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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8btj | ||||||
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タイトル | Murine cytomegalovirus protein M35 | ||||||
要素 | Protein M35 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / CMV / M35 / virus protein / NFKB mediated transcription | ||||||
機能・相同性 | Herpesvirus phosphoprotein 85 (HHV6-7 U14/HCMV UL25) / Herpesvirus phosphoprotein 85 (HHV6-7 U14/HCMV UL25) / host cell nucleus / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / MALONATE ION / Protein M35 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Muromegalovirus (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å | ||||||
データ登録者 | Schmelz, S. / Van den Heuvel, J. / Blankenfeldt, W. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: J.Virol. / 年: 2023 タイトル: The Cytomegalovirus M35 Protein Directly Binds to the Interferon-beta Enhancer and Modulates Transcription of Ifnb1 and Other IRF3-Driven Genes. 著者: Schwanke, H. / Goncalves Magalhaes, V. / Schmelz, S. / Wyler, E. / Hennig, T. / Gunther, T. / Grundhoff, A. / Dolken, L. / Landthaler, M. / van Ham, M. / Jansch, L. / Bussow, K. / van den ...著者: Schwanke, H. / Goncalves Magalhaes, V. / Schmelz, S. / Wyler, E. / Hennig, T. / Gunther, T. / Grundhoff, A. / Dolken, L. / Landthaler, M. / van Ham, M. / Jansch, L. / Bussow, K. / van den Heuvel, J. / Blankenfeldt, W. / Friedel, C.C. / Erhard, F. / Brinkmann, M.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8btj.cif.gz | 395.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8btj.ent.gz | 263.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8btj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8btj_validation.pdf.gz | 465.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8btj_full_validation.pdf.gz | 472.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8btj_validation.xml.gz | 32.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8btj_validation.cif.gz | 46.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/8btj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/8btj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50834.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Muromegalovirus (ウイルス) / 遺伝子: M35 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A8E1G1 #2: 化合物 | ChemComp-BU3 / ( #3: 化合物 | ChemComp-MLI / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.2 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 1.1M Na2 Malon, 0.1 M HEPES pH 7.0, 0.5 % (v/v) Jeffamine ED-2001 protein conc: 3.6mg/ml cryoprotectant: 12 (v/v) (2R,3R) -(-)-2,3-Butanediol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.978 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.94→66.52 Å / Num. obs: 50243 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 29.79 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 11.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.94→2.151 Å / Num. unique obs: 2513 / CC1/2: 0.581 / Rpim(I) all: 0.488 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.94→57.95 Å / SU ML: 0.2236 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.2547 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.96 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.94→57.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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