[日本語] English
万見
- PDB-8bvl: Crystal structure of the IBR-RING2 domain of HOIL-1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bvl
タイトルCrystal structure of the IBR-RING2 domain of HOIL-1
要素RanBP-type and C3HC4-type zinc finger-containing protein 1
キーワードLIGASE / LUBAC / ubiquitin / RBCK1 / HOIP / SHARPIN / RBR ligase / E3 ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


protein linear polyubiquitination / LUBAC complex / cytoplasmic sequestering of protein / RBR-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin ligase activator activity / negative regulation of necroptotic process / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / TNFR1-induced proapoptotic signaling / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / protein sequestering activity ...protein linear polyubiquitination / LUBAC complex / cytoplasmic sequestering of protein / RBR-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin ligase activator activity / negative regulation of necroptotic process / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / TNFR1-induced proapoptotic signaling / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / protein sequestering activity / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / ubiquitin binding / Regulation of TNFR1 signaling / protein polyubiquitination / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / T cell receptor signaling pathway / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription coactivator activity / defense response to bacterium / identical protein binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / : / : / Zinc finger, RING-type, eukaryotic / RING-type zinc-finger / TRIAD supradomain / TRIAD supradomain profile. / Zinc finger domain / Zinc finger RanBP2 type profile. ...: / : / : / : / Zinc finger, RING-type, eukaryotic / RING-type zinc-finger / TRIAD supradomain / TRIAD supradomain profile. / Zinc finger domain / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger, RanBP2-type / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RanBP-type and C3HC4-type zinc finger-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Stieglitz, B. / Koliopoulos, M.G. / Rittinger, K.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
The Francis Crick InstituteCC2075 英国
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2022
タイトル: Structural basis for ubiquitylation by HOIL-1.
著者: Wu, Q. / Koliopoulos, M.G. / Rittinger, K. / Stieglitz, B.
履歴
登録2022年12月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RanBP-type and C3HC4-type zinc finger-containing protein 1
B: RanBP-type and C3HC4-type zinc finger-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,32612
ポリマ－32,6722
非ポリマー65410
水1,36976
1
A: RanBP-type and C3HC4-type zinc finger-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6636
ポリマ－16,3361
非ポリマー3275
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RanBP-type and C3HC4-type zinc finger-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6636
ポリマ－16,3361
非ポリマー3275
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.908, 59.263, 57.206
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 RanBP-type and C3HC4-type zinc finger-containing protein 1 / HBV-associated factor 4 / Heme-oxidized IRP2 ubiquitin ligase 1 / HOIL-1 / Hepatitis B virus X- ...HBV-associated factor 4 / Heme-oxidized IRP2 ubiquitin ligase 1 / HOIL-1 / Hepatitis B virus X-associated protein 4 / RING finger protein 54 / RING-type E3 ubiquitin transferase HOIL-1 / Ubiquitin-conjugating enzyme 7-interacting protein 3


分子量: 16335.819 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBCK1, C20orf18, RNF54, UBCE7IP3, XAP3, XAP4 / プラスミド: PET49B / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BYM8, RBR-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.52 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 200 mM magnesium chloride hexahydrate 100mM Tris-HCl pH 7.0 10% PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 1.2829 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月15日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2829 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→41.16 Å / Num. obs: 16782 / % possible obs: 95.79 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 25.91 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.08046 / Net I/σ(I): 10.14
反射 シェル解像度: 2.24→2.32 Å / Rmerge(I) obs: 0.2176 / Mean I/σ(I) obs: 3.75 / Num. unique obs: 1651 / CC1/2: 0.914

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
ARP/wARPモデル構築
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.24→41.16 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 33.65 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2961 847 5.06 %
Rwork0.2341 --
obs0.2371 16740 95.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→41.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2254 0 10 76 2340
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.007
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.347308
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061324
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012418
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.24-2.380.35021270.29042632X-RAY DIFFRACTION95
2.38-2.560.30571440.2722633X-RAY DIFFRACTION96
2.56-2.820.31091540.25912624X-RAY DIFFRACTION96
2.82-3.230.36311480.26832635X-RAY DIFFRACTION96
3.23-4.070.2671470.22282671X-RAY DIFFRACTION96
4.07-41.160.26191270.19082698X-RAY DIFFRACTION95

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る