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万見
- PDB-8bx2: Oct4/Sox2 protein:DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bx2
タイトルOct4/Sox2 protein:DNA complex
要素
  • POU domain, class 5, transcription factor 1
  • Transcription factor SOX-2
  • UTF1_f
  • UTF1_r
キーワードTRANSCRIPTION / Oct4 / Sox2 / UTF1
機能・相同性
機能・相同性情報


diencephalon morphogenesis / olfactory placode formation / lens induction in camera-type eye / ectodermal cell fate commitment / response to benzoic acid / retina morphogenesis in camera-type eye / regulation of myofibroblast cell apoptotic process / mesodermal cell fate commitment / HMG box domain binding / detection of mechanical stimulus involved in equilibrioception ...diencephalon morphogenesis / olfactory placode formation / lens induction in camera-type eye / ectodermal cell fate commitment / response to benzoic acid / retina morphogenesis in camera-type eye / regulation of myofibroblast cell apoptotic process / mesodermal cell fate commitment / HMG box domain binding / detection of mechanical stimulus involved in equilibrioception / pigment biosynthetic process / trophectodermal cell fate commitment / forebrain neuron differentiation / blastocyst growth / anatomical structure formation involved in morphogenesis / positive regulation of epithelial cell differentiation / regulation of asymmetric cell division / response to oxygen-glucose deprivation / endodermal cell fate specification / adenohypophysis development / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / tongue development / endodermal cell fate commitment / germ-line stem cell population maintenance / positive regulation of cell-cell adhesion / POU domain binding / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / neuron fate commitment / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / trophectodermal cell differentiation / neuronal stem cell population maintenance / male genitalia development / female germ cell nucleus / cell fate specification / germ cell nucleus / inner ear morphogenesis / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / stem cell population maintenance / negative regulation of osteoblast differentiation / cell fate commitment / positive regulation of neuroblast proliferation / lung alveolus development / positive regulation of Notch signaling pathway / negative regulation of Wnt signaling pathway / cytokine binding / somatic stem cell population maintenance / inner ear development / : / negative regulation of cell differentiation / blastocyst development / regulation of neurogenesis / negative regulation of neuron differentiation / cellular response to cadmium ion / neuroblast proliferation / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / embryonic organ development / male germ cell nucleus / response to retinoic acid / forebrain development / Notch signaling pathway / lysine-acetylated histone binding / transcription repressor complex / positive regulation of neuron differentiation / cellular response to leukemia inhibitory factor / stem cell differentiation / positive regulation of cell differentiation / sensory perception of sound / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / brain development / neuron differentiation / chromatin DNA binding / Wnt signaling pathway / cerebral cortex development / osteoblast differentiation / gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription cis-regulatory region binding / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcription factor SOX / SOX transcription factor / : / : / POU-specific domain / POU domain / Pou domain - N-terminal to homeobox domain / POU-specific (POUs) domain signature 1. / POU-specific (POUs) domain signature 2. / POU-specific (POUs) domain profile. ...Transcription factor SOX / SOX transcription factor / : / : / POU-specific domain / POU domain / Pou domain - N-terminal to homeobox domain / POU-specific (POUs) domain signature 1. / POU-specific (POUs) domain signature 2. / POU-specific (POUs) domain profile. / Found in Pit-Oct-Unc transcription factors / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / POU domain, class 5, transcription factor 1 / Transcription factor SOX-2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.14 Å
データ登録者Chojnowski, G. / Wilmanns, M. / Round, E.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Oct4-Soc2-UTF1 complex
著者: Chojnowski, G. / Wilmanns, M. / Round, E.
履歴
登録2022年12月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Transcription factor SOX-2
A: POU domain, class 5, transcription factor 1
C: UTF1_r
D: UTF1_f


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5574
ポリマ－41,5574
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6730 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area16910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.169, 163.169, 39.792
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Transcription factor SOX-2


分子量: 10092.858 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sox2, Sox-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P48432
#2: タンパク質 POU domain, class 5, transcription factor 1 / NF-A3 / Octamer-binding protein 3 / Oct-3 / Octamer-binding protein 4 / Oct-4 / Octamer-binding ...NF-A3 / Octamer-binding protein 3 / Oct-3 / Octamer-binding protein 4 / Oct-4 / Octamer-binding transcription factor 3 / OTF-3


分子量: 17962.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pou5f1, Oct-3, Oct-4, Otf-3, Otf3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20263
#3: DNA鎖 UTF1_r


分子量: 6781.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: DNA鎖 UTF1_f


分子量: 6719.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.57 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES, 70% (v/v) MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97624 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月16日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97624 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.137→81.585 Å / Num. obs: 8506 / % possible obs: 77.4 % / 冗長度: 19.5 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 3.137→3.342 Å / 冗長度: 18.4 % / Rmerge(I) obs: 2.135 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 424 / CC1/2: 0.548 / % possible all: 22.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDS20200417データ削減
Aimless0.5.27データスケーリング
STARANISO2.3.28データスケーリング
MOLREP11.7.03位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ht5

6ht5


解像度: 3.14→81.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 20.584 / SU ML: 0.337 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.465 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25234 368 4.3 %RANDOM
Rwork0.19861 ---
obs0.20075 8135 77.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 144.695 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5 Å20.75 Å20 Å2
2--1.5 Å2-0 Å2
3----4.86 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.14→81.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1396 902 0 0 2298
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0112428
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5081.7163459
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6765174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.13320.48283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.76415267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8781516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2190.2357
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.021512
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it13.12812.807700
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it19.05919.231870
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it15.02715.6781728
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined28.63510019
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.14→3.222 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 10 -
Rwork0.295 74 -
obs--10.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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