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- PDB-8btk: Structure of the TRAP complex with the Sec translocon and a trans... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8btk
タイトルStructure of the TRAP complex with the Sec translocon and a translating ribosome
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 21
  • (60S ribosomal protein ...) x 19
  • (Protein transport protein Sec61 subunit ...) x 3
  • (Ribosomal protein ...) x 18
  • (Translocon-associated protein subunit ...) x 3
  • 18S rRNA
  • 28S rRNA
  • 5.8S rRNA
  • 5S rRNA
  • 60S acidic ribosomal protein P0
  • L13
  • Nascent chain
  • P-site tRNA
  • RACK1
  • Ribosomal_L18_c domain-containing protein
  • Ribosomal_L23eN domain-containing protein
  • Ribosomal_S5_C domain-containing protein,40S ribosomal protein S2
  • Signal sequence receptor subunit 3
  • Ubiquitin
  • eL18
  • eL30
  • eL32
  • eL38
  • eL39
  • eL42
  • eL43
  • eS26
  • mRNA
  • uL22
  • uL30,60S ribosomal protein L7
  • uS14
  • uS15
  • uS9
キーワードTRANSLOCASE / ER targeting / protein translocation / ER protein biogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / membrane docking / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / endoplasmic reticulum Sec complex / pronephric nephron development / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) ...Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / membrane docking / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / endoplasmic reticulum Sec complex / pronephric nephron development / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / cotranslational protein targeting to membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein targeting to ER / protein insertion into ER membrane / protein-transporting ATPase activity / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / post-translational protein targeting to membrane, translocation / ribosomal subunit / laminin receptor activity / ubiquitin ligase inhibitor activity / protein transmembrane transporter activity / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / 90S preribosome / phagocytic cup / protein-RNA complex assembly / ribosomal small subunit export from nucleus / rough endoplasmic reticulum / laminin binding / translation regulator activity / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / cytosolic ribosome / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / guanyl-nucleotide exchange factor activity / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / positive regulation of apoptotic signaling pathway / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / phospholipid binding / spindle / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / rRNA processing / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / rhythmic process / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / large ribosomal subunit / heparin binding / regulation of translation / ribosome binding / virus receptor activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / perikaryon / defense response to Gram-negative bacterium / cytosolic large ribosomal subunit / killing of cells of another organism / in utero embryonic development / cytoplasmic translation / cell differentiation / tRNA binding / mitochondrial inner membrane / negative regulation of translation / postsynaptic density / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / cell division / DNA repair / mRNA binding / apoptotic process / dendrite / synapse / centrosome / endoplasmic reticulum membrane / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Translocon-associated protein (TRAP), alpha subunit / Translocon-associated protein (TRAP), alpha subunit / Translocon-associated / Translocon-associated protein subunit beta / Translocon-associated protein subunit gamma / Translocon-associated protein, delta subunit precursor (TRAP-delta) / Translocon-associated protein beta (TRAPB) / Translocon-associated protein, gamma subunit (TRAP-gamma) / Protein transport Sec61-beta/Sbh / Protein transport protein SecG/Sec61-beta/Sbh ...Translocon-associated protein (TRAP), alpha subunit / Translocon-associated protein (TRAP), alpha subunit / Translocon-associated / Translocon-associated protein subunit beta / Translocon-associated protein subunit gamma / Translocon-associated protein, delta subunit precursor (TRAP-delta) / Translocon-associated protein beta (TRAPB) / Translocon-associated protein, gamma subunit (TRAP-gamma) / Protein transport Sec61-beta/Sbh / Protein transport protein SecG/Sec61-beta/Sbh / Sec61beta family / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / SecY/SEC61-alpha family / SecY domain superfamily / SecY conserved site / SecY / 60s Acidic ribosomal protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / : / 40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ubiquitin-like protein FUBI / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L28e / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L13e / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L30e signature 1. / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L30/YlxQ / metallochaperone-like domain / TRASH domain / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / S27a-like superfamily / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L10e / 40S Ribosomal protein S10 / : / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / : / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYLAMINO-ACETIC ACID / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / SPERMIDINE / SPERMINE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) ...ACETYLAMINO-ACETIC ACID / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / SPERMIDINE / SPERMINE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS32 / Large ribosomal subunit protein uL13 / 40S ribosomal protein S26 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Translocon-associated