PDB-8bw2: PanDDA analysis -- Crystal Structure of PHIP in complex with Z198...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bw2

タイトル

PanDDA analysis -- Crystal Structure of PHIP in complex with Z198194396 synthetic derivative

要素

PH-interacting protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / brodomain / automated chemistry / reaction product

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of cell morphogenesis / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / regulation of protein phosphorylation / RHOBTB2 GTPase cycle / cytoskeleton organization / positive regulation of mitotic nuclear division / : / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / insulin receptor binding / insulin receptor signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Grosjean, H. / Aimon, A. / Hassell-Hart, S. / Bradshaw, W.J. / Krojer, T. / Talon, R. / Douangamath, A. / Koekemoer, L. / Biggin, P.C. / Spencer, J. / von Delft, F.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: PanDDA analysis -- Crystal Structure of PHIP in complex with Z198194396 synthetic derivative
著者: Grosjean, H. / Aimon, A. / Hassell-Hart, S. / Bradshaw, W.J. / Krojer, T. / Talon, R. / Douangamath, A. / Koekemoer, L. / Biggin, P.C. / Spencer, J. / von Delft, F.

履歴

登録	2022年12月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2022年12月21日	ID: 5S9F
改定 1.0	2022年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bw2.cif.gz	92.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bw2.ent.gz	52.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bw2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/8bw2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/8bw2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8bw3C 8bw4C 7av9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PH-interacting protein

ヘテロ分子

17.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Biological assembly 1 assigned by authors and generated by PISA (software)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.570, 26.886, 55.645
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.304, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1730- HOH

#1: タンパク質	PH-interacting protein / PHIP / DDB1- and CUL4-associated factor 14 / IRS-1 PH domain-binding protein / WD repeat-containing protein 11 分子量: 17627.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHIP, DCAF14, WDR11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WWQ0
#2: 化合物	ChemComp-Y3Y / (2R)-N-(2-methoxyethyl)-2-methyl-4-thiophen-2-ylcarbonyl-piperazine-1-carboxamide 分子量: 311.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₁N₃O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 27.71 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 20% PEG 8000, 0.04M POTASSIUM PHOSPHATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9127 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9127 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→54.75 Å / Num. obs: 26051 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 2.8 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 1.35→1.37 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 1196 / CC_1/2: 0.413

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7AV9

7av9

解像度: 1.35→54.748 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 5.485 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.078 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2576	1322	5.081 %
R_work	0.1994	24697	-
all	0.202	-	-
obs	-	26019	98.129 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.32 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.099 Å²	-0 Å²	0.827 Å²
2-	-	0.603 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.941 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→54.748 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	990	0	21	136	1147

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	1062
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.016	943
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.494	1.667	1439
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.485	1.566	2212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.13	5	126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.939	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.314	10	186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.162	10	53
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	151
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1229
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	223
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.235	0.2	247
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	900
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.194	0.2	544
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	527
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	90
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.003	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.184	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.152	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.23	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.102	2.021	492
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.101	2.021	492
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.933	3.047	619
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.938	3.05	620
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.573	2.601	570
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.569	2.603	571
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.42	3.729	819
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.417	3.737	820
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.902	38.727	1342
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.755	35.065	1305
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.541	3	2005

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.35-1.385	0.41	68	0.424	1735	0.424	1930	0.37	0.428	93.4197	0.417
1.385-1.423	0.4	108	0.389	1622	0.39	1900	0.818	0.817	91.0526	0.383
1.423-1.464	0.34	111	0.337	1716	0.338	1847	0.893	0.897	98.9172	0.333
1.464-1.509	0.343	99	0.296	1656	0.298	1779	0.891	0.913	98.6509	0.287
1.509-1.559	0.286	102	0.258	1597	0.259	1724	0.92	0.94	98.5499	0.243
1.559-1.613	0.288	77	0.213	1586	0.216	1688	0.942	0.965	98.519	0.2
1.613-1.674	0.26	79	0.195	1543	0.199	1627	0.965	0.975	99.6927	0.185
1.674-1.742	0.286	91	0.182	1450	0.188	1551	0.949	0.978	99.3553	0.167
1.742-1.82	0.22	56	0.189	1442	0.19	1504	0.965	0.977	99.6011	0.173
1.82-1.909	0.303	69	0.235	1335	0.238	1437	0.927	0.95	97.7035	0.218
1.909-2.012	0.36	69	0.273	1274	0.278	1356	0.905	0.935	99.0413	0.256
2.012-2.134	0.227	60	0.186	1258	0.188	1321	0.963	0.977	99.7729	0.173
2.134-2.281	0.236	50	0.222	1154	0.223	1218	0.953	0.957	98.8506	0.205
2.281-2.463	0.277	46	0.165	1080	0.169	1130	0.957	0.982	99.646	0.158
2.463-2.698	0.234	67	0.16	1004	0.165	1072	0.965	0.983	99.9067	0.157
2.698-3.015	0.224	45	0.169	897	0.172	945	0.969	0.981	99.6825	0.169
3.015-3.48	0.236	38	0.179	802	0.181	843	0.965	0.982	99.6441	0.181
3.48-4.257	0.201	36	0.148	693	0.15	733	0.977	0.987	99.4543	0.156
4.257-6.003	0.206	35	0.145	526	0.148	567	0.983	0.989	98.9418	0.156
6.003-54.748	0.239	16	0.173	327	0.176	343	0.974	0.975	100	0.19

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)