PDB-8by1: streptavidin with an iridium catalyst for CH activation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8by1

タイトル

streptavidin with an iridium catalyst for CH activation

要素

Streptavidin

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Artificial Metalloenzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces avidinii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.486 Å

データ登録者

Igareta, N.V. / Ward, T.R.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: streptavidin mutant S112I with an iridium catalyst for CH activation
著者: Igareta, N.V. / Ward, T.R.

履歴

登録	2022年12月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月27日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[2] / _pdbx_struct_oper_list.vector[3]

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8by1.cif.gz	67.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8by1.ent.gz	47.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8by1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8by1_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8by1_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	8by1_validation.xml.gz	9.9 KB	表示
CIF形式データ	8by1_validation.cif.gz	12.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/8by1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/8by1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8aqxC 8by0C 2bc3S 8aqy C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Streptavidin

ヘテロ分子

14.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Streptavidin

ヘテロ分子

A: Streptavidin

ヘテロ分子

A: Streptavidin

ヘテロ分子

A: Streptavidin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry
56.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.657, 57.657, 183.626
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-325- HOH

#1: タンパク質	Streptavidin 分子量: 13068.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22629
#2: 化合物	ChemComp-NOF / tert-butyl 7'-[5-[(3aS,4S,6aR)-2-oxidanylidene-1,3,3a,4,6,6a-hexahydrothieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanoylamino]-1-chloranyl-2,3,4,5,6-pentamethyl-spiro[1$l^{8}-iridapentacyclo[2.2.0.0^{1,3}.0^{1,5}.0^{2,6}]hexane-1,2'-3-aza-1-azonia-2$l^{8}-iridatricyclo[6.3.1.0^{4,12}]dodeca-1(11),4,6,8(12),9-pentaene]-3'-carboxylate / iridium catalyst for CH activation 分子量: 847.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₄₅ClIrN₅O₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 2 M ammonium sulfate 0.1 M sodium acetate (soaking at pH 6.0)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 0.99988 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.99988 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.486→45.949 Å / Num. obs: 26068 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 25.3 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.073 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 23.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
8.14-45.91	20.6	0.038	210	0.999	0.01	0.039
1.49-1.51	19.4	2.237	1241	0.556	0.722	2.357

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
REFMAC	5.8.0352	精密化
PDB_EXTRACT		データ抽出
XDS		データ削減
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2BC3

2bc3

解像度: 1.486→45.949 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / WR_factor R_free: 0.2 / WR_factor R_work: 0.176 / SU B: 1.119 / SU ML: 0.042 / Average fsc free: 0.9709 / Average fsc work: 0.9766 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.062 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1945	1366	5.271 %
R_work	0.1729	24547	-
all	0.174	-	-
obs	-	25913	99.348 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.472 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.47 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.47 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.486→45.949 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	924	0	55	87	1066

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	1035
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.016	866
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.882	1.767	1460
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.623	1.641	1991
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.293	5	126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.907	5	5
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.628	10	130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.708	10	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	156
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1171
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	214
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	140
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.204	0.2	763
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	465
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	527
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.091	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.235	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.189	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.104	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.162	2.442	499
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.161	2.447	500
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.182	3.658	626
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.18	3.663	627
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.421	3.026	536
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.208	2.987	529
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.294	4.436	808
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.991	4.377	797
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.591	32.246	1122
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.568	30.565	1107

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.486-1.525	0.293	119	0.266	1714	X-RAY DIFFRACTION	97.969
1.525-1.567	0.215	97	0.215	1750	X-RAY DIFFRACTION	100
1.567-1.612	0.223	98	0.198	1693	X-RAY DIFFRACTION	100
1.612-1.662	0.208	89	0.177	1652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.662-1.716	0.188	84	0.172	1616	X-RAY DIFFRACTION	100
1.716-1.776	0.197	92	0.159	1545	X-RAY DIFFRACTION	100
1.776-1.843	0.166	69	0.158	1520	X-RAY DIFFRACTION	99.9371
1.843-1.918	0.24	90	0.188	1405	X-RAY DIFFRACTION	97.8403
1.918-2.003	0.195	58	0.178	1387	X-RAY DIFFRACTION	98.0326
2.003-2.101	0.177	87	0.158	1318	X-RAY DIFFRACTION	100
2.101-2.214	0.186	63	0.149	1281	X-RAY DIFFRACTION	100
2.214-2.348	0.205	67	0.188	1148	X-RAY DIFFRACTION	95.2194
2.348-2.51	0.186	69	0.162	1145	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.71	0.191	57	0.16	1064	X-RAY DIFFRACTION	99.8219
2.71-2.968	0.174	52	0.167	985	X-RAY DIFFRACTION	100
2.968-3.317	0.228	47	0.163	912	X-RAY DIFFRACTION	100
3.317-3.826	0.186	47	0.158	807	X-RAY DIFFRACTION	99.6499
3.826-4.678	0.13	41	0.143	689	X-RAY DIFFRACTION	100
4.678-6.582	0.176	25	0.178	564	X-RAY DIFFRACTION	99.6616
6.582-45.949	0.428	15	0.287	352	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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