protein subunit delta / Translocon-associated protein subunit gamma / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein uL15/eL18 domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Large ribosomal subunit protein eL29 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein eL15 / 40S ribosomal protein S24 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS25 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Large ribosomal subunit protein eL13 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein eS10 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein eL22 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein eL36 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein eL27 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Large ribosomal subunit protein eL38 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Translocon-associated protein subunit alpha / Translocon-associated protein subunit beta / Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1 / Protein transport protein Sec61 subunit gamma / Protein transport protein Sec61 subunit beta / Ubiquitin / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein eL37
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
Canis lupus familiaris (イヌ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Jaskolowski, M. / Jomaa, A. / Gamerdinger, M. / Shrestha, S. / Leibundgut, M. / Deuerling, E. / Ban, N.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030B_163478 スイス
Swiss National Science Foundation51NF40_141735 スイス
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Molecular basis of the TRAP complex function in ER protein biogenesis.
著者: Mateusz Jaskolowski / Ahmad Jomaa / Martin Gamerdinger / Sandeep Shrestha / Marc Leibundgut / Elke Deuerling / Nenad Ban /
要旨: The translocon-associated protein (TRAP) complex resides in the endoplasmic reticulum (ER) membrane and interacts with the Sec translocon and the ribosome to facilitate biogenesis of secretory and ...The translocon-associated protein (TRAP) complex resides in the endoplasmic reticulum (ER) membrane and interacts with the Sec translocon and the ribosome to facilitate biogenesis of secretory and membrane proteins. TRAP plays a key role in the secretion of many hormones, including insulin. Here we reveal the molecular architecture of the mammalian TRAP complex and how it engages the translating ribosome associated with Sec61 translocon on the ER membrane. The TRAP complex is anchored to the ribosome via a long tether and its position is further stabilized by a finger-like loop. This positions a cradle-like lumenal domain of TRAP below the translocon for interactions with translocated nascent chains. Our structure-guided TRAP mutations in Caenorhabditis elegans lead to growth deficits associated with increased ER stress and defects in protein hormone secretion. These findings elucidate the molecular basis of the TRAP complex in the biogenesis and translocation of proteins at the ER.
履歴
登録2022年11月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年4月24日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp_atom.atom_id ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B5: 28S rRNA
B7: 5S rRNA
B8: 5.8S rRNA
BA: 60S ribosomal protein L8
BB: Ribosomal protein L3
BC: 60S ribosomal protein L4
BD: Ribosomal_L18_c domain-containing protein
BE: 60S ribosomal protein L6
BF: uL30,60S ribosomal protein L7
BG: 60S ribosomal protein L7a
BH: 60S ribosomal protein L9
BI: Ribosomal protein L10
BJ: Ribosomal protein L11
BK: Nascent chain
BL: L13
BM: Ribosomal protein L14
BN: Ribosomal protein L15
BO: 60S ribosomal protein L13a
BP: uL22
BQ: eL18
BR: 60S ribosomal protein L19
BS: 60S ribosomal protein L18a
BT: 60S ribosomal protein L21
BU: 60S ribosomal protein L22
BV: Ribosomal protein L23
BW: Ribosomal protein L24
BX: Ribosomal_L23eN domain-containing protein
BY: Ribosomal protein L26
BZ: 60S ribosomal protein L27
Ba: 60S ribosomal protein L27a
Bb: 60S ribosomal protein L29
Bc: eL30
Bd: Ribosomal protein L31
Be: eL32
Bf: 60S ribosomal protein L35a
Bg: 60S ribosomal protein L34
Bh: 60S ribosomal protein L35
Bi: 60S ribosomal protein L36
Bj: Ribosomal protein L37
Bk: eL38
Bl: eL39
Bm: Ubiquitin
Bo: eL42
Bp: eL43
Br: 60S ribosomal protein L28
Bs: 60S acidic ribosomal protein P0
Bt: Ribosomal protein L12
Bv: Ribosomal protein uL1
SX: Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1
SY: Protein transport protein Sec61 subunit gamma
SZ: Protein transport protein Sec61 subunit beta
A2: 18S rRNA
AA: 40S ribosomal protein S27
AB: Ribosomal protein S28
AC: Ribosomal protein S27a
AD: 40S ribosomal protein S30
AE: eS26
AF: RACK1
AG: uS14
AH: mRNA
AT: P-site tRNA
AZ: 40S ribosomal protein SA
Aa: 40S ribosomal protein S3a
Ab: Ribosomal_S5_C domain-containing protein,40S ribosomal protein S2
Ac: 40S ribosomal protein S3
Ad: 40S ribosomal protein S4
Ae: Ribosomal protein S5
Af: 40S ribosomal protein S6
Ag: 40S ribosomal protein S7
Ah: 40S ribosomal protein S8
Ai: Ribosomal protein S9 (Predicted)
Aj: Ribosomal protein eS10
Ak: 40S ribosomal protein S11
Al: 40S ribosomal protein S12
Am: uS15
An: 40S ribosomal protein S14
Ao: 40S ribosomal protein uS19
Ap: uS9
Aq: 40S ribosomal protein eS17
Ar: 40S ribosomal protein S18
As: 40S ribosomal protein S19
At: 40S ribosomal protein uS10
Au: 40S ribosomal protein S21
Av: Ribosomal protein S15a
Aw: 40S ribosomal protein S23
Ax: 40S ribosomal protein S24
Ay: 40S ribosomal protein S25
Az: 60S ribosomal protein L41
TA: Translocon-associated protein subunit alpha
TB: Translocon-associated protein subunit beta
TC: Signal sequence receptor subunit 3
TD: Translocon-associated protein subunit delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,037,976885
ポリマ－4,013,61992
非ポリマー24,357793
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 6種, 6分子 B5B7B8A2AHAT

