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- PDB-8bzp: JNK3 (Mitogen-activated protein kinase 10) in Complex with Compou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bzp
タイトルJNK3 (Mitogen-activated protein kinase 10) in Complex with Compound 23 bearing a C(sp3)F2Br moiety
要素Mitogen-activated protein kinase 10
キーワードTRANSFERASE / Fragment / CF2X / CF2Br / Halogen Bond
機能・相同性
機能・相同性情報


JUN kinase activity / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Fc-epsilon receptor signaling pathway / MAP kinase kinase activity / response to light stimulus / mitogen-activated protein kinase / JNK cascade / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / FCERI mediated MAPK activation / regulation of circadian rhythm ...JUN kinase activity / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Fc-epsilon receptor signaling pathway / MAP kinase kinase activity / response to light stimulus / mitogen-activated protein kinase / JNK cascade / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / FCERI mediated MAPK activation / regulation of circadian rhythm / cellular senescence / rhythmic process / Oxidative Stress Induced Senescence / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / signal transduction / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, JNK / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Chem-C15 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-SWM / Mitogen-activated protein kinase 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Stahlecker, J. / Vaas, S. / Stehle, T. / Boeckler, F.M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Principles and Applications of CF 2 X Moieties as Unconventional Halogen Bond Donors in Medicinal Chemistry, Chemical Biology, and Drug Discovery.
著者: Vaas, S. / Zimmermann, M.O. / Schollmeyer, D. / Stahlecker, J. / Engelhardt, M.U. / Rheinganz, J. / Drotleff, B. / Olfert, M. / Lammerhofer, M. / Kramer, M. / Stehle, T. / Boeckler, F.M.
履歴
登録2022年12月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月23日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 10
B: Mitogen-activated protein kinase 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,23425
ポリマ－84,1192
非ポリマー3,11523
水5,170287
1
A: Mitogen-activated protein kinase 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,54613
ポリマ－42,0601
非ポリマー1,48712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mitogen-activated protein kinase 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,68812
ポリマ－42,0601
非ポリマー1,62811
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)109.797, 155.376, 43.960
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 10 / MAP kinase 10 / MAPK 10 / MAP kinase p49 3F12 / Stress-activated protein kinase 1b / SAPK1b / ...MAP kinase 10 / MAPK 10 / MAP kinase p49 3F12 / Stress-activated protein kinase 1b / SAPK1b / Stress-activated protein kinase JNK3 / c-Jun N-terminal kinase 3


分子量: 42059.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK10, JNK3, JNK3A, PRKM10, SAPK1B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P53779, mitogen-activated protein kinase

-
非ポリマー , 8種, 310分子

#2: 化合物 ChemComp-SWM / 2-bromanyl-2,2-bis(fluoranyl)-~{N}-(5-pyridin-4-yl-1,3,4-thiadiazol-2-yl)ethanamide


分子量: 335.128 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H5BrF2N4OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-C15 / N-DODECYL-N,N-DIMETHYL-3-AMMONIO-1-PROPANESULFONATE / N-ドデシル-N,N-ジメチル-1-アンモニオ-3-プロパンスルホナ-ト


分子量: 336.554 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H38NO3S
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.81 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: Protein was concentrated to 7-9 mg/ml and incubated with (final conc.): 1mM AMP-PCP, 0.4 mM Zwittergent and 10% EG. Protein was mixed 2+2 ul with mother liquor containing: 100 mM BisTris ...詳細: Protein was concentrated to 7-9 mg/ml and incubated with (final conc.): 1mM AMP-PCP, 0.4 mM Zwittergent and 10% EG. Protein was mixed 2+2 ul with mother liquor containing: 100 mM BisTris pH=6, PEG3350 27% and NaCl 200 mM

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9188 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9188 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→50 Å / Num. obs: 63868 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 45.7 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 13.95
反射 シェル解像度: 1.86→1.97 Å / 冗長度: 13.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.05 / Num. unique obs: 10233 / CC1/2: 0.54 / Rrim(I) all: 2.5 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4x21

