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万見
- PDB-8btj: Murine cytomegalovirus protein M35 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8btj
タイトルMurine cytomegalovirus protein M35
要素Protein M35
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / CMV / M35 / virus protein / NFKB mediated transcription
機能・相同性Herpesvirus phosphoprotein 85 (HHV6-7 U14/HCMV UL25) / Herpesvirus phosphoprotein 85 (HHV6-7 U14/HCMV UL25) / host cell nucleus / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / MALONATE ION / Protein M35
機能・相同性情報
生物種Muromegalovirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Schmelz, S. / Van den Heuvel, J. / Blankenfeldt, W.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2023
タイトル: The Cytomegalovirus M35 Protein Directly Binds to the Interferon-beta Enhancer and Modulates Transcription of Ifnb1 and Other IRF3-Driven Genes.
著者: Schwanke, H. / Goncalves Magalhaes, V. / Schmelz, S. / Wyler, E. / Hennig, T. / Gunther, T. / Grundhoff, A. / Dolken, L. / Landthaler, M. / van Ham, M. / Jansch, L. / Bussow, K. / van den ...著者: Schwanke, H. / Goncalves Magalhaes, V. / Schmelz, S. / Wyler, E. / Hennig, T. / Gunther, T. / Grundhoff, A. / Dolken, L. / Landthaler, M. / van Ham, M. / Jansch, L. / Bussow, K. / van den Heuvel, J. / Blankenfeldt, W. / Friedel, C.C. / Erhard, F. / Brinkmann, M.M.
履歴
登録2022年11月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein M35
B: Protein M35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,67313
ポリマ－101,6702
非ポリマー1,00311
水5,386299
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8400 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area33830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.090, 130.711, 67.827
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.260, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Protein M35


分子量: 50834.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Muromegalovirus (ウイルス) / 遺伝子: M35 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A8E1G1
#2: 化合物
ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / (2R,3R)-2,3-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#3: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.1M Na2 Malon, 0.1 M HEPES pH 7.0, 0.5 % (v/v) Jeffamine ED-2001 protein conc: 3.6mg/ml cryoprotectant: 12 (v/v) (2R,3R) -(-)-2,3-Butanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→66.52 Å / Num. obs: 50243 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 29.79 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 1.94→2.151 Å / Num. unique obs: 2513 / CC1/2: 0.581 / Rpim(I) all: 0.488

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20-4459精密化
AutoProcessデータスケーリング
STARANISOデータスケーリング
autoPROCデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.94→57.95 Å / SU ML: 0.2236 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.2547
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2261 2543 5.06 %
Rwork0.1739 47683 -
obs0.1765 50226 67.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→57.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6353 0 67 299 6719
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01236691
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.24249088
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05971053
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.02291173
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.5214926
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.94-1.980.218630.292441X-RAY DIFFRACTION1.08
1.98-2.020.4647150.2682251X-RAY DIFFRACTION6.52
2.02-2.060.288190.2619452X-RAY DIFFRACTION12.32
2.07-2.110.3555460.2398730X-RAY DIFFRACTION23.47
2.11-2.170.2813690.21421361X-RAY DIFFRACTION35.07
2.17-2.230.27471220.21481876X-RAY DIFFRACTION48.78
2.23-2.290.28051080.2411951X-RAY DIFFRACTION50.16
2.29-2.360.25491720.20622905X-RAY DIFFRACTION74.72
2.36-2.450.25971650.20633254X-RAY DIFFRACTION83.23
2.45-2.550.23571950.19383589X-RAY DIFFRACTION92.84
2.55-2.660.25891890.20353915X-RAY DIFFRACTION99.73
2.66-2.80.27452200.19983908X-RAY DIFFRACTION99.9
2.8-2.980.25472200.18543888X-RAY DIFFRACTION99.95
2.98-3.210.21212150.17753885X-RAY DIFFRACTION100
3.21-3.530.23992100.16873924X-RAY DIFFRACTION100
3.53-4.040.22361560.1393846X-RAY DIFFRACTION97.49
4.04-5.090.18172000.13723946X-RAY DIFFRACTION99.9
5.09-57.950.19472190.18013961X-RAY DIFFRACTION99.83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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