PDB-8bzk: Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7C alginate lyase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bzk

タイトル

Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7C alginate lyase with sulphate bound in the active site

要素

Alginate lyase

キーワード

LYASE / beta-jeely roll / alginate lyase

機能・相同性

Alginate lyase 2 / Alginate lyase / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / lyase activity / Alginate lyase

機能・相同性情報

生物種

Paradendryphiella salina (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Wilkens, C.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7C alginate lyase with sulphate bound in the active site
著者: Wilkens, C.

履歴

登録	2022年12月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bzk.cif.gz	175.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bzk.ent.gz	114.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bzk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/8bzk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/8bzk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alginate lyase

ヘテロ分子

26 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.420, 56.530, 87.670
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Alginate lyase 分子量: 25544.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Paradendryphiella salina (菌類) / 遺伝子: PsAlg7C / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: A0A7I9C8Z1
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1M NaOAc pH 4.6, 2M (NH4)2SO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→47.51 Å / Num. obs: 65393 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 15.78 Å² / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 7.76
反射シェル	解像度: 1.45→1.54 Å / Num. unique obs: 10605 / CC_1/2: 0.45

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE	3	データ収集
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.45→35.19 Å / SU ML: 0.1395 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.0484
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1741	2101	3.21 %
R_work	0.1498	63287	-
obs	0.1506	65388	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→35.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1738	0	25	229	1992

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0074	1884
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9756	2590
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0862	289
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0098	336
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.5817	676

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45-1.48	0.2849	143	0.2824	4179	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.48-1.52	0.2821	140	0.2637	4269	X-RAY DIFFRACTION	100
1.52-1.56	0.2797	137	0.2305	4204	X-RAY DIFFRACTION	100
1.56-1.61	0.2348	140	0.2195	4224	X-RAY DIFFRACTION	100
1.61-1.66	0.1946	141	0.2028	4234	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.66-1.72	0.1819	134	0.177	4191	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.79	0.2148	142	0.1561	4230	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.79-1.87	0.1875	138	0.1426	4206	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.87-1.97	0.1934	142	0.127	4211	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.09	0.1367	142	0.1286	4240	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.25	0.143	140	0.1172	4225	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.25-2.48	0.1658	139	0.1336	4212	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.84	0.1622	143	0.1403	4217	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.84-3.57	0.1427	140	0.1436	4223	X-RAY DIFFRACTION	100
3.57-35.19	0.1742	140	0.1382	4222	X-RAY DIFFRACTION	99.86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.20584550448	0.815485493374	1.38257194125	2.74485817509	0.979984289221	4.55494188365	0.0234408662847	0.0418096208547	0.0160445116114	-0.142806393497	0.00336292827886	-0.0219245998952	-0.0196439129971	0.0279805169529	0.00044970905538	0.045707958616	0.0010408669035	0.028256764294	0.120632874697	-0.00400085263105	0.0981219021742	4.85890207733	-7.89958219291	5.66910983672
2	1.16249923896	-0.463379849746	0.0923962677334	1.46825130699	-0.194087974774	1.20532970967	0.0326190440409	0.00202966726946	0.0464002506863	-0.0312052766629	-0.0129299042954	0.0188912556568	0.00929398438396	0.0449609111031	-0.00774008066378	0.096904666666	-0.0021810143906	-0.000555803200299	0.136592624092	-0.00744732665024	0.121076825423	3.59493054408	-6.99892188056	8.90717558871
3	0.761674794568	-0.147585037135	-0.294882487917	2.45182970306	0.20465581819	0.56640692086	0.093233840302	0.1067500611	0.0420936591049	-0.317829537035	-0.134471625552	0.0286430220695	-0.0453007381976	0.0152795489026	0.0166271517989	0.139016188009	0.00791315768442	-0.008473743011	0.159959581438	-0.000641210489859	0.147047186392	-12.5626240516	-0.0559886314953	3.78492846778
4	1.27254417952	0.18780297442	-0.204805469398	1.94911152469	-0.986573283427	2.28727425572	0.0328075187729	-0.103584143354	0.00856382327285	0.199811683122	0.0279080775964	0.18184678765	-0.11324009379	-0.0470037131721	-0.04605093686	0.128291907347	0.00361975219297	0.019191527787	0.118095776655	-0.0150848909909	0.132930274698	-9.612483666	-4.75282720003	22.1084549066
5	0.807718147463	-0.299412104856	-0.00905031708783	0.73274291277	0.0798591729332	0.674587382596	0.00584308323431	-0.0226148265475	0.0525538837092	0.000519183939	-0.0126437325167	0.0245606133765	-0.0644990243517	0.00806390324487	0.00810665907557	0.137445967711	-0.00567319795511	0.0127013559387	0.142580425077	-0.00607934799357	0.14684589603	-13.538006283	-0.529614032124	15.4378837634
6	3.51520149131	0.886148224957	1.18599117634	1.87604199649	0.713703160816	3.41180256382	0.00504295803967	0.0764724828638	0.182083711624	-0.208796006676	0.0570606561219	0.0681415783806	-0.192486036835	-0.425083402702	-0.123259002642	0.104260968809	0.0465341937013	0.0333616437737	0.137979001675	-0.00528129794106	0.112209479939	-6.15462663514	-8.35608338042	6.63982162722

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 0 through 45 )	0 - 45	1 - 30
2	2	chain 'A' and (resid 46 through 91 )	46 - 91	31 - 76
3	3	chain 'A' and (resid 92 through 107 )	92 - 107	77 - 92
4	4	chain 'A' and (resid 108 through 148 )	108 - 148	93 - 133
5	5	chain 'A' and (resid 149 through 230 )	149 - 230	134 - 215
6	6	chain 'A' and (resid 231 through 245 )	231 - 243	216 - 228

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新型コロナ情報

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