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- PDB-8bt1: YdaT transcription regulator (CII functional analog) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bt1
タイトルYdaT transcription regulator (CII functional analog)
要素YdaT_toxin domain-containing protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / CII functional analog / prophage CP-9339
機能・相同性Bacterial toxin YdaT / Bacterial toxin YdaT superfamily / Bacterial toxin ydaT / YdaT_toxin domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39788433003 Å
データ登録者Prolic-Kalinsek, M. / Loris, R.
資金援助 ベルギー, 2件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)G.0226.17N ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)G.0033.20N ベルギー
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Structural basis of DNA binding by YdaT, a functional equivalent of the CII repressor in the cryptic prophage CP-933P from Escherichia coli O157:H7.
著者: Prolic-Kalinsek, M. / Volkov, A.N. / Hadzi, S. / Van Dyck, J. / Bervoets, I. / Charlier, D. / Loris, R.
#1: ジャーナル: mBio / 年: 2021
タイトル: Bistable Expression of a Toxin-Antitoxin System Located in a Cryptic Prophage of Escherichia coli O157:H7.
著者: Jurenas, D. / Fraikin, N. / Goormaghtigh, F. / De Bruyn, P. / Vandervelde, A. / Zedek, S. / Jove, T. / Charlier, D. / Loris, R. / Van Melderen, L.
履歴
登録2022年11月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YdaT_toxin domain-containing protein
B: YdaT_toxin domain-containing protein
C: YdaT_toxin domain-containing protein
D: YdaT_toxin domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,3679
ポリマ－74,0164
非ポリマー3515
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6120 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area25030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.570, 64.256, 63.910
Angle α, β, γ (deg.)66.830, 89.360, 77.672
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSPROPRO(chain 'A' and ((resid 2 and (name N or name...AA2 - 6723 - 88
12ALAALAGLUGLU(chain 'A' and ((resid 2 and (name N or name...AA69 - 7190 - 92
13GLNGLNGLUGLU(chain 'A' and ((resid 2 and (name N or name...AA74 - 10595 - 126
14ARGARGVALVAL(chain 'A' and ((resid 2 and (name N or name...AA107 - 123128 - 144
25LYSLYSPROPRO(chain 'B' and (resid 2 through 3 or (resid 4...BB2 - 6723 - 88
26ALAALAGLUGLU(chain 'B' and (resid 2 through 3 or (resid 4...BB69 - 7190 - 92
27GLNGLNGLUGLU(chain 'B' and (resid 2 through 3 or (resid 4...BB74 - 10595 - 126
28ARGARGVALVAL(chain 'B' and (resid 2 through 3 or (resid 4...BB107 - 123128 - 144
39LYSLYSPROPRO(chain 'C' and ((resid 2 and (name N or name...CC2 - 6723 - 88
310ALAALAGLUGLU(chain 'C' and ((resid 2 and (name N or name...CC69 - 7190 - 92
311GLNGLNGLUGLU(chain 'C' and ((resid 2 and (name N or name...CC74 - 10595 - 126
312ARGARGVALVAL(chain 'C' and ((resid 2 and (name N or name...CC107 - 123128 - 144
413LYSLYSPROPRO(chain 'D' and (resid 2 through 5 or (resid 6...DD2 - 6723 - 88
414ALAALAGLUGLU(chain 'D' and (resid 2 through 5 or (resid 6...DD69 - 7190 - 92
415GLNGLNGLUGLU(chain 'D' and (resid 2 through 5 or (resid 6...DD74 - 10595 - 126
416ARGARGVALVAL(chain 'D' and (resid 2 through 5 or (resid 6...DD107 - 123128 - 144

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要素

#1: タンパク質
YdaT_toxin domain-containing protein


分子量: 18504.076 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: Z6071 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6M7H0F8
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 ul 13.23 mg/ml YdaT (in 20mM Tris and 200mM NaCl, pH 7.5) mixed with 0.1 ul reservoir solution (0.1M BIS - TRIS pH 5.5, 2.0 M Ammonium sulphate) and equilibrated against 70 ul of reservoir solution

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→44.3725791252 Å / Num. obs: 19698 / % possible obs: 77.3981758138 % / 冗長度: 2.3325 % / Biso Wilson estimate: 37.9536592773 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rrim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.4→2.52 Å / Rmerge(I) obs: 0.386 / Num. unique obs: 993 / CC1/2: 0.797 / Rrim(I) all: 0.552

