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万見
- PDB-8by4: Crystal structure of Odorant Binding Protein 1 from Aedes albopic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8by4
タイトルCrystal structure of Odorant Binding Protein 1 from Aedes albopictus (Asian tiger mosquito)
要素Odorant-binding protein 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Odorant Binding Protein (OBP) / mosquito (カ) / olfaction (嗅覚) / Carvacrol
機能・相同性Insect pheromone/odorant binding protein domains. / Pheromone/general odorant binding protein / PBP/GOBP family / Pheromone/general odorant binding protein superfamily / odorant binding / Odorant-binding protein 1
機能・相同性情報
生物種Aedes albopictus (ヒトスジシマカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Liggri, P.G.V. / Tsitsanou, K.E. / Zographos, S.E.
資金援助 ギリシャ, 2件
組織認可番号国
Other governmentT1EDK-00996 ギリシャ
Other governmentMIS5000432 ギリシャ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Odorant Binding Protein 1 from Aedes albopictus (Asian tiger mosquito)
著者: Liggri, P.G.V. / Tsitsanou, K.E. / Zographos, S.E.
履歴
登録2022年12月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Odorant-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1901
ポリマ－14,1901
非ポリマー00
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.337, 81.337, 63.844
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-221-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Odorant-binding protein 1 / Putative odorant binding protein


分子量: 14190.069 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aedes albopictus (ヒトスジシマカ)
遺伝子: 109422789, RP20_CCG014341, RP20_CCG027709 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H9A9Y0
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1.6M tri-sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→47.35 Å / Num. obs: 16836 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2→2.072 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.65 / Num. unique obs: 1662 / CC1/2: 0.94 / % possible all: 99.82

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6OG0

6og0


解像度: 2→47.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 4.561 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19749 829 4.9 %RANDOM
Rwork0.164 ---
obs0.16559 16002 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.683 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.26 Å20.13 Å20 Å2
2--0.26 Å2-0 Å2
3----0.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→47.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数992 0 0 58 1050
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0181034
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02956
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.291.8691397
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1652.7932215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5555125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.0824.06859
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.76715193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.456155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2150
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021178
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02240
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.6752.432497
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other7.4432.424496
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.9793.565623
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.9863.581624
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it15.3623.385537
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other15.2643.353534
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other15.834.563773
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined15.19629.6291187
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other15.2629.6261185
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 47 -
Rwork0.196 1170 -
obs--99.84 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 26.774 Å / Origin y: -26.389 Å / Origin z: 5.905 Å
111213212223313233
T0.0112 Å2-0.0067 Å2-0.0029 Å2-0.0399 Å20.0127 Å2--0.0335 Å2
L2.5179 °20.5451 °2-0.404 °2-2.0955 °2-0.8393 °2--2.8799 °2
S-0.0144 Å °0.0346 Å °0.0549 Å °-0.0337 Å °0.062 Å °0.0712 Å °0.0124 Å °-0.2622 Å °-0.0476 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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