PDB-8bvx: Structure of the mouse 8-oxoguanine DNA Glycosylase mOGG1 in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bvx

タイトル

Structure of the mouse 8-oxoguanine DNA Glycosylase mOGG1 in complex with ligand TH13264

要素

N-glycosylase/DNA lyase

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / OGG1 / ligand

機能・相同性

機能・相同性情報

Cleavage of the damaged pyrimidine / oxidized base lesion DNA N-glycosylase activity / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / negative regulation of double-strand break repair via single-strand annealing / oxidized purine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / DNA N-glycosylase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Scaletti, E. / Stenmark, P.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the mouse 8-oxoguanine DNA Glycosylase mOGG1 in complex with ligand TH13264
著者: Scaletti, E. / Stenmark, P.

履歴

登録	2022年12月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bvx.cif.gz	199.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bvx.ent.gz	152.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bvx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/8bvx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/8bvx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: N-glycosylase/DNA lyase

B: N-glycosylase/DNA lyase

C: N-glycosylase/DNA lyase

ヘテロ分子

108 kDa, 3 ポリマー
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1

A: N-glycosylase/DNA lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
36.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: N-glycosylase/DNA lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: N-glycosylase/DNA lyase

登録者が定義した集合体
35.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.589, 81.874, 169.954
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	N-glycosylase/DNA lyase 分子量: 35816.652 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ogg1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O08760, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#2: 化合物	ChemComp-RYF / ~{N}-(4-iodophenyl)-1~{H}-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine 分子量: 337.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₈IN₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.43 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 10 % w/v PEG4000, 20 % glycerol, 0.03 M ethylene glycol, 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→58.85 Å / Num. obs: 48282 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 2.35→2.43 Å / Num. unique obs: 4378 / CC_1/2: 0.576

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.35→58.85 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 11.623 / SU ML: 0.264 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.427 / ESU R Free: 0.291 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3024	2387	4.953 %
R_work	0.2632	45805	-
all	0.265	-	-
obs	-	48192	99.934 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.685 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.411 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.229 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.819 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→58.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7290	0	30	103	7423

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.012	7523
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	6667
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.659	1.649	10242
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.238	1.564	15496
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.431	5	918
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	2.076	5	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.232	10	1154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	10.833	10	348
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.033	0.2	1103
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.031	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	8637
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1576
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.169	0.2	1508
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.172	0.2	6107
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	3630
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	3727
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.114	0.2	159
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.074	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.167	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.586	7.343	3696
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.586	7.344	3696
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.845	11.001	4606
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.844	11.002	4607
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.245	7.305	3827
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.245	7.306	3828
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.193	10.933	5636
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.193	10.934	5637
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.699	89.244	8421
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.669	89.137	8409

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.411	0.374	188	0.378	3359	X-RAY DIFFRACTION	99.8874
2.411-2.477	0.408	154	0.355	3244	X-RAY DIFFRACTION	99.8237
2.477-2.549	0.336	179	0.331	3125	X-RAY DIFFRACTION	99.8489
2.549-2.627	0.362	169	0.319	3074	X-RAY DIFFRACTION	99.9384
2.627-2.713	0.332	182	0.31	2950	X-RAY DIFFRACTION	99.9362
2.713-2.808	0.38	164	0.301	2893	X-RAY DIFFRACTION	100
2.808-2.914	0.377	138	0.312	2786	X-RAY DIFFRACTION	99.9316
2.914-3.032	0.375	162	0.304	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
3.032-3.167	0.323	141	0.297	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
3.167-3.321	0.33	122	0.294	2488	X-RAY DIFFRACTION	99.9617
3.321-3.5	0.293	101	0.284	2377	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5-3.711	0.343	110	0.272	2266	X-RAY DIFFRACTION	100
3.711-3.966	0.281	85	0.258	2128	X-RAY DIFFRACTION	100
3.966-4.283	0.343	105	0.249	1995	X-RAY DIFFRACTION	100
4.283-4.689	0.309	63	0.224	1834	X-RAY DIFFRACTION	100
4.689-5.238	0.25	80	0.231	1685	X-RAY DIFFRACTION	100
5.238-6.041	0.293	74	0.252	1474	X-RAY DIFFRACTION	100
6.041-7.379	0.285	77	0.233	1267	X-RAY DIFFRACTION	100
7.379-10.354	0.163	59	0.17	999	X-RAY DIFFRACTION	100
10.354-58.85	0.247	34	0.277	607	X-RAY DIFFRACTION	99.0726

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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