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- PDB-8buv: HIV-1 Integrase Catalytic Core Domain and C-Terminal Domain in Co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8buv
タイトルHIV-1 Integrase Catalytic Core Domain and C-Terminal Domain in Complex with Allosteric Integrase Inhibitor LEDGIN 3
要素Integrase
キーワードVIRAL PROTEIN / Integrase / HIV / ALLINI / LEDGIN 3 / Allosteric Inhibitor / Inhibitor / Retrovirus / INLAI / NCINI / MINI / LEDGIN
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-723 / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Singer, M.R. / Pye, V.E. / Cook, N.J. / Cherepanov, P.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
Cancer Research UKFC001061 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)FC001061 英国
Wellcome TrustFC001061 英国
The Francis Crick InstituteFC001061 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: HIV-1 Integrase Catalytic Core Domain and C-Terminal Domain in Complex with Allosteric Integrase Inhibitor LEDGIN 3
著者: Singer, M.R. / Cherepanov, P.
履歴
登録2022年11月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrase
B: Integrase
C: Integrase
D: Integrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,66714
ポリマ－103,6184
非ポリマー1,04810
水2,954164
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.840, 65.160, 69.790
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.900, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "C"
d_1ens_2(chain "B" and (resid 57 through 76 or resid 78...
d_2ens_2(chain "D" and (resid 57 through 76 or resid 78...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ASNASNALAALAAA222 - 2764 - 58
d_21ens_1ASNASNALAALACC222 - 2764 - 58
d_11ens_2SERSERALAALABB57 - 7678 - 97
d_12ens_2HISHISVALVALBB78 - 11399 - 134
d_13ens_2THRTHRGLYGLYBB115 - 140136 - 161
d_14ens_2GLYGLYGLUGLUBB140 - 170161 - 191
d_15ens_2LEULEUTHRTHRBB172 - 206193 - 227
d_21ens_2SERSERALAALADD57 - 7678 - 97
d_22ens_2HISHISVALVALDD78 - 11399 - 134
d_23ens_2THRTHRGLUGLUDD115 - 170136 - 191
d_24ens_2LEULEUTHRTHRDD172 - 206193 - 227

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.327514946708, 0.271229383021, -0.905079323302), (0.0615128630814, -0.962000654527, -0.266028021766), (-0.942841517625, 0.0314541328795, -0.331753689002)15.2965256784, 34.3369521657, 31.7265305718
2given(0.464768176801, 0.128912907978, -0.875997719169), (0.133545481925, -0.988232789977, -0.0745758477802), (-0.87530345943, -0.0823250567655, -0.476514888475)18.0313355296, 34.6523833485, 35.4295676211

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要素

#1: タンパク質
Integrase / IN


分子量: 25904.537 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The construct is of HIV-1 integrase with the following domain swap: The C-Terminal Domain of HIV-1 integrase (from residues 220 to 288) is followed by the Catalytic Core Domain of HIV-1 ...詳細: The construct is of HIV-1 integrase with the following domain swap: The C-Terminal Domain of HIV-1 integrase (from residues 220 to 288) is followed by the Catalytic Core Domain of HIV-1 integrase (from residues 50 to 212). In addition, there are the following mutations: F185K and W243E. The residue numbers are correct in the structure. Because the linker is not defined in the electron density map, we do not know for sure which CTD is linked to which CCD in the lattice formation. We have therefore kept each domain as a separate chain. This chain is CTD There are 2 copies of CTD and CCD in the asymmetric unit. We cannot determine how they are connected in the crystal lattice.,The construct is of HIV-1 integrase with the following domain swap: The C-Terminal Domain of HIV-1 integrase (from residues 220 to 288) is followed by the Catalytic Core Domain of HIV-1 integrase (from residues 50 to 212). In addition, there are the following mutations: F185K and W243E. The residue numbers are correct in the structure. Because the linker is not defined in the electron density map, we do not know for sure which CTD is linked to which CCD in the lattice formation. We have therefore kept each domain as a separate chain. This chain is CTD There are 2 copies of CTD and CCD in the asymmetric unit. We cannot determine how they are connected in the crystal lattice.
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P12497, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-723 / (6-chloro-2-oxo-4-phenyl-1,2-dihydroquinolin-3-yl)acetic acid / 2-オキソ-4-フェニル-6-クロロ-1,2-ジヒドロキノリン-3-酢酸


分子量: 313.735 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H12ClNO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 8000, ethylene glycol, magnesium chloride, calcium chloride, imidazole, MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→47.29 Å / Num. obs: 30313 / % possible obs: 99.53 % / 冗長度: 12.12 % / Biso Wilson estimate: 44.24 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.209 / Rpim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.04→2.08 Å / 冗長度: 8.18 % / Rmerge(I) obs: 3.512 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 1506 / CC1/2: 0.367 / Rpim(I) all: 1.263 / % possible all: 97.73