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.39788433003→44.3725791252 Å / SU ML: 0.302408743077 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97085360119 / 位相誤差: 31.5909210916
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265817898604 979 4.97282470666 %
Rwork0.211205561502 18708 -
obs0.213955987448 19687 77.3981758138 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 56.1841727531 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39788433003→44.3725791252 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3715 0 19 136 3870
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007745293185753847
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9592254376115256
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0549449884771603
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00671038741088682
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.33142154942351
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3979-2.52430.278335121201460.2757260824981188X-RAY DIFFRACTION33.9570720969
2.5243-2.68240.3342782298561080.2712148873971926X-RAY DIFFRACTION55.7718672882
2.6824-2.88950.3146687702161310.2593282542792423X-RAY DIFFRACTION70.8853733
2.8895-3.18020.3208172915721640.2527744491473105X-RAY DIFFRACTION89.7091108672
3.1802-3.64020.2874564552851760.2133463498473351X-RAY DIFFRACTION97.5656984786
3.6402-4.58550.2269287651181780.1777039551533377X-RAY DIFFRACTION96.8664850136
4.5855-44.370.2358339470171760.1960849941713338X-RAY DIFFRACTION97.0450151892
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.49941447797-0.6005674714042.691097473785.30221458724-3.896955155969.047102097930.367208349505-0.2120250353391.118304276710.723105716165-0.4455653362630.496887921867-0.3981860012310.3494953126630.2767032939750.201926016737-0.01511516448530.09116471076260.1966659108670.03497182741360.571967302449-10.9180637407-29.9832939771-9.44117395729
24.2392439423-1.891992959170.6640675514034.60464121758-1.284855953553.344459846360.1576599311580.08586825500830.243421274260.0574282631005-0.2204199310080.0104065272691-0.08644133213420.1029820965440.05308819817720.0509414911764-0.0358162362883-0.01456931414560.172600668869-0.02106852157380.20763424299-21.546674469-36.1612425185-13.184352231
32.29188866976-3.403974788853.130249520845.11000672781-4.758033166574.56146533174-0.1134089811020.298756812174-0.01865858968210.388382382203-0.0539170803238-0.241113610286-0.4496728563960.5328764523770.1640422886560.0638438571046-0.005472936930380.09072697144790.388115384534-0.01387545869890.664028010671-4.39657075759-32.5734290547-14.7373673735
43.65046160498-0.720358627301-0.547094336635.01062034625-1.626700802052.90725251324-0.193865318945-0.161104764782-0.2726176901820.4267120464740.66003136541-0.373384894673-0.313089992828-0.299409415885-0.1731777138620.104644298227-0.0507820888080.1121220853410.302654951654-0.08984931906910.2837883333166.35234552256-21.3865968981-19.837315953
55.656554130611.56538831433-0.8392291837643.311936491810.4565722319134.292971052640.340012215611-0.482363728809-0.0769417092630.253211248992-0.453627414938-0.07872487993920.00668140720486-0.2408999119230.08942449042470.331814810948-0.1018435553130.05436414826220.3737030175570.01723350779470.23694124621523.3705910808-8.46193295612-51.8224445529
60.1616111153270.514362423983-0.4120807029021.65622382192-0.5850277657874.522513676350.389653505512-0.604768180794-0.133792737460.40144667192-0.100227717865-0.0773594828467-0.5993098026750.376282204493-0.1711340867520.415694578744-0.1501478296630.1484302682770.443142505329-0.02120990717780.32605050051225.594105803-6.79956905711-46.6878673677
73.70413823923.58656670908-0.2975242769023.644031808980.4628223408873.222522588680.09930350545860.198296600426-0.364069702150.2247087940440.154073181144-1.31206794487-0.1142242036180.406100172231-0.2748831391180.112052343893-0.002059143986870.003423237968720.286319227403-0.03154174139140.29445248815413.0169125773-23.4703832578-27.7132651774
84.472587463840.0320335782552-0.2177974606416.194223067150.2511125479313.708897492940.206191903634-0.299578809204-0.3564490369310.642811618458-0.260934159713-0.0683686397180.5686217760040.1670570882570.02973810825990.3076978490730.0105982584938-0.01042646317060.1448712879630.006775525681340.2648893360560.4045288802053.4785456437-8.34386767709
94.33506540507-2.696811211381.086681772582.296093895160.1768506083262.890588047180.139540715586-0.05006720690740.250966598669-0.605298648995-0.3017897799090.530054055355-0.426561965838-0.334022984364-0.01282239991970.1991092812180.0523869476215-0.02205762079780.312455314283-0.04796427224920.314772039485-1.57040748987-14.3913422139-27.1830100994
107.936420789080.8535309301970.08647142849467.859180012170.5615966450726.42040061724-0.758163239906-0.574979080016-0.419989571174-1.32011395674-0.182068870188-0.815420257351.566136966020.7140594355420.7937096982290.9212243458390.2297460637370.3034175131470.4706739975240.053990253670.73660260152418.554408298-38.5424977603-43.6453444019
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136.285301282022.8452944216-0.3826543846794.28634870645-1.331478632755.38952719794-0.1705461721890.8190058634850.0676032644377-1.228182219130.2439845082980.749899695996-0.1606269813370.187025517572-0.008703965811130.321175553016-0.0567997970580.01688282602950.390350332244-0.05762883772370.1964806105015.00749844759-19.9772660748-35.2358683781
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 17 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 18 through 83 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 84 through 97 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 98 through 124 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 2 through 49 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 50 through 97 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 98 through 128 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 1 through 92 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 93 through 123 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 2 through 33 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 34 through 66 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 67 through 97 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 98 through 127 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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