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万見
- PDB-8bxl: Patulin Synthase from Penicillium expansum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bxl
タイトルPatulin Synthase from Penicillium expansum
要素Patulin synthase
キーワードFLAVOPROTEIN (フラボタンパク質) / Oxidoreductase (酸化還元酵素) / GMC-type flavoprotein / Biocatalysis (生体触媒)
機能・相同性
機能・相同性情報


patulin biosynthetic process / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く / polyketide synthase activity / oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / 液胞 / 細胞外マトリックス / flavin adenine dinucleotide binding / 細胞皮質 / oxidoreductase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
GMC oxidoreductases signature 2. / Glucose-methanol-choline oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
フラビンアデニンジヌクレオチド / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Patulin synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Penicillium expansum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Tjallinks, G. / Boverio, A. / Rozeboom, H.J. / Fraaije, M.W.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2023
タイトル: Structure elucidation and characterization of patulin synthase, insights into the formation of a fungal mycotoxin.
著者: Tjallinks, G. / Boverio, A. / Maric, I. / Rozeboom, H. / Arentshorst, M. / Visser, J. / Ram, A.F.J. / Mattevi, A. / Fraaije, M.W.
履歴
登録2022年12月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Patulin synthase
C: Patulin synthase
D: Patulin synthase
A: Patulin synthase
F: Patulin synthase
E: Patulin synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)425,33669
ポリマ－409,1896
非ポリマー16,14663
水17,637979
1
B: Patulin synthase
A: Patulin synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,83723
ポリマ－136,3962
非ポリマー5,44121
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Patulin synthase
D: Patulin synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,51920
ポリマ－136,3962
非ポリマー5,12318
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
F: Patulin synthase
E: Patulin synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,98026
ポリマ－136,3962
非ポリマー5,58324
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.841, 144.163, 155.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.53, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
55
66
77
88
99
1010
1111
1212
1313
1414
1515

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 BCDAFE

#1: タンパク質
Patulin synthase / Dehydrogenase patE / Patulin biosynthesis cluster protein E


分子量: 68198.242 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Penicillium expansum (菌類) / 遺伝子: patE, PEX2_082770 / 発現宿主: Aspergillus niger (黒麹菌)
参照: UniProt: A0A075TRK9, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く

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糖 , 3種, 30分子

#2: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 1012分子

#4: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#6: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 979 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.08 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Calcium chloride, PEG6000 and sodium acetate pH 5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.9655 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9655 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→48.74 Å / Num. obs: 179872 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.978 / Rmerge(I) obs: 0.155 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.168 / Χ2: 0.81 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 1.113 / Num. measured all: 60753 / Num. unique obs: 8892 / CC1/2: 0.72 / Rpim(I) all: 0.47 / Rrim(I) all: 1.211 / Χ2: 0.48 / Net I/σ(I) obs: 3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
REFMACv7.1.018精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→48.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 7.163 / SU ML: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.326 / ESU R Free: 0.224 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22244 9411 5.2 %RANDOM
Rwork0.18222 ---
obs0.18429 170431 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.378 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.32 Å2-0 Å2-1.6 Å2
2---0.22 Å2-0 Å2
3----2.02 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→48.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27028 0 1059 979 29066
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.01328837
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01526069
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5281.67439388
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2631.59859957
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.37953534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.42322.0451438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.676154047
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.58115175
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.23871
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0233047
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.026779
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.9297.33814154
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.9287.33814153
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.16813.77717682
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.16813.77817683
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.0928.49614683
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other8.0928.49614684
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.17915.36221707
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.66148.61631273
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.66148.61631274
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11B194280.04
12C194280.04
21B192060.04
22D192060.04
31B194510.05
32A194510.05
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42F194470.04
51B193830.05
52E193830.05
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71C193170.05
72A193170.05
81C193530.04
82F193530.04
91C193080.05
92E193080.05
101D192020.04
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111D192000.04
112F192000.04
121D191410.04
122E191410.04
131A194490.05
132F194490.05
141A195700.03
142E195700.03
151F194550.04
152E194550.04
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 677 -
Rwork0.229 12580 -
obs--99.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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