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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bwy | |||||||||
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タイトル | In situ outer dynein arm from Chlamydomonas reinhardtii in a pre-power stroke state | |||||||||
要素 |
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キーワード | MOTOR PROTEIN / axoneme / outer dynein arm / pre power stroke / dynein | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 outer dynein arm / outer dynein arm assembly / dynein light chain binding / cilium movement / dynein heavy chain binding / axonemal dynein complex / dynein complex / minus-end-directed microtubule motor activity / dynein light intermediate chain binding / cytoplasmic dynein complex ...outer dynein arm / outer dynein arm assembly / dynein light chain binding / cilium movement / dynein heavy chain binding / axonemal dynein complex / dynein complex / minus-end-directed microtubule motor activity / dynein light intermediate chain binding / cytoplasmic dynein complex / motile cilium / dynein intermediate chain binding / microtubule-based movement / microtubule-based process / protein-disulfide reductase activity / microtubule / centrosome / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 38 Å | |||||||||
データ登録者 | Zimmermann, N.E.L. / Noga, A. / Obbineni, J.M. / Ishikawa, T. | |||||||||
資金援助 | スイス, 2件
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引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2023 タイトル: ATP-induced conformational change of axonemal outer dynein arms revealed by cryo-electron tomography. 著者: Noemi Zimmermann / Akira Noga / Jagan Mohan Obbineni / Takashi Ishikawa / 要旨: Axonemal outer dynein arm (ODA) motors generate force for ciliary beating. We analyzed three states of the ODA during the power stroke cycle using in situ cryo-electron tomography, subtomogram ...Axonemal outer dynein arm (ODA) motors generate force for ciliary beating. We analyzed three states of the ODA during the power stroke cycle using in situ cryo-electron tomography, subtomogram averaging, and classification. These states of force generation depict the prepower stroke, postpower stroke, and intermediate state conformations. Comparison of these conformations to published in vitro atomic structures of cytoplasmic dynein, ODA, and the Shulin-ODA complex revealed differences in the orientation and position of the dynein head. Our analysis shows that in the absence of ATP, all dynein linkers interact with the AAA3/AAA4 domains, indicating that interactions with the adjacent microtubule doublet B-tubule direct dynein orientation. For the prepower stroke conformation, there were changes in the tail that is anchored on the A-tubule. We built models starting with available high-resolution structures to generate a best-fitting model structure for the in situ pre- and postpower stroke ODA conformations, thereby showing that ODA in a complex with Shulin adopts a similar conformation as the active prepower stroke ODA in the axoneme. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8bwy.cif.gz | 2.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8bwy.ent.gz | 1.6 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8bwy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8bwy_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8bwy_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8bwy_validation.xml.gz | 312.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8bwy_validation.cif.gz | 522.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/8bwy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/8bwy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 16304MC 8bx8C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 7種, 8分子 ACdePTVx
#1: タンパク質 | 分子量: 475554.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: I7M6H4 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 534328.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: Q22A67 |
#4: タンパク質 | 分子量: 77888.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: I7M008 |
#5: タンパク質 | 分子量: 77178.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: Q23FU1 |
#16: タンパク質 | 分子量: 12855.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: Q1HFX5 |
#17: タンパク質 | 分子量: 35237.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: I7M2C6 |
#18: タンパク質 | 分子量: 11081.651 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) |
-Dynein light ... , 10種, 10分子 FGHIJKLMNO
#6: タンパク質 | 分子量: 14751.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: I7MHB1 |
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#7: タンパク質 | 分子量: 18490.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: Q22MV2 |
#8: タンパク質 | 分子量: 10780.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: Q1HFW2 |
#9: タンパク質 | 分子量: 12348.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: Q1HFX0 |
#10: タンパク質 | 分子量: 10973.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: Q1HFV9 |
#11: タンパク質 | 分子量: 13336.089 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: Q22R86 |
#12: タンパク質 | 分子量: 12516.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: W7XJB1 |
#13: タンパク質 | 分子量: 10453.167 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: Q1HFW0 |
#14: タンパク質 | 分子量: 15608.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: Q1HGH8 |
#15: タンパク質 | 分子量: 13202.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: A4VEB3 |
-抗体 , 1種, 1分子 B
#2: 抗体 | 分子量: 530182.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: I7M9J2 |
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-非ポリマー , 2種, 4分子
#19: 化合物 | #20: 化合物 | ChemComp-ATP / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: サブトモグラム平均法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: In situ outer dynein arm / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1-#3, #6-#18 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 4000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 1 e/Å2 / Avg electron dose per subtomogram: 80 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.4/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: Windows / タイプ: package |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY |
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 590 / 対称性のタイプ: POINT |
EM volume selection | Num. of tomograms: 12 / Num. of volumes extracted: 3553 |
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL |