PDB-8bvm: Cryo-EM structure of Hfq-Crc-rbsB translation repression complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bvm

タイトル

Cryo-EM structure of Hfq-Crc-rbsB translation repression complex

要素

Catabolite repression control protein
RNA-binding protein Hfq
rbsB mRNA

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / co-transcriptional RNA folding / Crc / metabolic regulation / ribonucleoprotein assembly / RNA chaperone Hfq / translational regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

exodeoxyribonuclease III / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA repair / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å

データ登録者

Dendooven, T. / Luisi, B.F.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: EMBO J / 年: 2023
タイトル: Translational regulation by Hfq-Crc assemblies emerges from polymorphic ribonucleoprotein folding.
著者: Tom Dendooven / Elisabeth Sonnleitner / Udo Bläsi / Ben F Luisi /

要旨: The widely occurring bacterial RNA chaperone Hfq is a key factor in the post-transcriptional control of hundreds of genes in Pseudomonas aeruginosa. How this broadly acting protein can contribute to ...

履歴

登録	2022年12月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.2	2024年7月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / refine / struct_ncs_dom_lim Item: _em_admin.last_update / _refine.ls_d_res_high ..._em_admin.last_update / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bvm.cif.gz	317.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bvm.ent.gz	253.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bvm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8bvm_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bvm_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	8bvm_validation.xml.gz	51.6 KB	表示
CIF形式データ	8bvm_validation.cif.gz	77.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/8bvm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/8bvm	HTTPS FTP

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機械受容チャネル (Mechanosensitive Channels)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Catabolite repression control protein

B: RNA-binding protein Hfq

C: RNA-binding protein Hfq

D: RNA-binding protein Hfq

E: RNA-binding protein Hfq

F: RNA-binding protein Hfq

G: RNA-binding protein Hfq

H: Catabolite repression control protein

I: RNA-binding protein Hfq

J: RNA-binding protein Hfq

K: RNA-binding protein Hfq

L: RNA-binding protein Hfq

M: RNA-binding protein Hfq

N: Catabolite repression control protein

O: RNA-binding protein Hfq

u: rbsB mRNA

235 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
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2	69	SER	SER	ARG	ARG	O	O	6 - 69	6 - 69

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Catabolite repression control protein / Exodeoxyribonuclease III 分子量: 30101.869 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 遺伝子: crc, exoA, ALP65_01013, CAZ10_32350, CGU42_22755, DT376_09125, E4V10_18585, E5D53_27785, E5Z62_16095, E5Z63_23405, ECC04_031800, GNQ48_25180, GUL26_21635, IPC111_12165, IPC112_13745, ...遺伝子: crc, exoA, ALP65_01013, CAZ10_32350, CGU42_22755, DT376_09125, E4V10_18585, E5D53_27785, E5Z62_16095, E5Z63_23405, ECC04_031800, GNQ48_25180, GUL26_21635, IPC111_12165, IPC112_13745, IPC113_22800, IPC114_17225, IPC115_20105, IPC116_23795, IPC117_25625, IPC118_26680, IPC119_29495, IPC120_26430, IPC121_21355, IPC122_22810, IPC123_28525, IPC124_13695, IPC125_17530, IPC126_13890, IPC127_14855, IPC128_10355, IPC1295_10410, IPC129_12605, IPC1306_08360, IPC1307_28280, IPC1308_08250, IPC1309_21675, IPC130_13760, IPC1310_18070, IPC1311_27715, IPC1312_27760, IPC1313_12995, IPC1314_23305, IPC1315_13925, IPC1316_03820, IPC1317_21325, IPC1319_28440, IPC131_02850, IPC1320_21925, IPC1321_13670, IPC1322_08030, IPC1323_08650, IPC1324_08655, IPC1325_28715, IPC1326_03390, IPC1327_03390, IPC1329_17010, IPC132_06970, IPC1330_11465, IPC1331_28200, IPC1332_29425, IPC1333_11845, IPC1334_25345, IPC1335_28860, IPC1336_09225, IPC1337_29545, IPC1339_28790, IPC133_03360, IPC1340_28180, IPC1341_12600, IPC1342_25815, IPC1343_28125, IPC1345_26635, IPC1346_12480, IPC1347_06540, IPC1349_02495, IPC134_02845, IPC135_03360, IPC137_05170, IPC139_09290, IPC140_06730, IPC141_03365, IPC142_07260, IPC143_27785, IPC144_27850, IPC145_26565, IPC146_07875, IPC1474_29365, IPC1476_04745, IPC1477_00205, IPC1478_21530, IPC1479_05830, IPC147_27530, IPC1480_09320, IPC1481_08100, IPC1482_03390, IPC1485_09070, IPC1486_00200, IPC1487_09730, IPC1488_23420, IPC1489_30180, IPC148_13460, IPC1490_30060, IPC1491_03590, IPC1492_29195, IPC1494_10055, IPC1496_07955, IPC1498_13815, IPC1499_04620, IPC149_07870, IPC1500_13950, IPC1501_16685, IPC1502_17430, IPC1503_12005, IPC1504_12415, IPC1505_29825, IPC1506_17410, IPC1507_24155, IPC1508_30170, IPC1509_28695, IPC150_28080, IPC1510_28915, IPC1511_30420, IPC1512_29660, IPC1515_25380, IPC1516_25030, IPC1517_08725, IPC1518_07355, IPC1519_08150, IPC151_23655, IPC1521_08375, IPC1522_08210, IPC1523_29925, IPC152_28760, IPC153_23345, IPC154_17265, IPC155_18160, IPC156_17280, IPC157_20765, IPC1583_04500, IPC1584_21700, IPC1585_03355, IPC1586_12135, IPC1587_07630, IPC1588_00205, IPC1589_12850, IPC158_22475, IPC1590_04505, IPC1591_26650, IPC1592_03360, IPC1593_28620, IPC1594_08340, IPC1595_28610, IPC1596_08050, IPC1597_07705, IPC1598_07535, IPC1599_12520, IPC159_19675, IPC1600_03625, IPC1601_25405, IPC1602_28860, IPC1603_04480, IPC1604_17280, IPC1605_06980, IPC1606_28085, IPC161_21475, IPC168_27215, IPC172_03365, IPC173_03365, IPC174_04115, IPC175_27990, IPC176_00200, IPC177_23820, IPC178_12645, IPC179_03225, IPC180_03440, IPC181_03440, IPC182_27410, IPC183_07620, IPC184_23205, IPC26_03230, IPC27_25570, IPC29_25820, IPC30_25775, IPC31_26330, IPC32_23895, IPC33_16805, IPC34_07650, IPC35_07645, IPC36_11985, IPC37_11015, IPC38_07925, IPC40_27470, IPC41_03360, IPC42_03360, IPC43_23085, IPC44_22815, IPC45_21905, IPC46_07155, IPC47_03385, IPC48_27355, IPC49_03360, IPC50_30570, IPC51_28835, IPC54_18710, IPC55_30750, IPC56_25845, IPC574_05650, IPC575_13820, IPC576_07870, IPC577_30530, IPC578_05650, IPC579_06085, IPC57_11625, IPC580_13610, IPC582_05645, IPC584_14310, IPC586_05655, IPC589_14875, IPC58_27585, IPC596_07850, IPC597_03535, IPC598_09625, IPC599_08585, IPC59_11860, IPC600_09330, IPC601_08240, IPC602_08660, IPC603_03370, IPC604_03350, IPC605_03350, IPC606_24980, IPC607_31450, IPC608_28595, IPC609_14300, IPC60_11070, IPC610_25045, IPC611_03630, IPC612_03625, IPC613_03625, IPC614_10255, IPC615_03650, IPC616_03650, IPC618_03645, IPC61_27990, IPC620_03665, IPC621_02265, IPC622_09600, IPC623_28715, IPC624_03390, IPC625_10215, IPC627_06380, IPC629_12080, IPC630_04660, IPC632_00200, IPC633_27305, IPC634_00200, IPC64_27165, IPC65_28585, IPC66_27855, IPC67_03650, IPC68_03420, IPC70_17275, IPC71_27005, IPC737_07685, IPC73_27875, IPC74_28395, IPC75_18330, IPC76_17335, IPC77_23945, IPC78_12120, NCTC13621_05232, PA52Ts2_6132, PAMH19_3299 発現宿主: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q51380, exodeoxyribonuclease III
#2: タンパク質	RNA-binding protein Hfq 分子量: 9114.487 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: hfq, PSPA7_5673 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A6VD57
#3: RNA鎖	rbsB mRNA 分子量: 34850.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

ID	名称	タイプ	Entity ID	Parent-ID	由来
1	Complex of the RNA chaperone Hfq and helper protein Crc assembled on a rbsB mRNA fragment	COMPLEX	all	0	RECOMBINANT
2	Catabolite repression control protein	COMPLEX	#1	1	RECOMBINANT
3	rbsB mRNA	COMPLEX	#3	1	RECOMBINANT
4	RNA-binding protein Hfq	COMPLEX	#2	1	RECOMBINANT

分子量

値: 0.180 MDa / 実験値: NO

由来(天然)

ID	Entity assembly-ID	生物種	Ncbi tax-ID
2	2	Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)	287
3	3	Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)	287
4	4	Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)	287

由来(組換発現)

ID	Entity assembly-ID	生物種	Ncbi tax-ID
2	2	Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)	287
3	3	Synthetic construct (人工物)	32630
4	4	Escherichia coli (大腸菌)	562

緩衝液

pH: 7.5

試料

包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

試料支持

グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3

急速凍結

凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.18rc5_3822: / 分類: 精密化

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
2	EPU		画像取得
4	CTFFIND	4.1	CTF補正
7	UCSF Chimera	1.13.1	モデルフィッティング
9	cryoSPARC	2.15	初期オイラー角割当
10	cryoSPARC	2.15	最終オイラー角割当
12	cryoSPARC	2.15	３次元再構成
13	REFMAC		モデル精密化
14	PHENIX		モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 148700 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: RIGID BODY FIT