4x21


解像度: 1.86→46.84 Å / SU ML: 0.2807 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.6467
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2162 1501 2.35 %
Rwork0.1894 62355 -
obs0.19 63856 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→46.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5259 0 172 287 5718
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00845664
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93567683
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0602853
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081973
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3382096
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.86-1.920.40931360.39735642X-RAY DIFFRACTION99.86
1.92-1.990.31491340.29395580X-RAY DIFFRACTION99.84
1.99-2.070.31491350.23285634X-RAY DIFFRACTION99.78
2.07-2.160.24871350.21415609X-RAY DIFFRACTION99.77
2.16-2.280.24851350.20765575X-RAY DIFFRACTION98.75
2.28-2.420.22791340.18455588X-RAY DIFFRACTION98.6
2.42-2.610.25941370.18455666X-RAY DIFFRACTION99.71
2.61-2.870.21781360.19075668X-RAY DIFFRACTION99.73
2.87-3.280.24281370.19345681X-RAY DIFFRACTION99.08
3.28-4.140.16781380.1675748X-RAY DIFFRACTION99.27
4.14-46.840.19451440.17675964X-RAY DIFFRACTION98.66
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8410254201160.652596307470.1334028880430.54086462871-0.101055554371.09312261328-0.1688212389960.05079239690650.266431792684-0.09637098943590.0165601372085-0.02351827387540.2441452755460.0771313039860.0001729031562450.4933351233680.01556157332340.01253663679540.496123936558-0.05409549682220.37545252853342.483861209412.8355311192-15.3008697888
21.455446512830.499810751055-1.000429915980.541989726772-0.08773477716481.56139481147-0.04885929048190.1207846558050.0264243152334-0.05172989585090.0445034918298-0.02716493416330.03937445481010.0005956791904330.0001080958043010.3751923472850.00448090326205-0.000703880429720.3596769355410.004921391055550.3286876480737.91190548415.010699510.297767405531
31.994402076480.286728743283-0.4603158989671.798956485160.07589504947931.255096558860.0614121318555-0.07709493992680.30895891654-0.0004259465584960.05680142781780.0301291374775-0.1614333351610.01628657044223.89001661017E-50.312892880918-0.02728766447680.01431956156280.29682921629-0.002305987483550.28643567422623.439853312426.959645246312.3949915355
40.3683240810080.236667644412-0.3454777880560.162139367767-0.2307479735210.3202219797140.161201514937-0.468853827521-0.02161790080810.509888488948-0.116492432567-0.114031292296-0.195833719810.301580035275-0.0004772074195580.4816487803950.0194094668666-0.05642450902020.472572695641-0.05517996623320.49010492037748.926665339717.40149116288.07804921367
50.0290698238867-0.0488713612750.2273215934570.0960481961248-0.443614832842.037350884160.4196652732780.09961225736730.1929328320270.07762362046510.5534195619870.781369552917-0.0365488563251-0.6054109592610.6992904124880.3127778036640.05055790470710.003276137861270.8406242008390.3697762736751.1333787106-36.378213710119.92262002364.39111583114
60.1463253577110.572223659908-0.1904218906642.15895978525-0.6737115229360.8523269299650.1094993159910.05752334375070.1251855532310.3240060494360.1865657136120.738697374257-0.0766122757562-0.307875498414-0.0003239092401490.4002954351830.03507214107210.07494128409010.438111137940.04740617285170.576672880289-19.558686998521.10549250084.39893460783
71.605200185590.276868970191-0.1829440624190.7805991404070.5315983961971.271765090380.1045767626860.0433811675011-0.2948007414260.0445554039642-0.04592469769720.2938930540310.189662797997-0.155934409131-0.0001499161031210.358621600791-0.00287935715206-0.01035144539980.3428652599880.01090252028410.388361776125-7.7320078375719.3870100435-3.66858006419
80.612550930840.0953147745665-0.7140828418471.489400697630.3746015076211.06830423911-0.03031178013580.121407130638-0.3713823133630.135178910138-0.02683814668930.1456555952280.2336539649520.1432336411490.0003061442017960.379957490043-0.0008562848750520.03904894999250.3388922304210.0039221477790.4041520082034.283902892359.58297165297-14.3343586346
91.164300318731.04758844368-0.3773495597562.77133698479-0.450117133550.2110965211970.179357057062-0.1216771102760.1606278546590.198011674337-0.09972009792730.0272577290923-0.234581874382-0.014132007084-0.0004498476557940.4136818351470.029731826319-0.01260030670030.345633817798-0.01747926038940.300448740339-5.0935534903526.285337614-1.44874455314
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 46 through 83 )AA46 - 831 - 38
22chain 'A' and (resid 84 through 183 )AA84 - 18339 - 138
33chain 'A' and (resid 184 through 362 )AA184 - 362139 - 312
44chain 'A' and (resid 363 through 400 )AA363 - 400313 - 350
55chain 'B' and (resid 47 through 87 )BN47 - 871 - 35
66chain 'B' and (resid 88 through 183 )BN88 - 18336 - 131
77chain 'B' and (resid 184 through 258 )BN184 - 258132 - 191
88chain 'B' and (resid 259 through 308 )BN259 - 308192 - 241
99chain 'B' and (resid 309 through 400 )BN309 - 400242 - 326

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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