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- PDB-8bts: Nitrogenase MoFe protein from A. vinelandii alpha double mutant C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bts
タイトルNitrogenase MoFe protein from A. vinelandii alpha double mutant C45A/L158C
要素
  • Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain
  • Nitrogenase protein alpha chain
キーワードOXIDOREDUCTASE / N2-fixation / Nitrogenase / cooperativity / ammonia / hydrogen / metalloenzyme / FeMo-cofactor / P cluster / O2-sensitivity
機能・相同性
機能・相同性情報


molybdenum-iron nitrogenase complex / nitrogenase / : / nitrogenase activity / nitrogen fixation / iron-sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3364) / Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain / Nitrogenase component 1, alpha chain / Nitrogenase component 1, conserved site / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 2. / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 1. / Nitrogenase/oxidoreductase, component 1 / : / Nitrogenase component 1 type Oxidoreductase
類似検索 - ドメイン・相同性
FE(8)-S(7) CLUSTER, OXIDIZED / : / 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID / Chem-ICS / Nitrogenase protein alpha chain / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.03 Å
データ登録者Wagner, T. / Maslac, N.
資金援助 スイス, ドイツ, 4件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation180544 スイス
Swiss National Science FoundationSNSF 310030_189246 スイス
Max Planck Society ドイツ
German Research Foundation (DFG)WA 4053/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: Jacs Au / 年: 2023
タイトル: Nitrogen Fixation and Hydrogen Evolution by Sterically Encumbered Mo-Nitrogenase.
著者: Cadoux, C. / Ratcliff, D. / Maslac, N. / Gu, W. / Tsakoumagkos, I. / Hoogendoorn, S. / Wagner, T. / Milton, R.D.
履歴
登録2022年11月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrogenase protein alpha chain
B: Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain
C: Nitrogenase protein alpha chain
D: Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain
H: Nitrogenase protein alpha chain
I: Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain
J: Nitrogenase protein alpha chain
L: Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)472,79346
ポリマ－463,8448
非ポリマー8,94838
水00
1
A: Nitrogenase protein alpha chain
B: Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain
C: Nitrogenase protein alpha chain
D: Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)236,76527
ポリマ－231,9224
非ポリマー4,84323
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33820 Å2
ΔGint-243 kcal/mol
Surface area58840 Å2
手法PISA
2
H: Nitrogenase protein alpha chain
I: Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain
J: Nitrogenase protein alpha chain
L: Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)236,02819
ポリマ－231,9224
非ポリマー4,10615
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31980 Å2
ΔGint-240 kcal/mol
Surface area58700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.392, 73.444, 211.253
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.76, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 8分子 ACHJBDIL

#1: タンパク質
Nitrogenase protein alpha chain


分子量: 56425.152 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NifD containing two substitutions: C45A and L158C.
由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定)
株: RS1 / 組織: / / Cell: / / 細胞株: / / 遺伝子: nifD / 器官: / / Variant: A. vinelandii nifD: C45A/L158C / 詳細 (発現宿主): / / Cell (発現宿主): / / 細胞株 (発現宿主): / / 器官 (発現宿主): / / 発現宿主: Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定) / 株 (発現宿主): RS1 / 組織 (発現宿主): / / Variant (発現宿主): A. vinelandii nifD: C45A/L158C / 参照: UniProt: C1DGZ7
#2: タンパク質
Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain / Dinitrogenase / Nitrogenase component I


分子量: 59535.879 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定)
株: RS1 / 組織: / / Cell: / / 細胞株: / / 遺伝子: nifK / 器官: / / Variant: A. vinelandii nifD: C45A/L158C / 詳細 (発現宿主): / / Cell (発現宿主): / / 細胞株 (発現宿主): / / 器官 (発現宿主): / / 発現宿主: Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定) / 株 (発現宿主): RS1 / 組織 (発現宿主): / / Variant (発現宿主): A. vinelandii nifD: C45A/L158C / 参照: UniProt: P07329, nitrogenase