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_4694精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8A1P

8a1p


解像度: 2.04→47.29 Å / SU ML: 0.3686 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.1934
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2469 1483 4.91 %
Rwork0.2154 28712 -
obs0.2169 30195 99.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 57.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→47.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3135 0 70 164 3369
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00173301
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.45614446
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0423485
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0029557
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.68731208
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.1619515202
ens_2d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.02321221442
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.04-2.110.4181430.40062483X-RAY DIFFRACTION95.18
2.11-2.180.35191480.33872595X-RAY DIFFRACTION99.1
2.18-2.270.32121200.31022577X-RAY DIFFRACTION99.15
2.27-2.370.2941280.29572606X-RAY DIFFRACTION99.38
2.37-2.50.28761260.27292631X-RAY DIFFRACTION99.57
2.5-2.650.32081220.25812614X-RAY DIFFRACTION99.2
2.65-2.860.28371510.25092594X-RAY DIFFRACTION99.64
2.86-3.140.26451400.23112633X-RAY DIFFRACTION99.78
3.15-3.60.21671310.19962634X-RAY DIFFRACTION99.89
3.6-4.530.20471250.17092656X-RAY DIFFRACTION99.78
4.54-47.290.21951490.1822689X-RAY DIFFRACTION99.75
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.98085002381-0.279496108246-0.7055018083620.2027527300160.2152124225310.537556473866-0.325623961179-0.228292924384-0.7325748925320.282470340642-0.2377311427770.4884756491790.1337454093980.0774333955236-0.02747078771330.4094072394280.004963712794040.03895170446680.6422734914430.01079209725790.495357772183-20.357864530310.38388458234.65712587179
20.291350295789-0.137369224154-0.0173207148570.499272901162-0.2969686066150.4925140763250.138354111733-0.03804920848070.425045363988-0.429665529244-0.2283303225580.1074108532730.3631007036430.03534699814060.0002261087689830.4276368935640.0179679522807-0.02251642651350.637428884952-0.01792547558240.415928406075-23.317717965216.28288533360.396142785487
30.02599122975670.0109500629330.01076995814820.0178878431915-0.0005317996914880.00766130077345-0.06721290111640.1491459862190.642945906526-0.0230888215609-0.3672414431770.177591931828-0.1995336579780.00926192838384-0.002402813711120.765025962552-0.269650550637-0.01613917461181.178660827020.3560738084510.812915757544-3.4930393847421.44177378391.9972158427
40.5998738822530.0268514224074-0.1447711971791.28999589849-0.0919481944960.8495331077860.07065478956560.326915448479-0.0692032194544-0.1817256713730.001079736595410.1120263911730.284535953553-0.0638514528496-1.65009795485E-50.3796106151250.01374633471760.001032944466490.38405784971-0.0336133614160.382361862615-1.79569730037.9305432347216.3397205106
50.5115208052980.627807804242-0.4082999605980.763072518388-0.5038983903010.344543017266-0.0005510827635660.4464000849920.0227354062921-0.07352462444960.1598762463820.1225606411240.6916262169420.02874918472030.005378235089260.6396968206620.004545140009590.05649095678730.537332136464-0.1160060313090.386913462795-0.6428665775772.162082890027.54820621825
60.82286353774-0.01538020720340.249587649110.483622088689-0.1809608466340.3608403483920.0367659490439-0.197325573609-0.1538977808470.335153097628-0.0130992587272-0.3538046563740.08893733482590.502730533963-0.0001400759040060.410397002060.0536462723809-0.004957956254140.3547063258510.05184388171470.4481760137758.525619637635.9721427888929.7747196468
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 221 through 239 )AA221 - 2391 - 19
22chain 'A' and (resid 240 through 269 )AA240 - 26920 - 49
33chain 'A' and (resid 270 through 276 )AA270 - 27650 - 56
44chain 'B' and (resid 57 through 133 )BB57 - 1331 - 77
55chain 'B' and (resid 134 through 149 )BB134 - 14978 - 86
66chain 'B' and (resid 150 through 195 )BB150 - 19587 - 128
77chain 'B' and (resid 196 through 211 )BB196 - 211129 - 144
88chain 'C' and (resid 222 through 244 )CC222 - 2441 - 23
99chain 'C' and (resid 245 through 276 )CC245 - 27624 - 55
1010chain 'D' and (resid 57 through 133 )DD57 - 1332 - 78
1111chain 'D' and (resid 134 through 195 )DD134 - 19579 - 128
1212chain 'D' and (resid 196 through 210 )DD196 - 210129 - 143

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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