[日本語] English
万見
- PDB-8bvp: Crystal structure of an N-terminal fragment of the effector prote... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bvp
タイトルCrystal structure of an N-terminal fragment of the effector protein Lpg2504 (SidI) from Legionella pneumophila
要素Restriction endonuclease
キーワードPROTEIN BINDING / bacterial effector / glycosyl transferase / Legionella pneumophila / translation inhibition
機能・相同性: / symbiont-mediated suppression of host translation elongation / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Machtens, D.A. / Willerding, J.M. / Eschenburg, S. / Reubold, T.F.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2023
タイトル: Crystal structure of the N-terminal domain of the effector protein SidI of Legionella pneumophila reveals a glucosyl transferase domain.
著者: Machtens, D.A. / Willerding, J.M. / Eschenburg, S. / Reubold, T.F.
履歴
登録2022年12月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Restriction endonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2733
ポリマ－62,1751
非ポリマー982
水5,963331
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area380 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area26460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.700, 61.030, 113.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.29, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Restriction endonuclease


分子量: 62175.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DSMZ-7513
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / 遺伝子: lpg2504 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZSL3
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.45 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 100 mM Tris-HCl ph 8.5, 14 % ethanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978565 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978565 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→36.12 Å / Num. obs: 41606 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 23.42
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 2.04 % / Num. unique obs: 5384 / CC1/2: 0.846 / Rrim(I) all: 0.897 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→36.12 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2541 2078 5 %
Rwork0.2067 --
obs0.2091 41577 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→36.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4309 0 5 331 4645
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074396
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7955931
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1491699
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048661
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008769
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.150.33291390.29622621X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.20.3391360.28952598X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.260.35951360.34382575X-RAY DIFFRACTION98
2.26-2.330.33731370.27022606X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.40.31561390.25972628X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.490.2851390.24012634X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.590.28321380.23752630X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.710.32691380.2482625X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.850.29251380.26592626X-RAY DIFFRACTION100
2.85-3.030.33781380.25042618X-RAY DIFFRACTION100
3.03-3.260.30031400.23712655X-RAY DIFFRACTION100
3.26-3.590.28361390.22562637X-RAY DIFFRACTION100
3.59-4.110.21331400.1882654X-RAY DIFFRACTION100
4.11-5.170.23011400.17322677X-RAY DIFFRACTION100
5.18-36.120.20621410.16952715X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る