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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bx3 | ||||||
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タイトル | fragment-linked stabilizer for ERa - 14-3-3 interaction (1074372) | ||||||
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![]() | STRUCTURAL PROTEIN / 14-3-3 / ERa / fragment linking / stabilization | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation ...regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of stem cell proliferation / RHO GTPases activate PKNs / protein kinase A signaling / protein sequestering activity / negative regulation of innate immune response / protein export from nucleus / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / positive regulation of protein export from nucleus / release of cytochrome c from mitochondria / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of cell growth / regulation of cell cycle / cadherin binding / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Visser, E.J. / Vandenboorn, E.M.F. / Ottmann, C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: From Tethered to Freestanding Stabilizers of 14-3-3 Protein-Protein Interactions through Fragment Linking. 著者: Visser, E.J. / Jaishankar, P. / Sijbesma, E. / Pennings, M.A.M. / Vandenboorn, E.M.F. / Guillory, X. / Neitz, R.J. / Morrow, J. / Dutta, S. / Renslo, A.R. / Brunsveld, L. / Arkin, M.R. / Ottmann, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 112.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 84.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 763.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 764.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8bwjC ![]() 8bwxC ![]() 8bwzC ![]() 8bx0C ![]() 8bx4C ![]() 8bxiC ![]() 8bxmC ![]() 8bxnC ![]() 8bxoC ![]() 8bxqC ![]() 8bxsC ![]() 8by9C ![]() 8bybC ![]() 8bycC ![]() 8bydC ![]() 8byeC ![]() 8byfC ![]() 8bygC ![]() 8byoC ![]() 8byyC ![]() 8byzC ![]() 8bz0C ![]() 8bz9C ![]() 8bzaC ![]() 8bzbC ![]() 8bzwC ![]() 8c04C ![]() 8c0kC ![]() 8c4fC ![]() 8c4gC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26542.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 613.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-RZL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.58 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.095 M HEPES (pH 7.3), PEG400 (26% (v/v)), 0.19 M CaCl2 and 5% (v/v) Glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976292 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→41.81 Å / Num. obs: 90165 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 12.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.22 Å / Num. unique obs: 4411 / CC1/2: 0.614 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→40.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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