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万見
- PDB-8bwu: Crystal structure of SARS-CoV-2 nsp14 methyltransferase domain in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bwu
タイトルCrystal structure of SARS-CoV-2 nsp14 methyltransferase domain in complex with the SS148 inhibitor
要素Transcription factor ETV6,Proofreading exoribonuclease nsp14
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / viral (ウイルス性) / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / covid-19 (新型コロナウイルス感染症 (2019年)) / methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) / RNA cap (5'キャップ) / inhibitor (酵素阻害剤) / SS148
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / mesenchymal cell apoptotic process / vitellogenesis / hematopoietic stem cell proliferation / Signaling by FLT3 fusion proteins / 神経発生 / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters ...Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / mesenchymal cell apoptotic process / vitellogenesis / hematopoietic stem cell proliferation / Signaling by FLT3 fusion proteins / 神経発生 / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Replication of the SARS-CoV-2 genome / 5'-3' DNA helicase activity / snRNP Assembly / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3C様プロテアーゼ / host cell endosome / 3'-5'-RNA exonuclease activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / symbiont-mediated degradation of host mRNA / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / host cell Golgi apparatus / methyltransferase cap1 / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / ヘリカーゼ / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral protein processing / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / lyase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / copper ion binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA依存性RNAポリメラーゼ / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / virus-mediated perturbation of host defense response / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / lipid binding / host cell nucleus / クロマチン / 核小体 / regulation of transcription by RNA polymerase II / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / 生体膜 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / ETS family / Ets-domain signature 2. / Ets domain / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain ...SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / ETS family / Ets-domain signature 2. / Ets domain / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / : / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / Lipocalin signature. / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / : / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / : / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Coronavirus 3Ecto domain profile. / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / : / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / : / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6NR / Replicase polyprotein 1ab / Transcription factor ETV6
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Konkolova, E. / Klima, M. / Boura, E. / Jin, J. / Kaniskan, H.U. / Han, Y. / Vedadi, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Drug Discovery in Low Data Regimes: Leveraging a Computational Pipeline for the Discovery of Novel SARS-CoV-2 Nsp14-MTase Inhibitors.
著者: Nigam, A. / Hurley, M.F.D. / Li, F. / Konkolova, E. / Klima, M. / Trylcova, J. / Pollice, R. / Cinaroglu, S.S. / Levin-Konigsberg, R. / Handjaya, J. / Schapira, M. / Chau, I. / Perveen, S. / ...著者: Nigam, A. / Hurley, M.F.D. / Li, F. / Konkolova, E. / Klima, M. / Trylcova, J. / Pollice, R. / Cinaroglu, S.S. / Levin-Konigsberg, R. / Handjaya, J. / Schapira, M. / Chau, I. / Perveen, S. / Ng, H.L. / Umit Kaniskan, H. / Han, Y. / Singh, S. / Gorgulla, C. / Kundaje, A. / Jin, J. / Voelz, V.A. / Weber, J. / Nencka, R. / Boura, E. / Vedadi, M. / Aspuru-Guzik, A.
履歴
登録2022年12月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor ETV6,Proofreading exoribonuclease nsp14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0003
ポリマ－35,5261
非ポリマー4742
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area14350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.309, 109.309, 48.651
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
Space group name HallP65
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Transcription factor ETV6,Proofreading exoribonuclease nsp14 / ETS translocation variant 6 / ETS-related protein Tel1 / Tel / ExoN / Guanine-N7 methyltransferase ...ETS translocation variant 6 / ETS-related protein Tel1 / Tel / ExoN / Guanine-N7 methyltransferase / Non-structural protein 14 / nsp14


分子量: 35526.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: SARS-CoV-2 nsp14 methyltransferase domain (residues 300-527) is N-terminally fused to a crystallization tag TELSAM via a Pro-Ala-Ala tripeptide linker.,SARS-CoV-2 nsp14 methyltransferase ...詳細: SARS-CoV-2 nsp14 methyltransferase domain (residues 300-527) is N-terminally fused to a crystallization tag TELSAM via a Pro-Ala-Ala tripeptide linker.,SARS-CoV-2 nsp14 methyltransferase domain (residues 300-527) is N-terminally fused to a crystallization tag TELSAM via a Pro-Ala-Ala tripeptide linker.
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
遺伝子: ETV6, TEL, TEL1, rep, 1a-1b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P41212, UniProt: P0DTD1, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-6NR / (2~{S})-2-azanyl-4-[[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(4-azanyl-5-cyano-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methylsulfanyl]butanoic acid


分子量: 408.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.92 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM bicine/Trizma pH 8.5; 10% w/v PEG 20.000, 20% v/v PEG MME 550; 20 mM D-glucose, 20 mM D-mannose, 20 mM D-galactose, 20 mM L-fucose, 20 mM D-xylose, 20 mM N-acetyl-D-glucosamine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→47.33 Å / Num. obs: 13850 / % possible obs: 99.46 % / 冗長度: 19.9 % / Biso Wilson estimate: 46.03 Å2 / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.3783 / Rpim(I) all: 0.08633 / Rrim(I) all: 0.3881 / Net I/σ(I): 7.63
反射 シェル解像度: 2.36→2.444 Å / 冗長度: 15.9 % / Rmerge(I) obs: 3.603 / Mean I/σ(I) obs: 0.54 / Num. unique obs: 1383 / CC1/2: 0.422 / CC star: 0.77 / Rpim(I) all: 0.9254 / Rrim(I) all: 3.722 / % possible all: 98.19

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.9.6モデル構築
PHENIX1.20_4459精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.36→47.33 Å / SU ML: 0.3029 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.7285
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2639 689 5 %random selection
Rwork0.23 13094 --
obs0.2318 13783 99.48 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 56.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.36→47.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2105 0 29 26 2160
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00152237
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.41613050
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0386321
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0028406
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.5404808
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.36-2.540.34651370.33842576X-RAY DIFFRACTION98.58
2.54-2.80.33391360.31282590X-RAY DIFFRACTION99.34
2.8-3.20.31741360.2722608X-RAY DIFFRACTION99.78
3.2-4.030.26021390.21632624X-RAY DIFFRACTION99.82
4.04-47.330.22051410.18732696X-RAY DIFFRACTION99.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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