.0182246088125.1985510769-16.2165751673
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 4 through 14 )A4 - 141 - 11
22chain 'A' and (resid 15 through 103 )A15 - 10312 - 100
33chain 'A' and (resid 104 through 110 )A104 - 110101 - 107
44chain 'A' and (resid 111 through 161 )A111 - 161108 - 154
55chain 'A' and (resid 162 through 275 )A162 - 275155 - 268
66chain 'A' and (resid 276 through 402 )A - C276 - 402269

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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