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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bv3 | ||||||
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タイトル | Bacillus subtilis DnaA domain III structure | ||||||
![]() | Chromosomal replication initiator protein DnaA | ||||||
![]() | CELL CYCLE / DnaA / DNA replication / DNA replication initiation / AAA+ superfamily / Initiator Clade | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of DNA replication / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / DNA replication / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pintar, S. / Hubbard, J.A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The bacterial replication origin BUS promotes nucleobase capture. 著者: Simone Pelliciari / Salomé Bodet-Lefèvre / Stepan Fenyk / Daniel Stevens / Charles Winterhalter / Frederic D Schramm / Sara Pintar / Daniel R Burnham / George Merces / Tomas T Richardson / ...著者: Simone Pelliciari / Salomé Bodet-Lefèvre / Stepan Fenyk / Daniel Stevens / Charles Winterhalter / Frederic D Schramm / Sara Pintar / Daniel R Burnham / George Merces / Tomas T Richardson / Yumiko Tashiro / Julia Hubbard / Hasan Yardimci / Aravindan Ilangovan / Heath Murray / ![]() 要旨: Genome duplication is essential for the proliferation of cellular life and this process is generally initiated by dedicated replication proteins at chromosome origins. In bacteria, DNA replication is ...Genome duplication is essential for the proliferation of cellular life and this process is generally initiated by dedicated replication proteins at chromosome origins. In bacteria, DNA replication is initiated by the ubiquitous DnaA protein, which assembles into an oligomeric complex at the chromosome origin (oriC) that engages both double-stranded DNA (dsDNA) and single-stranded DNA (ssDNA) to promote DNA duplex opening. However, the mechanism of DnaA specifically opening a replication origin was unknown. Here we show that Bacillus subtilis DnaA assembles into a continuous oligomer at the site of DNA melting, extending from a dsDNA anchor to engage a single DNA strand. Within this complex, two nucleobases of each ssDNA binding motif (DnaA-trio) are captured within a dinucleotide binding pocket created by adjacent DnaA proteins. These results provide a molecular basis for DnaA specifically engaging the conserved sequence elements within the bacterial chromosome origin basal unwinding system (BUS). | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 244.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 197.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 4.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 4.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 43.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 59 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8btgC ![]() 1l8qS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27466.150 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ANP / #3: 化合物 | ChemComp-K / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.61 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸発脱水法 詳細: Morpheus H3: 0.02 M DL-Glutamic acid monohydrate, 0.02 M DL-Alanine, 0.0 2M Glycine, 0.2M DL-Lysine monohydrochloride, 0.02M DL-Serine, 0.1 M Imidazole/ MES monohydrate pH 6.5, 20% v/v Glycerol, 20% w/v PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.38→74.399 Å / Num. obs: 56743 / % possible obs: 85.3 % / 冗長度: 9.7 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.179 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.189 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.38→2.52 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 1.461 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2842 / CC1/2: 0.461 / Rpim(I) all: 0.599 / Rrim(I) all: 1.583 / % possible all: 27.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1L8Q 解像度: 2.38→74.399 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 0.004 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.258 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 117.19 Å2 / Biso mean: 50.058 Å2 / Biso min: 19.32 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.38→74.399 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.381→2.443 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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