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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bvz | ||||||
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タイトル | Spatial structure of amyloidogenic SEM1(49-67) peptide | ||||||
要素 | Alpha-inhibin-31 | ||||||
キーワード | PROTEIN FIBRIL / Semenogelin1 / SEM1 / amyloid | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 coagulation / positive regulation of serine-type endopeptidase activity / negative regulation of flagellated sperm motility / insemination / negative regulation of calcium ion import / sperm capacitation / Antimicrobial peptides / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / killing of cells of another organism ...coagulation / positive regulation of serine-type endopeptidase activity / negative regulation of flagellated sperm motility / insemination / negative regulation of calcium ion import / sperm capacitation / Antimicrobial peptides / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / killing of cells of another organism / Amyloid fiber formation / protein-containing complex / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / molecular dynamics | ||||||
データ登録者 | Semenova, E.A. / Yulmetov, A.R. / Osetrina, D.A. / Blokhin, D.S. | ||||||
資金援助 | ロシア, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Spatial structure of amyloidogenic SEM1(49-67) peptide 著者: Semenova, E.A. / Yulmetov, A.R. / Osetrina, D.A. / Blokhin, D.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8bvz.cif.gz | 80.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8bvz.ent.gz | 55.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8bvz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8bvz_validation.pdf.gz | 342.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8bvz_full_validation.pdf.gz | 394.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8bvz_validation.xml.gz | 6.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8bvz_validation.cif.gz | 9.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/8bvz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/8bvz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2091.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P04279 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution / 内容: 0.766 mM SEM1(49-67), 95% H2O/5% D2O / Label: SEM1(49-67) / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O |
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試料 | 濃度: 0.766 mM / 構成要素: SEM1(49-67) / Isotopic labeling: natural abundance |
試料状態 | イオン強度: 0 mM / Label: conditions_1 / pH: 3.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 5 | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15 |