#1: RNA鎖 28S rRNA


分子量: 1557519.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: GenBank: GBCN01009604.1
#2: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38691.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: GenBank: 4CXE_4
#3: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 50809.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: GenBank: GBCN01009604.1
#52: RNA鎖 18S rRNA


分子量: 603928.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: GenBank: GBCT01000564.1
#60: RNA鎖 mRNA


分子量: 1200.778 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#61: RNA鎖 P-site tRNA


分子量: 24106.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

-
60S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 BABCBEBGBHBOBRBSBTBUBZBaBbBfBgBhBiBrAz

#4: タンパク質 60S ribosomal protein L8


分子量: 28103.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A5F9C4D3, UniProt: A0A5F9D5B2
#6: タンパク質 60S ribosomal protein L4


分子量: 46430.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SVW5
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L6


分子量: 33028.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SKF7
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L7a


分子量: 30061.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1STW0
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L9


分子量: 21871.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SWI6
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L13a


分子量: 23533.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A0N8ETI8
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L19 / eL19


分子量: 23535.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: Q3T0W9
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L18a


分子量: 20749.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TTY7
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L21 / eL21


分子量: 18609.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SHQ2
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L22


分子量: 14756.909 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TSG1
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 15835.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TXF6
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L27a


分子量: 16635.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SNY0
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L29


分子量: 26721.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SGR6
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L35a / eL33


分子量: 12580.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SF08
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L34


分子量: 13326.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TXG5
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L35 / uL29


分子量: 14566.599 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SIT5
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L36


分子量: 12263.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TTQ5
#45: タンパク質 60S ribosomal protein L28


分子量: 15844.696 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U7L1
#88: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A087WNH4

-
Ribosomal protein ... , 18種, 18分子 BBBIBJBMBNBVBWBYBdBjBtBvABACAeAiAjAv

#5: タンパク質 Ribosomal protein L3


分子量: 46120.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TL06
#12: タンパク質 Ribosomal protein L10


