PDB-8bw3: PanDDA analysis -- Crystal Structure of PHIP in complex with Z198...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bw3

タイトル

PanDDA analysis -- Crystal Structure of PHIP in complex with Z198194396 synthetic derivative

要素

PH-interacting protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / brodomain / automated chemistry / reaction product

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of cell morphogenesis / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / regulation of protein phosphorylation / RHOBTB2 GTPase cycle / cytoskeleton organization / positive regulation of mitotic nuclear division / : / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / insulin receptor binding / insulin receptor signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Grosjean, H. / Aimon, A. / Hassell-Hart, S. / Bradshaw, W.J. / Krojer, T. / Talon, R. / Douangamath, A. / Koekemoer, L. / Biggin, P.C. / Spencer, J. / von Delft, F.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: PanDDA analysis -- Crystal Structure of PHIP in complex with Z198194396 synthetic derivative
著者: Grosjean, H. / Aimon, A. / Hassell-Hart, S. / Bradshaw, W.J. / Krojer, T. / Talon, R. / Douangamath, A. / Koekemoer, L. / Biggin, P.C. / Spencer, J. / von Delft, F.

履歴

登録	2022年12月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2022年12月21日	ID: 5S9H
改定 1.0	2022年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bw3.cif.gz	90.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bw3.ent.gz	51.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bw3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/8bw3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/8bw3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8bw2C 8bw4C 7av9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PH-interacting protein

ヘテロ分子

17.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Biological assembly 1 assigned by authors and generated by PISA (software)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.957, 26.805, 55.183
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.662, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1718- HOH

#1: タンパク質	PH-interacting protein / PHIP / DDB1- and CUL4-associated factor 14 / IRS-1 PH domain-binding protein / WD repeat-containing protein 11 分子量: 17627.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHIP, DCAF14, WDR11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WWQ0
#2: 化合物	ChemComp-Y3V / (2S)-N-(cyclopropylmethyl)-2-methyl-4-(1-methyl-1H-pyrrole-2-carbonyl)piperazine-1-carboxamide 分子量: 304.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₄N₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 27.44 %
結晶化	温度: 277.5 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 20% PEG 8000, 0.04M POTASSIUM PHOSPHATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9127 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9127 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→54.4 Å / Num. obs: 28411 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 2.9 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 1.3→1.32 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 1239 / CC_1/2: 0.417 / % possible all: 87.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7AV9

7av9

解像度: 1.3→54.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 3.884 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.067 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2422	1420	5.003 %
R_work	0.2074	26964	-
all	0.209	-	-
obs	-	28384	96.132 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.35 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.05 Å²	0 Å²	0.18 Å²
2-	-	0.434 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→54.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	990	0	22	125	1137

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	1045
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.016	930
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.445	1.662	1415
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.565	1.567	2181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.717	5	122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.831	5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.65	10	183
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.3	10	53
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	149
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1188
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	218
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.242	0.2	247
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	885
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.194	0.2	529
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	548
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.203	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.067	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.215	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.211	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.552	1.919	479
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.549	1.917	479
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.236	2.895	598
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.244	2.897	599
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.162	2.635	566
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.157	2.634	567
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.729	3.701	812
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.724	3.701	813
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.272	39.813	1315
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.956	35.757	1283
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	6.886	3	1975

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.3-1.334	0.325	97	0.351	1820	0.35	2194	0.905	0.902	87.3747	0.341
1.334-1.37	0.36	92	0.348	1773	0.348	2079	0.897	0.887	89.7066	0.342
1.37-1.41	0.298	86	0.327	1749	0.326	2051	0.922	0.917	89.4686	0.32
1.41-1.453	0.333	97	0.304	1803	0.305	1976	0.92	0.929	96.1538	0.295
1.453-1.501	0.343	84	0.277	1801	0.28	1942	0.907	0.936	97.0649	0.266
1.501-1.554	0.304	91	0.241	1739	0.244	1879	0.918	0.948	97.3922	0.225
1.554-1.612	0.27	99	0.21	1649	0.214	1794	0.952	0.97	97.4359	0.192
1.612-1.678	0.27	89	0.21	1620	0.213	1741	0.959	0.972	98.162	0.191
1.678-1.753	0.276	73	0.196	1568	0.199	1675	0.948	0.975	97.9702	0.179
1.753-1.838	0.241	77	0.197	1488	0.199	1593	0.96	0.976	98.2423	0.18
1.838-1.937	0.231	72	0.208	1407	0.209	1508	0.962	0.972	98.0769	0.195
1.937-2.055	0.247	60	0.2	1389	0.202	1472	0.966	0.975	98.4375	0.189
2.055-2.196	0.279	61	0.188	1267	0.192	1349	0.956	0.979	98.4433	0.181
2.196-2.372	0.216	72	0.187	1187	0.189	1272	0.971	0.975	98.978	0.182
2.372-2.598	0.255	67	0.191	1089	0.194	1168	0.96	0.977	98.9726	0.189
2.598-2.904	0.288	57	0.2	1008	0.205	1072	0.957	0.974	99.347	0.202
2.904-3.351	0.221	47	0.194	900	0.195	949	0.966	0.977	99.7893	0.199
3.351-4.101	0.23	39	0.175	759	0.178	799	0.97	0.982	99.8748	0.186
4.101-5.783	0.126	38	0.184	592	0.18	635	0.988	0.982	99.2126	0.199
5.783-54.4	0.228	22	0.215	355	0.215	377	0.966	0.974	100	0.243

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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