PDB-8bty: Structure of the active form of ScpB, the C5a-peptidase from Stre...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bty

タイトル

Structure of the active form of ScpB, the C5a-peptidase from Streptococcus agalactiae.

要素

C5a peptidase

キーワード

HYDROLASE / C5a-peptidase / virulence factor

機能・相同性

機能・相同性情報

C5a peptidase / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus agalactiae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Kagawa, T.F. / Cooney, J.C. / Miclot, T. / Cullen, R.

資金援助

アイルランド, 3件

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2024
タイトル: The 1.7 angstrom crystal structure of the C5a peptidase from Streptococcus agalactiae (ScpB) reveals an active site competent for catalysis.
著者: Cullen, R. / Tecza, M. / Miclot, T. / Behan, S. / Jain, M. / Avink, M.K. / Cooney, J.C. / Kagawa, T.F.

履歴

登録	2022年11月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDBx/mmCIF形式	8bty.cif.gz	480.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bty.ent.gz	313.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8bty_validation.pdf.gz	476.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bty_full_validation.pdf.gz	482.8 KB	表示
XML形式データ	8bty_validation.xml.gz	39.1 KB	表示
CIF形式データ	8bty_validation.cif.gz	59.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/8bty ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/8bty	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3eifS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.51093/xrd-00106 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (11) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (2) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (11)

登録構造単位

A: C5a peptidase

B: C5a peptidase

ヘテロ分子

221 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: C5a peptidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: Inferred by sequence identity with the C5a-peptidase from Streptococcus pyogenes (ScpA).
111 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: C5a peptidase

登録者が定義した集合体
110 kDa, 1 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	167.152, 167.152, 141.485
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22
Space group name Hall	P6c2c
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/2 #3: y,-x+y,z+1/2 #4: -y,x-y,z #5: -x+y,-x,z #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z #10: -y,-x,-z+1/2 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	C5a peptidase 分子量: 109862.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Sample sequence begins with residue N31. Chain B is likely a peptide produced by auto-proteolytic activation of the enzyme. Residues in this chain are in the pro-peptide region. Assignments ...詳細: Sample sequence begins with residue N31. Chain B is likely a peptide produced by auto-proteolytic activation of the enzyme. Residues in this chain are in the pro-peptide region. Assignments of density for A84, P85, Q86, and A87 in Chain B are tentative. 由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae (バクテリア) 遺伝子: scpB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: Q53637

#1: タンパク質

C5a peptidase

分子量: 109862.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Sample sequence begins with residue N31. Chain B is likely a peptide produced by auto-proteolytic activation of the enzyme. Residues in this chain are in the pro-peptide region. Assignments ...
由来: (組換発現)

Streptococcus agalactiae (バクテリア)
遺伝子: scpB / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: Q53637

-
非ポリマー , 6種, 649分子

#2: 化合物	ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID 分子量: 104.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 634 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 2.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes/KOH pH 7.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→48.253 Å / Num. obs: 127120 / % possible obs: 99.88 % / 冗長度: 40 % / B_iso Wilson estimate: 33.63 Å² / CC_1/2: 1 / CC star: 1 / R_pim(I) all: 0.0334 / R_rim(I) all: 0.2124 / Net I/σ(I): 16.63
反射シェル	解像度: 1.7→1.761 Å / 冗長度: 39.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.34 / Num. unique obs: 12428 / CC_1/2: 0.237 / CC star: 0.619 / R_pim(I) all: 0.8948 / R_rim(I) all: 5.659 / % possible all: 99.01

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS	January 31, 2020	データ削減
PHASER	2.7.17	位相決定
Coot	0.8.9.2	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3EIF

3eif

解像度: 1.7→44.84 Å / SU ML: 0.3451 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.0543
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2161	12179	5.01 %
R_work	0.1881	230810	-
obs	0.1895	126986	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→44.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7084	0	79	634	7797

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0059	7394
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7733	10069
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0514	1120
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1319
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.761	2676

