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- PDB-8bzj: Human MST3 (STK24) kinase in complex with inhibitor MRLW5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bzj
タイトルHuman MST3 (STK24) kinase in complex with inhibitor MRLW5
要素Serine/threonine-protein kinase 24
キーワードTRANSFERASE / selective kinase inhibitors / structure-based drug design
機能・相同性
機能・相同性情報


Apoptotic execution phase / FAR/SIN/STRIPAK complex / regulation of axon regeneration / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / execution phase of apoptosis / Apoptotic cleavage of cellular proteins / negative regulation of cell migration / cellular response to starvation / protein autophosphorylation / cellular response to oxidative stress ...Apoptotic execution phase / FAR/SIN/STRIPAK complex / regulation of axon regeneration / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / execution phase of apoptosis / Apoptotic cleavage of cellular proteins / negative regulation of cell migration / cellular response to starvation / protein autophosphorylation / cellular response to oxidative stress / protein phosphorylation / protein kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / cadherin binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / nucleolus / Golgi apparatus / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / membrane / metal ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Programmed cell death protein 10, dimerisation domain superfamily / : / Programmed cell death protein 10, dimerisation domain / : / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SJX / Serine/threonine-protein kinase 24
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Balourdas, D.I. / Rak, M. / Tesch, R. / Knapp, S. / Joerger, A.C. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)JO 1473/1-3 ドイツ
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Development of Selective Pyrido[2,3- d ]pyrimidin-7(8 H )-one-Based Mammalian STE20-Like (MST3/4) Kinase Inhibitors.
著者: Rak, M. / Menge, A. / Tesch, R. / Berger, L.M. / Balourdas, D.I. / Shevchenko, E. / Kramer, A. / Elson, L. / Berger, B.T. / Abdi, I. / Wahl, L.M. / Poso, A. / Kaiser, A. / Hanke, T. / ...著者: Rak, M. / Menge, A. / Tesch, R. / Berger, L.M. / Balourdas, D.I. / Shevchenko, E. / Kramer, A. / Elson, L. / Berger, B.T. / Abdi, I. / Wahl, L.M. / Poso, A. / Kaiser, A. / Hanke, T. / Kronenberger, T. / Joerger, A.C. / Muller, S. / Knapp, S.
履歴
登録2022年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年5月24日Group: Non-polymer description / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.formula
改定 2.12024年6月19日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase 24
B: Serine/threonine-protein kinase 24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,0795
ポリマ－69,1192
非ポリマー9603
水1,40578
1
A: Serine/threonine-protein kinase 24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0092
ポリマ－34,5601
非ポリマー4491
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serine/threonine-protein kinase 24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0713
ポリマ－34,5601
非ポリマー5112
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.049, 57.737, 61.771
Angle α, β, γ (deg.)88.855, 89.175, 62.120
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase 24 / Mammalian STE20-like protein kinase 3 / MST-3 / STE20-like kinase MST3


分子量: 34559.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STK24, MST3, STK3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y6E0, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-SJX / 8-(4-azanylbutyl)-6-[2-chloranyl-4-(6-methylpyridin-2-yl)phenyl]-2-(methylamino)pyrido[2,3-d]pyrimidin-7-one


分子量: 448.948 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H25ClN6O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein solution: 11 mg/mL MST3 in 25 mM HEPES pH 7.5, 200 mM NaCl, 0.5 mM TCEP, 5% glycerol, with 1 mM inhibitor). Crystallization buffer: 12% PEG 6000, 0.1 M HEPES pH 7.4.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.52→48.66 Å / Num. obs: 22207 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 55.7502539151 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.52→2.62 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 2545 / CC1/2: 0.779 / Rrim(I) all: 0.628 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.52→39.05 Å / SU ML: 0.349584613311 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 27.7716609642
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.250313678016 1038 4.67672899302 %
Rwork0.182073055088 21157 -
obs0.185132147906 22195 97.7322765302 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 57.9240676092 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.52→39.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3997 0 68 78 4143
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008130253237934180
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9615891464075701
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05221838075657
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00630238740664783
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6908302682529
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.52-2.65290.3269077859931450.2531872949593034X-RAY DIFFRACTION97.7552275523
2.6529-2.8190.3228305159591150.239688655433049X-RAY DIFFRACTION97.5940777298
2.819-3.03660.3053548994871260.2381460943733063X-RAY DIFFRACTION97.6722817764
3.0366-3.34210.3246359756452620.230052022482891X-RAY DIFFRACTION98.0410447761
3.3421-3.82530.2369293551621590.177287738773010X-RAY DIFFRACTION97.7181621955
3.8253-4.81810.211784871779900.1464810051153075X-RAY DIFFRACTION97.2649047326
4.8181-39.050.1950529015161410.1623364487243035X-RAY DIFFRACTION98.0852378011

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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