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- PDB-8bvz: Spatial structure of amyloidogenic SEM1(49-67) peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bvz
タイトルSpatial structure of amyloidogenic SEM1(49-67) peptide
要素Alpha-inhibin-31
キーワードPROTEIN FIBRIL / Semenogelin1 / SEM1 / amyloid
機能・相同性
機能・相同性情報


coagulation / negative regulation of flagellated sperm motility / positive regulation of serine-type endopeptidase activity / negative regulation of calcium ion import / insemination / Antimicrobial peptides / sperm capacitation / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / killing of cells of another organism ...coagulation / negative regulation of flagellated sperm motility / positive regulation of serine-type endopeptidase activity / negative regulation of calcium ion import / insemination / Antimicrobial peptides / sperm capacitation / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / killing of cells of another organism / Amyloid fiber formation / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Semenova, E.A. / Yulmetov, A.R. / Osetrina, D.A. / Blokhin, D.S.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Science FoundationRSF-20-73-10034 ロシア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Spatial structure of amyloidogenic SEM1(49-67) peptide
著者: Semenova, E.A. / Yulmetov, A.R. / Osetrina, D.A. / Blokhin, D.S.
履歴
登録2022年12月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-inhibin-31


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,0911
ポリマ－2,0911
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 100back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Alpha-inhibin-31


分子量: 2091.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P04279

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-1H TOCSY
131isotropic12D 1H-1H NOESY
141isotropic12D 1H-1H ROESY
151isotropic12D 1H-13C HSQC
161isotropic12D 1H-13C HMBC

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 0.766 mM SEM1(49-67), 95% H2O/5% D2O / Label: SEM1(49-67) / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料濃度: 0.766 mM / 構成要素: SEM1(49-67) / Isotopic labeling: natural abundance
試料状態イオン強度: 0 mM / Label: conditions_1 / pH: 3.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II5001
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD7002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.2Bruker Biospincollection
CcpNmr Analysis3.1CCPNchemical shift assignment
TopSpin3.2Bruker Biospin解析
CcpNmr Analysis3.1CCPNpeak picking
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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