PDB-8bzx: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase from Klebsiella pneumonia...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bzx

タイトル

1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase from Klebsiella pneumoniae (kpDXPS),co-crystal with thiamine monophosphate analog

要素

1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase

キーワード

TRANSFERASE / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase / Klebsiella pneumoniae / thiamine monophosphate

機能・相同性

機能・相同性情報

1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate biosynthetic process / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase activity / thiamine biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Hamid, R.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Bioorg.Chem. / 年: 2023
タイトル: Design of thiamine analogues for inhibition of thiamine diphosphate (ThDP)-dependent enzymes: Systematic investigation through Scaffold-Hopping and C2-Functionalisation.
著者: Chan, A.H.Y. / Ho, T.C.S. / Irfan, R. / Hamid, R.A.A. / Rudge, E.S. / Iqbal, A. / Turner, A. / Hirsch, A.K.H. / Leeper, F.J.

履歴

登録	2022年12月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bzx.cif.gz	522.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bzx.ent.gz	361.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bzx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/8bzx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/8bzx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (7) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (4) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase

B: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase

ヘテロ分子

127 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.249, 150.969, 142.145
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase / 1-deoxyxylulose-5-phosphate synthase / DXP synthase / DXPS 分子量: 63254.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: dxs_3, dxs, ETE82_13950 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A486V6R5, UniProt: A0A483FYN3, 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase
#2: 化合物	ChemComp-SW6 / 2-[4-[(4-azanyl-2-methyl-pyrimidin-5-yl)methyl]-3-methyl-5-propanoyl-thiophen-2-yl]ethyl dihydrogen phosphate 分子量: 399.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₂N₃O₅PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.35 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 200 mM MgCl2, 100 mM HEPES pH 7.5 and 18% PEG8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 273.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.8856 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→46.79 Å / Num. obs: 80381 / % possible obs: 99.84 % / 冗長度: 2.1 % / B_iso Wilson estimate: 34.97 Å² / R_merge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 3
反射シェル	解像度: 2.05→2.123 Å / R_merge(I) obs: 0.238 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / Num. unique obs: 7953

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHASER	1.20.1_4487	位相決定
PHASER	1.20.1_4487	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.05→46.79 Å / SU ML: 0.3124 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.0892
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2641	3953	4.92 %
R_work	0.2171	76321	-
obs	0.2194	80274	99.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→46.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8494	0	55	230	8779

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0071	8725
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8181	11834
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0521	1323
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0083	1539
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.5762	1212

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.08	0.4578	138	0.4571	2662	X-RAY DIFFRACTION	98.73
2.08-2.1	0.4356	150	0.4157	2680	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.1-2.13	0.4225	127	0.3791	2731	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.13-2.16	0.4285	140	0.3637	2685	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.16-2.19	0.3864	144	0.3454	2712	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.19-2.22	0.3413	128	0.3232	2689	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.22-2.26	0.3806	126	0.3077	2725	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.26-2.29	0.3425	173	0.2948	2693	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.29-2.33	0.3521	126	0.2912	2691	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.33-2.38	0.3447	137	0.2773	2698	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.38-2.42	0.3375	141	0.2676	2714	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.42-2.47	0.2993	124	0.2603	2732	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.47-2.52	0.3157	126	0.2494	2729	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.52-2.58	0.3562	143	0.2604	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.65	0.3215	147	0.2602	2702	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.65-2.72	0.3473	154	0.2422	2704	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.72-2.8	0.2415	150	0.2313	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.89	0.2931	168	0.2123	2677	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.89-2.99	0.2308	142	0.2128	2731	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.99-3.11	0.2635	147	0.2154	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.25	0.3015	147	0.2093	2719	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.25-3.43	0.2599	123	0.2131	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
3.43-3.64	0.2617	127	0.1965	2741	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.64-3.92	0.2147	142	0.1819	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
3.92-4.32	0.1969	141	0.1646	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
4.32-4.94	0.1943	150	0.1548	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
4.94-6.22	0.2034	151	0.174	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
6.22-46.79	0.2111	141	0.1707	2922	X-RAY DIFFRACTION	99.67

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 40.531249333 Å / Origin y: 34.7358288456 Å / Origin z: 76.2107094437 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.232982986448 Å²	-0.0464779661808 Å²	-0.00425175341566 Å²	-	0.572452271358 Å²	-0.0102001223328 Å²	-	-	0.268869273665 Å²
L	0.831536214721 °²	-0.00422160175566 °²	-0.0424538996783 °²	-	0.302733271579 °²	-0.00048335381453 °²	-	-	0.928261813382 °²
S	-0.0164860906599 Å °	-0.069488858847 Å °	-0.0369572322697 Å °	0.037483445115 Å °	0.011286861492 Å °	0.00157201859838 Å °	0.0287839705705 Å °	-0.0153061794454 Å °	0.00120628470685 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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