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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bty | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the active form of ScpB, the C5a-peptidase from Streptococcus agalactiae. | ||||||||||||
要素 | C5a peptidase | ||||||||||||
キーワード | HYDROLASE / C5a-peptidase / virulence factor | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Streptococcus agalactiae (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Kagawa, T.F. / Cooney, J.C. / Miclot, T. / Cullen, R. | ||||||||||||
資金援助 | アイルランド, 3件
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引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2024 タイトル: The 1.7 angstrom crystal structure of the C5a peptidase from Streptococcus agalactiae (ScpB) reveals an active site competent for catalysis. 著者: Cullen, R. / Tecza, M. / Miclot, T. / Behan, S. / Jain, M. / Avink, M.K. / Cooney, J.C. / Kagawa, T.F. #1: ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2005 タイトル: Structure of the streptococcal cell wall C5a peptidase. 著者: Brown, C.K. / Gu, Z.Y. / Matsuka, Y.V. / Purushothaman, S.S. / Winter, L.A. / Cleary, P.P. / Olmsted, S.B. / Ohlendorf, D.H. / Earhart, C.A. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8bty.cif.gz | 480.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8bty.ent.gz | 313.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8bty.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8bty_validation.pdf.gz | 476.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8bty_full_validation.pdf.gz | 482.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8bty_validation.xml.gz | 39.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8bty_validation.cif.gz | 59.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/8bty ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/8bty | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3eifS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
実験データセット #1 | データ参照: 10.51093/xrd-00106 / データの種類: diffraction image data |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 109862.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Sample sequence begins with residue N31. Chain B is likely a peptide produced by auto-proteolytic activation of the enzyme. Residues in this chain are in the pro-peptide region. Assignments ...詳細: Sample sequence begins with residue N31. Chain B is likely a peptide produced by auto-proteolytic activation of the enzyme. Residues in this chain are in the pro-peptide region. Assignments of density for A84, P85, Q86, and A87 in Chain B are tentative. 由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae (バクテリア) 遺伝子: scpB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: Q53637 |
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-非ポリマー , 6種, 649分子
#2: 化合物 | ChemComp-MLA / | ||||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-CA / | #5: 化合物 | ChemComp-NA / | #6: 化合物 | ChemComp-EPE / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.5 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 2.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes/KOH pH 7.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→48.253 Å / Num. obs: 127120 / % possible obs: 99.88 % / 冗長度: 40 % / Biso Wilson estimate: 33.63 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rpim(I) all: 0.0334 / Rrim(I) all: 0.2124 / Net I/σ(I): 16.63 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.761 Å / 冗長度: 39.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.34 / Num. unique obs: 12428 / CC1/2: 0.237 / CC star: 0.619 / Rpim(I) all: 0.8948 / Rrim(I) all: 5.659 / % possible all: 99.01 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3EIF 解像度: 1.7→44.84 Å / SU ML: 0.3451 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.0543 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.65 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→44.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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