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- PDB-8bz2: Crystal structure of outer membrane attachment porin OmpM1 SLH domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bz2
タイトルCrystal structure of outer membrane attachment porin OmpM1 SLH domain
要素S-layer homology domain-containing protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Outer membrane attachment / peptidoglycan-binding
機能・相同性: / S-layer homology domain / S-layer homology domain / S-layer homology (SLH) domain profile. / S-layer homology domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Veillonella parvula (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Silale, A. / van den Berg, B.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust214222/Z/18/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Dual function of OmpM as outer membrane tether and nutrient uptake channel in diderm Firmicutes.
著者: Augustinas Silale / Yiling Zhu / Jerzy Witwinowski / Robert E Smith / Kahlan E Newman / Satya P Bhamidimarri / Arnaud Baslé / Syma Khalid / Christophe Beloin / Simonetta Gribaldo / Bert van den Berg /
要旨: The outer membrane (OM) in diderm, or Gram-negative, bacteria must be tethered to peptidoglycan for mechanical stability and to maintain cell morphology. Most diderm phyla from the Terrabacteria ...The outer membrane (OM) in diderm, or Gram-negative, bacteria must be tethered to peptidoglycan for mechanical stability and to maintain cell morphology. Most diderm phyla from the Terrabacteria group have recently been shown to lack well-characterised OM attachment systems, but instead have OmpM, which could represent an ancestral tethering system in bacteria. Here, we have determined the structure of the most abundant OmpM protein from Veillonella parvula (diderm Firmicutes) by single particle cryogenic electron microscopy. We also characterised the channel properties of the transmembrane β-barrel of OmpM and investigated the structure and PG-binding properties of its periplasmic stalk region. Our results show that OM tethering and nutrient acquisition are genetically linked in V. parvula, and probably other diderm Terrabacteria. This dual function of OmpM may have played a role in the loss of the OM in ancestral bacteria and the emergence of monoderm bacterial lineages.
履歴
登録2022年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-layer homology domain-containing protein
B: S-layer homology domain-containing protein
C: S-layer homology domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4026
ポリマ－32,1143
非ポリマー2883
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2370 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area12450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.710, 118.710, 47.240
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Space group name HallR3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#7: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-201-

SO4

21C-202-

SO4

31C-202-

SO4

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要素

#1: タンパク質 S-layer homology domain-containing protein


分子量: 10704.768 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Veillonella parvula (バクテリア)
株: SKV38
遺伝子: D3219_09385, DWV36_08570, FNLLGLLA_01389, GL281_07935, HMPREF1865_01844
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A100YN03
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5 / 詳細: 0.1 M citric acid pH 3.5 2.0 M ammonium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.8984 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→34.78 Å / Num. obs: 34489 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.017 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 1.57→1.6 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 1.72 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 1590 / CC1/2: 0.23 / Rpim(I) all: 0.884 / % possible all: 92.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
Arcimboldo位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.7→34.78 Å / SU ML: 0.2792 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 33.2812
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 1245 4.56 %
Rwork0.2239 26065 -
obs0.225 27310 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→34.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1903 0 15 82 2000
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01081963
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.21892669
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066281
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0089371
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4325716
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.770.39161630.3432883X-RAY DIFFRACTION100
1.77-1.850.33091460.28722905X-RAY DIFFRACTION100
1.85-1.950.34491270.2672889X-RAY DIFFRACTION99.97
1.95-2.070.26791510.24632895X-RAY DIFFRACTION100
2.07-2.230.29341490.2472864X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.450.2661080.25382929X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.810.30271430.2612891X-RAY DIFFRACTION100
2.81-3.540.24191110.2362921X-RAY DIFFRACTION100
3.54-34.780.20581470.17762888X-RAY DIFFRACTION99.93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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