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非ポリマー , 6種, 38分子

#3: 化合物
ChemComp-HCA / 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID / (2R)-2-ヒドロキシ-1,2,4-ブタントリカルボン酸


分子量: 206.150 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H10O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-ICS / iron-sulfur-molybdenum cluster with interstitial carbon


分子量: 787.451 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CFe7MoS9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物
ChemComp-1CL / FE(8)-S(7) CLUSTER, OXIDIZED


分子量: 671.215 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe8S7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.75 % / 解説: Thin brown plate
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: The purified enzyme in 50 mM Tris/HCl pH 8.0, 300 mM NaCl, 2 mM dithionite was crystallized at 8 mg.ml-1. Crystallization was performed anaerobically in a tent containing 100 % N2 atmosphere. ...詳細: The purified enzyme in 50 mM Tris/HCl pH 8.0, 300 mM NaCl, 2 mM dithionite was crystallized at 8 mg.ml-1. Crystallization was performed anaerobically in a tent containing 100 % N2 atmosphere. Crystals were obtained by initial screening at 20 degree Celsius on 96-Well MRC 2-drop crystallization plates in polystyrene (SWISSCI) containing 90 ul of crystallization solution in the reservoir. The protein sample (0.5 ul) was mixed with 0.5 ul reservoir solution. The reservoir solution contained 25 % w/v Polyethylene glycol 3,350, 100 mM BIS-TRIS at pH 5.5, and 200 mM Lithium sulfate. The plate was then incubated in a Coy tent (N2/H2, 97:3) at 20 degree Celsius. Crystals appeared after a few weeks and were soaked in the crystallization solution supplemented with 15 % v/v glycerol as a cryo-protectant before being frozen in liquid nitrogen.
PH範囲: /
Temp details: Crystallized inside a Coy tent, a fluctuation of 1 degree might have occurred

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: / / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月27日 / 詳細: /
放射モノクロメーター: / / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.029→143.493 Å / Num. obs: 39936 / % possible obs: 86.6 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.957 / Rmerge(I) obs: 0.297 / Rpim(I) all: 0.175 / Rrim(I) all: 0.346 / Net I/σ(I): 3.4
反射 シェル解像度: 3.029→3.486 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.514 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1998 / CC1/2: 0.806 / Rpim(I) all: 0.334 / Rrim(I) all: 0.615 / % possible all: 69.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1-4487精密化
BUSTER2.10.4精密化
autoPROC1.0.5データ削減
autoPROC1.0.5データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.03→95.5 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.55 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: No Translation-Libration-Screw-rotation, no non-crystallography symmetry, and no hydrogens were applied for the last cycle in Phenix.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2227 1945 4.87 %Random selection
Rwork0.2037 ---
obs0.2046 39924 46.19 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.03→95.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31844 0 314 0 32158
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00432980
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66444732
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.20712204
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0434660
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055712
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.03-3.10.3661110.2926158X-RAY DIFFRACTION3
3.11-3.190.3122170.2798249X-RAY DIFFRACTION4
3.19-3.280.2173130.2844356X-RAY DIFFRACTION6
3.28-3.390.262250.2756531X-RAY DIFFRACTION9
3.39-3.510.2926390.2719751X-RAY DIFFRACTION13
3.51-3.640.22550.2558988X-RAY DIFFRACTION18
3.69-3.820.2267800.2381239X-RAY DIFFRACTION29
3.82-4.020.2972710.22421602X-RAY DIFFRACTION27
4.02-4.270.23381960.21763845X-RAY DIFFRACTION66
4.27-4.60.21712680.20535143X-RAY DIFFRACTION87
4.6-5.060.20352840.19665444X-RAY DIFFRACTION93
5.06-5.790.24632790.21295630X-RAY DIFFRACTION95
5.79-7.30.23032980.20985942X-RAY DIFFRACTION100
7.3-95.50.18413090.15446101X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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