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- PDB-8bvk: The crystal structure of O-glycoside cleaving beta-eliminase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bvk
タイトルThe crystal structure of O-glycoside cleaving beta-eliminase from A. tumefaciens AtOGE
要素Xylose isomerase
キーワードHYDROLASE / O-glycoside cleaving beta-eliminase / A. tumefaciens / AtOGE
機能・相同性Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / isomerase activity / : / Xylose isomerase
機能・相同性情報
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kuhlmann, K. / Bitter, J. / Pfeiffer, M. / Nidetzky, B. / Pavkov-Keller, T.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号
Austrian Science FundDOC130 オーストリア
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2023
タイトル: Enzymatic beta-elimination in natural product O- and C-glycoside deglycosylation.
著者: Bitter, J. / Pfeiffer, M. / Borg, A.J.E. / Kuhlmann, K. / Pavkov-Keller, T. / Sanchez-Murcia, P.A. / Nidetzky, B.
履歴
登録2022年12月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xylose isomerase
B: Xylose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9785
ポリマ-55,8132
非ポリマー1653
5,441302
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: PDBePISA suggests a dimer with a single significant contact site (surface area 19380 sq. Angstroem)
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2670 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.580, 93.670, 123.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Xylose isomerase


分子量: 27906.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
遺伝子: BV900_26275 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1V2ADZ4
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.2 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium chloridenitrate, containing 20% (w/v) PEG 3350; 10 mg/mL AtOGE1 in buffer C (10 mM HEPES buffer pH 7.0 containing 150 mM NaCl and 0.1 mM TCEP) and 0.04 mM MnCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.995→46.84 Å / Num. obs: 55224 / % possible obs: 99.03 % / 冗長度: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 28.81 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0794 / Rpim(I) all: 0.0234 / Rrim(I) all: 0.0829 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 1.995→2.067 Å / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.291 / Mean I/σ(I) obs: 6.24 / Num. unique obs: 2699 / CC1/2: 0.985 / CC star: 0.996 / Rpim(I) all: 0.0859 / Rrim(I) all: 0.3038 / % possible all: 91.99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHASER位相決定
PHENIXv1.16-3549精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→46.84 Å / SU ML: 0.2233 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.1849
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2175 2090 3.78 %
Rwork0.1742 53134 -
obs0.1758 55224 98.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→46.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3339 0 3 302 3644
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00613405
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78734619
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05530
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053596
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.08952045
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.040.281180.2213130X-RAY DIFFRACTION86.18
2.04-2.090.29441340.17883567X-RAY DIFFRACTION99.87
2.09-2.150.26571400.17583603X-RAY DIFFRACTION99.97
2.15-2.210.22951400.17883513X-RAY DIFFRACTION99.89
2.21-2.280.24161500.18053652X-RAY DIFFRACTION99.89
2.28-2.370.21751390.18253483X-RAY DIFFRACTION99.72
2.37-2.460.23611420.19043589X-RAY DIFFRACTION99.39
2.46-2.570.26511430.18843588X-RAY DIFFRACTION99.92
2.57-2.710.24761450.18523570X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.880.22731430.18733575X-RAY DIFFRACTION99.89
2.88-3.10.23191350.19693568X-RAY DIFFRACTION99.84
3.1-3.410.22771380.18933589X-RAY DIFFRACTION99.63
3.41-3.90.19771420.16213557X-RAY DIFFRACTION99.2
3.9-4.920.15731400.14713557X-RAY DIFFRACTION99.73
4.92-46.840.21181410.16233593X-RAY DIFFRACTION99.73

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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