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万見
- PDB-8bv0: Binary complex between the NB-ARC domain from the Tomato immune r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bv0
タイトルBinary complex between the NB-ARC domain from the Tomato immune receptor NRC1 and the SPRY domain-containing effector SS15 from the potato cyst nematode
要素
  • NRC1
  • Truncated secreted SPRY domain-containing protein 15 (Fragment)
キーワードPROTEIN BINDING / NLR / inhibitor / effector / SPRYSEC / nematode
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to other organism / ADP binding
類似検索 - 分子機能
Ran-binding protein Vid30/RanBPM/SPLA, SPRY domain / Virus X resistance protein-like, coiled-coil domain / Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / SPRY domain / B30.2/SPRY domain ...Ran-binding protein Vid30/RanBPM/SPLA, SPRY domain / Virus X resistance protein-like, coiled-coil domain / Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / SPRY domain / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / Leucine-rich repeat domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Truncated secreted SPRY domain-containing protein 15 / NRC1
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum lycopersicum (トマト)
Globodera rostochiensis (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Contreras, M.P. / Pai, H. / Muniyandi, S. / Toghani, A. / Lawson, D.M. / Tumtas, Y. / Duggan, C. / Yuen, E.L.H. / Stevenson, C.E.M. / Harant, A. ...Contreras, M.P. / Pai, H. / Muniyandi, S. / Toghani, A. / Lawson, D.M. / Tumtas, Y. / Duggan, C. / Yuen, E.L.H. / Stevenson, C.E.M. / Harant, A. / Wu, C.H. / Bozkurt, T.O. / Kamoun, S. / Derevnina, L.
資金援助 英国, ドイツ, 4件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/P012574 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/V002937/1 英国
EIPOD fellowship under Marie Sklodowska-Curie Actions COFUNDBoostR ドイツ
The Gatsby Charitable Foundation 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Resurrection of plant disease resistance proteins via helper NLR bioengineering.
著者: Contreras, M.P. / Pai, H. / Selvaraj, M. / Toghani, A. / Lawson, D.M. / Tumtas, Y. / Duggan, C. / Yuen, E.L.H. / Stevenson, C.E.M. / Harant, A. / Maqbool, A. / Wu, C.H. / Bozkurt, T.O. / ...著者: Contreras, M.P. / Pai, H. / Selvaraj, M. / Toghani, A. / Lawson, D.M. / Tumtas, Y. / Duggan, C. / Yuen, E.L.H. / Stevenson, C.E.M. / Harant, A. / Maqbool, A. / Wu, C.H. / Bozkurt, T.O. / Kamoun, S. / Derevnina, L.
履歴
登録2022年12月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NRC1
B: Truncated secreted SPRY domain-containing protein 15 (Fragment)
C: NRC1
D: Truncated secreted SPRY domain-containing protein 15 (Fragment)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,1796
ポリマ－129,3254
非ポリマー8542
水00
1
A: NRC1
B: Truncated secreted SPRY domain-containing protein 15 (Fragment)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0903
ポリマ－64,6632
非ポリマー4271
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: NRC1
D: Truncated secreted SPRY domain-containing protein 15 (Fragment)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0903
ポリマ－64,6632
非ポリマー4271
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)128.560, 128.560, 170.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 NRC1


分子量: 40151.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The crystallized protein sequence begins with a non-native GLY-PRO dipeptide left over from cleavage of N-terminal affinity tag.
由来: (組換発現) Solanum lycopersicum (トマト) / プラスミド: pOPIN-S3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Lemo21 / 参照: UniProt: A1X877
#2: タンパク質 Truncated secreted SPRY domain-containing protein 15 (Fragment)


分子量: 24511.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The crystallized protein sequence begins with a non-native GLY-PRO dipeptide left over from cleavage of N-terminal affinity tag.
由来: (組換発現) Globodera rostochiensis (無脊椎動物)
プラスミド: pOPIN-S3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Shuffle / 参照: UniProt: A0A024E1S8
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 67 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: NULL / PH範囲: 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.5→51.34 Å / Num. obs: 8981 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 8.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 77102
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
4.5-5.036.11.5131386522630.5880.6421.6511.584
10.06-51.3413.30.055115738710.9970.0160.05720.699.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.8データスケーリング
REFMAC5.8.0352精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.5→51.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU ML: 1.649 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 1.371 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2751 883 9.9 %RANDOM
Rwork0.2374 ---
obs0.2409 8075 93.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 193.86 Å2 / Biso mean: 103.073 Å2 / Biso min: 58.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.01 Å22.01 Å20 Å2
2--4.01 Å2-0 Å2
3----13.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.5→51.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8796 0 54 0 8850
Biso mean--69.12 --
残基数----1096
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0129056
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0168222
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7941.6512266
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.2991.56519182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.11351092
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg5.275562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.465101578
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0370.21324
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0210268
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021838
LS精密化 シェル解像度: 4.501→4.617 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.417 43 -
Rwork0.49 365 -
all-408 -
obs--57.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3908-0.8886-0.81014.6265-1.40152.36270.0728-0.0516-0.7764-0.7927-0.28240.22520.58230.76150.20960.42320.1492-0.12690.6353-0.05180.5211-47.901-26.13196.389
21.41080.0121-1.21450.5144-1.38517.5610.17440.3430.55720.2131-0.3339-0.5963-0.30621.35090.15950.7138-0.0993-0.13460.9210.20681.3098-27.94634.22735.2648
33.57121.14141.38874.2257-1.69532.3637-0.1862-0.14030.00650.1580.34260.9187-0.4703-0.1558-0.15640.57210.2024-0.08550.2427-0.00490.7907-54.9305-48.513731.0169
42.39741.8877-2.46283.0288-1.22354.80030.5684-1.1056-0.45050.5703-0.7331-0.32680.13470.11760.16470.8685-0.2011-0.15141.25580.54211.0631-38.594-73.74851.0782
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A153 - 494
2X-RAY DIFFRACTION2B18 - 223
3X-RAY DIFFRACTION3C153 - 494
4X-RAY DIFFRACTION4D18 - 223

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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