精密化

解像度: 3.8→3.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.915 / SU B: 17.532 / SU ML: 0.247 / ESU R: 0.264
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.39935	-	-
obs	0.39935	471805	100 %

溶媒の処理

溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION

原子変位パラメータ

B_iso mean: 251.902 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	11.97 Å²	3.08 Å²	-5.64 Å²
2-	-	-5.23 Å²	-1.64 Å²
3-	-	-	-6.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 合計: 14008

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.001	14342
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.38	19692
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	15.142	2352
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.04	2226
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.003	2351

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	17576	0.09
1	2	H	17576	0.09
2	1	A	17432	0.09
2	2	N	17432	0.09
3	1	B	3640	0.14
3	2	C	3640	0.14
4	1	B	3628	0.13
4	2	D	3628	0.13
5	1	B	3684	0.12
5	2	E	3684	0.12
6	1	B	3754	0.13
6	2	F	3754	0.13
7	1	B	3656	0.13
7	2	G	3656	0.13
8	1	B	3894	0.08
8	2	I	3894	0.08
9	1	B	3686	0.12
9	2	J	3686	0.12
10	1	B	3616	0.12
10	2	K	3616	0.12
11	1	B	3688	0.11
11	2	L	3688	0.11
12	1	B	3722	0.14
12	2	M	3722	0.14
13	1	B	3668	0.13
13	2	O	3668	0.13
14	1	C	3526	0.14
14	2	D	3526	0.14
15	1	C	3532	0.15
15	2	E	3532	0.15
16	1	C	3656	0.12
16	2	F	3656	0.12
17	1	C	3526	0.15
17	2	G	3526	0.15
18	1	C	3616	0.14
18	2	I	3616	0.14
19	1	C	3786	0.1
19	2	J	3786	0.1
20	1	C	3504	0.14
20	2	K	3504	0.14
21	1	C	3550	0.14
21	2	L	3550	0.14
22	1	C	3612	0.13
22	2	M	3612	0.13
23	1	C	3546	0.15
23	2	O	3546	0.15
24	1	D	3684	0.11
24	2	E	3684	0.11
25	1	D	3624	0.12
25	2	F	3624	0.12
26	1	D	3810	0.12
26	2	G	3810	0.12
27	1	D	3658	0.12
27	2	I	3658	0.12
28	1	D	3548	0.13
28	2	J	3548	0.13
29	1	D	3846	0.08
29	2	K	3846	0.08
30	1	D	3688	0.1
30	2	L	3688	0.1
31	1	D	3588	0.13
31	2	M	3588	0.13
32	1	D	3758	0.12
32	2	O	3758	0.12
33	1	E	3704	0.12
33	2	F	3704	0.12
34	1	E	3692	0.13
34	2	G	3692	0.13
35	1	E	3716	0.12
35	2	I	3716	0.12
36	1	E	3586	0.14
36	2	J	3586	0.14
37	1	E	3692	0.11
37	2	K	3692	0.11
38	1	E	3934	0.09
38	2	L	3934	0.09
39	1	E	3652	0.13
39	2	M	3652	0.13
40	1	E	3702	0.13
40	2	O	3702	0.13
41	1	F	3676	0.13
41	2	G	3676	0.13
42	1	F	3792	0.12
42	2	I	3792	0.12
43	1	F	3694	0.1
43	2	J	3694	0.1
44	1	F	3624	0.12
44	2	K	3624	0.12
45	1	F	3712	0.11
45	2	L	3712	0.11
46	1	F	3848	0.08
46	2	M	3848	0.08
47	1	F	3664	0.12
47	2	O	3664	0.12
48	1	G	3706	0.12
48	2	I	3706	0.12
49	1	G	3574	0.14
49	2	J	3574	0.14
50	1	G	3796	0.12
50	2	K	3796	0.12
51	1	G	3698	0.12
51	2	L	3698	0.12
52	1	G	3632	0.14
52	2	M	3632	0.14
53	1	G	3874	0.08
53	2	O	3874	0.08
54	1	H	17746	0.09
54	2	N	17746	0.09
55	1	I	3686	0.12
55	2	J	3686	0.12
56	1	I	3654	0.12
56	2	K	3654	0.12
57	1	I	3722	0.11
57	2	L	3722	0.11
58	1	I	3732	0.14
58	2	M	3732	0.14
59	1	I	3696	0.12
59	2	O	3696	0.12
60	1	J	3542	0.13
60	2	K	3542	0.13
61	1	J	3616	0.13
61	2	L	3616	0.13
62	1	J	3682	0.11
62	2	M	3682	0.11
63	1	J	3564	0.13
63	2	O	3564	0.13
64	1	K	3704	0.1
64	2	L	3704	0.1
65	1	K	3582	0.13
65	2	M	3582	0.13
66	1	K	3766	0.12
66	2	O	3766	0.12
67	1	L	3658	0.12
67	2	M	3658	0.12
68	1	L	3702	0.12
68	2	O	3702	0.12
69	1	M	3622	0.14
69	2	O	3622	0.14

LS精密化シェル

解像度: 3.6→3.693 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0	0	-
R_work	1.883	34782	-
obs	-	-	100 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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