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- PDB-8bvg: Bright fluorescent protein BrUSLEE with subnanosecond fluorescenc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bvg
タイトルBright fluorescent protein BrUSLEE with subnanosecond fluorescence lifetime
要素BrUSSLEE
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / BrUSSLEE / GFP-like biomarker
機能・相同性Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / Green fluorescent protein
機能・相同性情報
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Pletnev, V. / Pletneva, N.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Other government ロシア
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: Crystal Structure of Bright Fluorescent Protein BrUSLEE with Subnanosecond Fluorescence Lifetime; Electric and Dynamic Properties.
著者: Goryacheva, E. / Efremov, R. / Krylov, N. / Artemyev, I. / Bogdanov, A. / Mamontova, A. / Pletnev, S. / Pletneva, N. / Pletnev, V.
履歴
登録2022年12月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BrUSSLEE
B: BrUSSLEE
C: BrUSSLEE
D: BrUSSLEE
E: BrUSSLEE
F: BrUSSLEE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,96010
ポリマ－160,5916
非ポリマー3684
水3,945219
1
A: BrUSSLEE
C: BrUSSLEE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8075
ポリマ－53,5302
非ポリマー2763
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: BrUSSLEE
D: BrUSSLEE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6233
ポリマ－53,5302
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: BrUSSLEE
F: BrUSSLEE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5302
ポリマ－53,5302
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.659, 122.709, 167.399
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
BrUSSLEE


分子量: 26765.217 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Six subunits in the crystal cell
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: GFP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 6.4% Tacsimate pH 5.0, 16% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→30 Å / Num. obs: 62234 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 0.998 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.4-2.495.60.9361070.6650.4241.0250.67199.3
2.49-2.596.30.76561360.80.3270.8330.69599.9
2.59-2.76.80.6361920.8770.2580.6820.726100
2.7-2.8570.43961180.9470.1770.4740.805100
2.85-3.027.10.29962010.970.120.3230.901100
3.02-3.267.20.17861630.9850.0710.1921.01999.9
3.26-3.587.30.11762070.9920.0470.1261.117100
3.58-4.17.20.08762500.9950.0350.0941.213100
4.1-5.167.20.06863050.9960.0270.0731.322100
5.16-306.90.05665550.9980.0230.0611.332100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0222精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: EGFP

解像度: 2.38→29.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU R Cruickshank DPI: 0.3919 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.405 / ESU R Free: 0.28 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2711 1244 2 %RANDOM
Rwork0.2027 ---
obs0.2041 60921 98.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 156.29 Å2 / Biso mean: 63.553 Å2 / Biso min: 29.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.62 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.59 Å20 Å2
3---1.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.38→29.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10926 0 24 219 11169
Biso mean--76.49 54.24 -
残基数----1371
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01411198
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01710035
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4041.66715137
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5221.66323537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.53551353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.86624.316570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.178151938
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6281536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21411
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0212489
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0250.022073
LS精密化 シェル解像度: 2.38→2.441 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 68 -
Rwork0.306 3519 -
all-3587 -
obs--77.21 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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