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.72	0.535	473	0.6001	9022	X-RAY DIFFRACTION	97.38
1.72-1.75	0.5398	488	0.4833	9234	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.75-1.77	0.434	486	0.4174	9220	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.77-1.8	0.3755	492	0.3687	9197	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.8-1.83	0.3377	486	0.3227	9242	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.83-1.86	0.3169	487	0.2978	9272	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.86-1.9	0.3367	487	0.2899	9233	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.9-1.93	0.3122	496	0.3001	9236	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.93-1.97	0.2942	483	0.2743	9253	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.97-2.02	0.2906	481	0.2725	9255	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.06	0.2561	487	0.2376	9237	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.06-2.11	0.2299	486	0.2106	9220	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.11-2.17	0.2428	485	0.1926	9278	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.24	0.226	489	0.1857	9247	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.24-2.31	0.2468	480	0.1804	9195	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.31-2.39	0.2157	483	0.1751	9282	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.49	0.2178	489	0.1804	9230	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.49-2.6	0.2277	492	0.1846	9223	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.74	0.2419	493	0.1926	9276	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.91	0.2246	480	0.1993	9223	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.13	0.2272	490	0.201	9250	X-RAY DIFFRACTION	99.99
3.13-3.45	0.2054	493	0.1705	9226	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.94	0.1661	486	0.1472	9257	X-RAY DIFFRACTION	99.99
3.94-4.97	0.1429	493	0.1251	9242	X-RAY DIFFRACTION	100
4.97-44.84	0.1923	494	0.1691	9260	X-RAY DIFFRACTION	99.91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.91340255742	-0.00752000313633	0.153459787909	0.82805572786	-0.0170238530564	0.701293012826	0.0210019158376	-0.0801904509678	-0.145053430319	0.0543731215291	-0.0378186305262	0.00710871804001	0.087056375843	0.0486961233182	0.0131304310453	0.246506979918	-0.0363543355724	0.00604251107763	0.254087567435	0.00514993808651	0.26144043999	62.918172985	18.2295071657	83.6257508951
2	0.496091657928	-0.141652749429	-0.163022707026	1.40165650548	0.828113095412	1.71370214892	-0.0038473509026	0.301323704991	-0.140226584791	-0.294389090962	0.100038925027	-0.208079279065	-0.0276888466169	0.253067759251	0.0413437490386	0.343008710234	-0.0574423396716	0.0608409857951	0.434252227501	-0.0419397867416	0.327738511724	80.8597282226	20.3745293164	56.4495583934
3	0.991465768408	0.264523246886	0.700199302772	1.25174074966	0.566998394783	2.0635183058	-0.0793946492261	-0.0130051676847	0.129081900223	-0.0775638734443	-0.0136949363788	0.17304462293	-0.308323929208	-0.0750050917857	0.0961136689394	0.305553369603	-0.00407688819549	-0.0212144250335	0.236779506256	-0.0151695700845	0.31409545667	52.4844772829	43.6030584039	77.9751406625
4	1.18665581543	0.901304009964	0.748217803086	1.30287433427	0.849514671909	1.58050095482	-0.0147997681306	5.8990755276E-5	-0.0262294166707	-0.0294364821385	0.0243652671845	-0.0136796773943	0.104403839855	-0.0821289233108	-0.01564904805	0.239365895418	-0.007522657325	-0.0279310271066	0.257987758796	0.00404582553387	0.281088550459	34.6876420729	10.700860061	51.6736562325
5	1.39592639911	-0.0555986705878	-0.0100392496547	2.55040623162	1.37370955395	3.93929886423	-0.101032396188	0.13504001225	-0.128699924042	-0.254303156349	0.0775391775644	-0.189441266799	0.272045897754	0.0904806283605	0.0176567789864	0.369566806243	-0.0585781769112	0.0152599116271	0.271911599426	-0.0320598085056	0.329847904316	32.219243135	-5.10913486957	26.0239354239

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 97 through 332 or resid 470 through 583 )	97 - 583	1 - 485
2	2	chain 'A' and (resid 333 through 345 or resid 349 through 469 )	333 - 469	237 - 371
3	3	chain 'A' and (resid 584 through 712 )	584 - 712	486 - 614
4	4	chain 'A' and (resid 713 through 802 or resid 806 through 930 )	713 - 930	615 - 832
5	5	chain 'A' and (resid 931 through 1032)	931 - 1032	833 - 934

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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実験情報

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試料調製

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データ収集

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)