分子量: 24643.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZQ2
#13: タンパク質 Ribosomal protein L11


分子量: 20288.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TUB8
#16: タンパク質 Ribosomal protein L14


分子量: 23870.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SZ12
#17: タンパク質 Ribosomal protein L15


分子量: 24207.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T0C1
#25: タンパク質 Ribosomal protein L23


分子量: 14892.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T6D1
#26: タンパク質 Ribosomal protein L24


分子量: 17825.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SE28
#28: タンパク質 Ribosomal protein L26


分子量: 17303.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SQH0
#33: タンパク質 Ribosomal protein L31 / eL31


分子量: 14494.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SHG0
#39: タンパク質 Ribosomal protein L37


分子量: 11111.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: U3KPD5
#47: タンパク質 Ribosomal protein L12


分子量: 17847.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SMR7
#48: タンパク質 Ribosomal protein uL1


分子量: 24875.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SKZ8
#54: タンパク質 Ribosomal protein S28


分子量: 7855.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TIB4
#55: タンパク質 Ribosomal protein S27a


分子量: 18004.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SK22
#67: タンパク質 Ribosomal protein S5


分子量: 22913.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TFM5
#71: タンパク質 Ribosomal protein S9 (Predicted)


分子量: 22641.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZS8
#72: タンパク質 Ribosomal protein eS10


分子量: 18933.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TPV3
#84: タンパク質 Ribosomal protein S15a


分子量: 14865.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TG89

+
タンパク質 , 21種, 21分子 BDBFBLBPBQBXBcBeBkBlBmBoBpBsAEAFAGAbAmApTC

#7: タンパク質 Ribosomal_L18_c domain-containing protein


分子量: 34481.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SYJ6
#9: タンパク質 uL30,60S ribosomal protein L7


分子量: 29201.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SV32
#15: タンパク質 L13


分子量: 24331.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TKB3
#19: タンパク質 uL22


分子量: 21444.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TVT6
#20: タンパク質 eL18


分子量: 21699.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: F6QKI9
#27: タンパク質 Ribosomal_L23eN domain-containing protein / uL23


分子量: 17768.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SE76
#32: タンパク質 eL30


分子量: 12807.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TDL2
#34: タンパク質 eL32


分子量: 15898.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U437
#40: タンパク質 eL38


分子量: 8238.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U001
#41: タンパク質 eL39


分子量: 6455.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TTN1
#42: タンパク質 Ubiquitin


分子量: 14800.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P62975
#43: タンパク質 eL42


分子量: 12489.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U344
#44: タンパク質 eL43


分子量: 10299.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SY53
#46: タンパク質 60S acidic ribosomal protein P0


分子量: 34380.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SPK4
#57: タンパク質 eS26


分子量: 13047.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A2K5LQY6
#58: タンパク質 RACK1


分子量: 35115.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SJB4
#59: タンパク質 uS14


分子量: 6690.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U7M4
#64: タンパク質 Ribosomal_S5_C domain-containing protein,40S ribosomal protein S2


分子量: 31285.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A5F9D8I1, UniProt: G1TUT9
#75: タンパク質 uS15


分子量: 17259.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SP51
#78: タンパク質 uS9


分子量: 19213.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SGX4
#91: タンパク質 Signal sequence receptor subunit 3


分子量: 21090.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: A0A8P0SDY6

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 BK

#14: タンパク質・ペプチド Nascent chain


分子量: 2486.056 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

-
Protein transport protein Sec61 subunit ... , 3種, 3分子 SXSYSZ

#49: タンパク質 Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1 / Sec61 alpha-1


分子量: 52279.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: P38377
#50: タンパク質 Protein transport protein Sec61 subunit gamma


分子量: 7752.325 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: P60058
#51: タンパク質 Protein transport protein Sec61 subunit beta


分子量: 9987.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: P60467

+
40S ribosomal protein ... , 21種, 21分子 AAADAZAaAcAdAfAgAhAkAlAnAoAqArAsAtAuAwAxAy

#53: タンパク質 40S ribosomal protein S27


分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TZ76
#56: タンパク質 40S ribosomal protein S30


