PDB-8by0: streptavidin mutant S112I K121R with an iridium catalyst for CH a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8by0

タイトル

streptavidin mutant S112I K121R with an iridium catalyst for CH activation

要素

Streptavidin

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Artificial Metalloenzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces avidinii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Igareta, N.V. / Ward, T.R.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: streptavidin mutant S112I with an iridium catalyst for CH activation
著者: Igareta, N.V. / Ward, T.R.

履歴

登録	2022年12月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8by0.cif.gz	65.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8by0.ent.gz	45 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8by0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/8by0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/8by0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8aqxC 8by1C 8aqy C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Streptavidin

ヘテロ分子

17.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Streptavidin

ヘテロ分子

A: Streptavidin

ヘテロ分子

A: Streptavidin

ヘテロ分子

A: Streptavidin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry
70.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.428, 57.428, 183.123
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-203- SO4

#1: タンパク質	Streptavidin 分子量: 16492.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22629
#2: 化合物	ChemComp-NOF / tert-butyl 7'-[5-[(3aS,4S,6aR)-2-oxidanylidene-1,3,3a,4,6,6a-hexahydrothieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanoylamino]-1-chloranyl-2,3,4,5,6-pentamethyl-spiro[1$l^{8}-iridapentacyclo[2.2.0.0^{1,3}.0^{1,5}.0^{2,6}]hexane-1,2'-3-aza-1-azonia-2$l^{8}-iridatricyclo[6.3.1.0^{4,12}]dodeca-1(11),4,6,8(12),9-pentaene]-3'-carboxylate / iridium catalyst for CH activation 分子量: 847.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₄₅ClIrN₅O₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.26 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 2.0 M ammonium sulfate 0.1 M sodium acetate (soaking under pH 6.0)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 0.99988 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.99988 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→45.78 Å / Num. obs: 9422 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 15.5 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.18 / R_pim(I) all: 0.065 / R_rim(I) all: 0.191 / Net I/σ(I): 10.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
8.91-45.78	12.1	0.047	163	0.998	0.017	0.05
2.1-2.16	16.5	2.279	755	0.573	0.824	2.424

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
Aimless		データスケーリング
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→41.862 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 8.258 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.211 / ESU R Free: 0.182 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2507	449	4.877 %
R_work	0.2143	8757	-
all	0.216	-	-
obs	-	9206	97.718 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.64 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.85 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.85 Å²	-0 Å²
3-	-	-	5.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→41.862 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	928	0	56	12	996

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	1015
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	845
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.174	1.747	1420
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.921	1.62	1944
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.19	5	122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.991	5	7
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.271	10	129
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.517	10	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	150
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1161
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	216
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	161
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.209	0.2	803
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.189	0.2	480
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.104	0.2	519
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.112	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.154	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.133	0.2	102
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.055	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.34	4.458	489
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.338	4.464	490
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.8	6.687	610
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.797	6.694	611
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.085	4.86	526
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.989	4.803	519
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.765	7.206	797
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.633	7.122	786
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.302	54.665	1123
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.288	54.688	1123

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.1-2.154	0.382	25	0.375	656	0.375	681	0.712	0.792	100	0.359
2.154-2.213	0.41	38	0.351	609	0.354	667	0.843	0.814	97.0015	0.333
2.213-2.277	0.623	22	0.603	451	0.604	642	0.583	0.658	73.676	0.598
2.277-2.347	0.388	34	0.337	580	0.339	614	0.823	0.849	100	0.308
2.347-2.424	0.269	29	0.293	580	0.291	609	0.942	0.889	100	0.272
2.424-2.509	0.3	28	0.286	564	0.287	592	0.92	0.907	100	0.249
2.509-2.603	0.373	37	0.275	528	0.28	565	0.851	0.929	100	0.243
2.603-2.709	0.276	30	0.242	517	0.243	548	0.955	0.949	99.8175	0.209
2.709-2.829	0.357	25	0.179	497	0.186	522	0.927	0.972	100	0.148
2.829-2.966	0.209	16	0.177	492	0.178	508	0.977	0.977	100	0.155
2.966-3.126	0.139	27	0.166	468	0.164	495	0.988	0.981	100	0.147
3.126-3.314	0.164	22	0.142	434	0.143	456	0.985	0.985	100	0.127
3.314-3.541	0.244	22	0.161	414	0.165	436	0.966	0.983	100	0.15
3.541-3.823	0.235	15	0.189	377	0.191	412	0.963	0.974	95.1456	0.171
3.823-4.184	0.233	15	0.151	360	0.153	378	0.965	0.983	99.2063	0.141
4.184-4.672	0.156	18	0.151	323	0.151	341	0.987	0.987	100	0.153
4.672-5.384	0.153	16	0.151	300	0.151	316	0.983	0.986	100	0.156
5.384-6.567	0.249	15	0.201	258	0.204	273	0.968	0.971	100	0.196
6.567-9.175	0.246	8	0.198	212	0.2	220	0.913	0.972	100	0.21
9.175-41.862	0.506	7	0.269	137	0.277	144	0.821	0.932	100	0.273

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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