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- PDB-8bt3: Ribonucleotide Reductase class Ie R2 from Mesoplasma florum, cata... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bt3
タイトルRibonucleotide Reductase class Ie R2 from Mesoplasma florum, catalytically active radical state solved by XFEL
要素Ribonucleoside-diphosphate reductase beta chain
キーワードOXIDOREDUCTASE / Ribonucleotide reductase R2 subunit / Ferritin-like superfamily / DOPA post-translational modification
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta / Ribonucleotide reductase small subunit / Ribonucleotide reductase small subunit family / Ribonucleotide reductase, small chain / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ribonucleoside-diphosphate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Mesoplasma florum L1 (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Lebrette, H. / Srinivas, V. / Hogbom, M.
資金援助 スウェーデン, European Union, 米国, 英国, 11件
組織認可番号国
Swedish Research Council2021-03992 スウェーデン
European Research Council (ERC)HIGH-GEAR 724394European Union
Knut and Alice Wallenberg Foundation2017.0275 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation2019.0436 スウェーデン
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM133081 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM055302 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM110501 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM126289 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM117126 米国
Wellcome Trust210734/Z/18/Z 英国
Royal SocietyRSWF/R2/182017 英国
引用ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: Structure of a ribonucleotide reductase R2 protein radical.
著者: Lebrette, H. / Srinivas, V. / John, J. / Aurelius, O. / Kumar, R. / Lundin, D. / Brewster, A.S. / Bhowmick, A. / Sirohiwal, A. / Kim, I.S. / Gul, S. / Pham, C. / Sutherlin, K.D. / Simon, P. / ...著者: Lebrette, H. / Srinivas, V. / John, J. / Aurelius, O. / Kumar, R. / Lundin, D. / Brewster, A.S. / Bhowmick, A. / Sirohiwal, A. / Kim, I.S. / Gul, S. / Pham, C. / Sutherlin, K.D. / Simon, P. / Butryn, A. / Aller, P. / Orville, A.M. / Fuller, F.D. / Alonso-Mori, R. / Batyuk, A. / Sauter, N.K. / Yachandra, V.K. / Yano, J. / Kaila, V.R.I. / Sjoberg, B.M. / Kern, J. / Roos, K. / Hogbom, M.
履歴
登録2022年11月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8451
ポリマ－39,8451
非ポリマー00
水2,414134
1
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase beta chain

A: Ribonucleoside-diphosphate reductase beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,6892
ポリマ－79,6892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area5370 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area24570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.985, 46.309, 58.514
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.590, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-410-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ribonucleoside-diphosphate reductase beta chain


分子量: 39844.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: post-translational modification of Y126 into a DOPA
由来: (組換発現) Mesoplasma florum L1 (バクテリア)
株: ATCC 33453 / NBRC 100688 / NCTC 11704 / L1 / 遺伝子: Mfl530 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6F0T5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.2 %
結晶化温度: 294 K / 手法: batch mode
詳細: 50 mM calcium acetate, 20 mM ammonium sulphate and 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: MFX / 波長: 1.30177 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX340-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月10日 / Frequency: 30
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.30177 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→66.01 Å / Num. obs: 56800 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 49.2 % / Biso Wilson estimate: 20.48 Å2 / CC1/2: 0.931 / R split: 0.237 / Net I/σ(I): 52.3
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 19.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2710 / CC1/2: 0.344 / R split: 0.96 / % possible all: 100
Serial crystallography measurementCollection time total: 0.6 hours / Pulse duration: 35 fsec. / Pulse energy: 2.5 µJ / Pulse photon energy: 9.5 keV
Serial crystallography sample delivery手法: injection
Serial crystallography sample delivery injection解説: Drop on Tape / Flow rate: 9 µL/min

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
cctbx.xfelデータ削減
DIALSデータ削減
cxi.mergeデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.18.2_3874精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→23.82 Å / SU ML: 0.1756 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.4314
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2137 2841 5.01 %
Rwork0.1775 53906 -
obs0.1793 56747 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→23.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2518 0 0 134 2652
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00562650
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75293609
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0459392
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005465
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.3506980
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.530.35671430.32682625X-RAY DIFFRACTION99.53
1.53-1.550.31141320.29712692X-RAY DIFFRACTION99.82
1.55-1.580.351510.2732664X-RAY DIFFRACTION99.82
1.58-1.620.32951390.25382642X-RAY DIFFRACTION99.96
1.62-1.650.30661340.22182735X-RAY DIFFRACTION99.86
1.65-1.690.22761430.20522661X-RAY DIFFRACTION99.79
1.69-1.730.25181380.19092686X-RAY DIFFRACTION99.86
1.73-1.780.23321430.18392705X-RAY DIFFRACTION99.86
1.78-1.830.24641370.17982678X-RAY DIFFRACTION99.86
1.83-1.890.22391430.17932675X-RAY DIFFRACTION99.93
1.89-1.960.23531440.17592700X-RAY DIFFRACTION99.93
1.96-2.040.22841450.16472661X-RAY DIFFRACTION99.96
2.04-2.130.19521380.15162702X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.240.20241390.15152701X-RAY DIFFRACTION99.96
2.24-2.380.18621470.15662692X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.560.20681420.17112724X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.820.19071450.17972684X-RAY DIFFRACTION100
2.82-3.230.18871460.17652738X-RAY DIFFRACTION100
3.23-4.060.1891400.15992730X-RAY DIFFRACTION100
4.07-23.820.22321520.18232811X-RAY DIFFRACTION99.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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