分子量: 14498.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T8A2
#62: タンパク質 40S ribosomal protein SA / 37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin ...37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin receptor / 67LR / Laminin receptor 1 / LamR / Laminin-binding protein precursor p40 / LBP/p40


分子量: 32970.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TLT8
#63: タンパク質 40S ribosomal protein S3a


分子量: 30002.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SS70
#65: タンパク質 40S ribosomal protein S3 / uS3


分子量: 31146.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
参照: UniProt: G1TNM3, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#66: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 29654.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TK17
#68: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 28751.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TM55
#69: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 47356.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SVB0
#70: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 24263.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TJW1
#73: タンパク質 40S ribosomal protein S11


分子量: 18468.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TRM4
#74: タンパク質 40S ribosomal protein S12


分子量: 14538.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SFR8
#76: タンパク質 40S ribosomal protein S14


分子量: 16316.798 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U472
#77: タンパク質 40S ribosomal protein uS19


分子量: 17049.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U0Q2
#79: タンパク質 40S ribosomal protein eS17


分子量: 15552.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TU13
#80: タンパク質 40S ribosomal protein S18


分子量: 17801.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TPG3
#81: タンパク質 40S ribosomal protein S19


分子量: 16104.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TN62
#82: タンパク質 40S ribosomal protein uS10


分子量: 13398.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SIZ2
#83: タンパク質 40S ribosomal protein S21


分子量: 9181.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TM82
#85: タンパク質 40S ribosomal protein S23


分子量: 15860.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SZ47
#86: タンパク質 40S ribosomal protein S24


分子量: 15107.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T3D8
#87: タンパク質 40S ribosomal protein S25


分子量: 13645.028 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TDB3

-
Translocon-associated protein subunit ... , 3種, 3分子 TATBTD

#89: タンパク質 Translocon-associated protein subunit alpha / TRAP-alpha / PGP35 / Signal sequence receptor subunit alpha / SSR-alpha


分子量: 32002.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: P16967
#90: タンパク質 Translocon-associated protein subunit beta / TRAP-beta / Glycoprotein 25H / gp25H / Signal sequence receptor subunit beta / SSR-beta


分子量: 20120.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: P23438
#92: タンパク質 Translocon-associated protein subunit delta / Signal sequence receptor subunit delta


分子量: 18959.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: A0A8C0NNM2

-
非ポリマー , 6種, 793分子

#93: 化合物...
ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#94: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#95: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 750 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#96: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#97: 化合物 ChemComp-AAC / ACETYLAMINO-ACETIC ACID / N-アセチルグリシン


分子量: 117.103 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H7NO3
#98: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Structure of the TRAP complex with the Sec translocon and a translating ribosomeCOMPLEX#1-#920NATURAL
2Ribosomal large subunit (60S)COMPLEX#1-#481NATURAL
3Ribosomal small subunit (SSU)COMPLEX#52-#60, #62-#881NATURAL
4P-site tRNACOMPLEX#611NATURAL
5Sec61 transloconCOMPLEX#49-#511NATURAL
6TRAP complexCOMPLEX#89-#911NATURAL
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21NO
31NO
41NO
51NO
61NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Oryctolagus cuniculus (ウサギ)9986
32Oryctolagus cuniculus (ウサギ)9986
43Oryctolagus cuniculus (ウサギ)9986
54Oryctolagus cuniculus (ウサギ)9986
65canis lupus familiaris (イヌ)9986
76canis lupus familiaris (イヌ)9986
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 15 mA for 15 seconds in Pelco EasyGlow system / グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K
詳細: 3.5 uL of sample was incubated on the grid for 60 seconds at 4*C and 100% humidity before being blotted and plunged into liquid ethane/propane mix cooled to liquid nitrogen temperature

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1.4粒子像選択
2EPU画像取得
4RELION3.1.4CTF補正
10RELION3.1.4初期オイラー角割当
11RELION3.1.4最終オイラー角割当
13RELION3.1.4３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 22643 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0012249768
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.338365515
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.025445129
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.002424318
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.384113321

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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