PDB-8bsy: IPNS H270D variant in complex with Fe and ACV after 30s O2 exposure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bsy

タイトル

IPNS H270D variant in complex with Fe and ACV after 30s O2 exposure

要素

Isopenicillin N synthase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Isopenicillin N synthase / antiobiotic biosynthesis / penicillin / beta lactam / oxygenase / anaerobic

機能・相同性

機能・相同性情報

isopenicillin-N synthase / isopenicillin-N synthase activity / penicillin biosynthetic process / L-ascorbic acid binding / iron ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus nidulans FGSC A4 (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Rabe, P. / Schofield, C.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: IPNS H270D variant in complex with Fe and ACV after 30s O2 exposure
著者: Rabe, P. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2022年11月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bsy.cif.gz	161.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bsy.ent.gz	123.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bsy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8bsy_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bsy_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	8bsy_validation.xml.gz	18.3 KB	表示
CIF形式データ	8bsy_validation.cif.gz	28.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/8bsy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/8bsy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zaeS 7zoe 8a4g 8ali 8alj S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Isopenicillin N synthase

ヘテロ分子

38.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.358, 74.432, 101.244
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Isopenicillin N synthase / IPNS 分子量: 37540.777 Da / 分子数: 1 / 変異: H270D / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aspergillus nidulans FGSC A4 (カビ) 遺伝子: ipnA, ips, AN2622 / プラスミド: pCold_IPNS_H270D / 詳細 (発現宿主): pCold / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P05326, isopenicillin-N synthase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ACV / L-D-(A-AMINOADIPOYL)-L-CYSTEINYL-D-VALINE / δ-(L-α-アミノアジポイル)-L-システイニル-D-バリン分子量: 363.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₅N₃O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 450 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.74 % / 解説: needle morphology, 3 um x 3 um x 160 um
結晶化	温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 8.3 / 詳細: 1.7 M Li2SO4, 0.1 M Tris pH 8.3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryogenic / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97628 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97628 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→50.62 Å / Num. obs: 62488 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.178 / R_pim(I) all: 0.05 / R_rim(I) all: 0.185 / Χ²: 0.84 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 827970
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 13.5 % / R_merge(I) obs: 2.066 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 3170 / CC_1/2: 0.65 / R_pim(I) all: 0.575 / R_rim(I) all: 2.146 / Χ²: 0.76

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ZAE

6zae

解像度: 1.4→41.86 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1961	3101	4.97 %
R_work	0.1685	-	-
obs	0.1698	62341	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→41.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2606	0	35	450	3091

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2808
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.969	3842
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.355	1022
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.089	401
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	515

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.42	0.309	139	0.2858	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
1.42-1.45	0.3218	132	0.2704	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.47	0.2926	144	0.2571	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
1.47-1.5	0.2616	169	0.2398	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5-1.53	0.246	129	0.2212	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
1.53-1.56	0.2825	128	0.2128	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
1.56-1.59	0.2295	138	0.2035	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.63	0.241	132	0.1959	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.67	0.2263	137	0.1861	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.71	0.2234	142	0.187	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
1.71-1.76	0.2163	131	0.1735	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.82	0.2296	131	0.1719	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.89	0.1803	164	0.1642	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.96	0.2251	149	0.1647	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2.05	0.2113	145	0.1534	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.16	0.1688	155	0.1571	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.29	0.1816	133	0.1507	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.47	0.1855	144	0.1567	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.72	0.1844	145	0.1608	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-3.11	0.199	132	0.1614	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.92	0.1696	133	0.1467	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
3.92-41.86	0.1534	149	0.1521	2915	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5243	0.3624	0.4809	1.9081	1.1141	3.3177	0.0734	-0.0935	-0.0695	0.1012	-0.0693	0.0114	0.1415	-0.1938	0.0193	0.0972	-0.01	0.0104	0.1136	0.0266	0.0884	-15.9185	-4.0586	14.9614
2	1.525	-0.2589	-0.21	0.8918	-0.2469	3.9721	0.0629	-0.0107	-0.0272	-0.0637	0.0326	0.1134	-0.1082	-0.3829	-0.129	0.0894	-0.0197	-0.0126	0.108	-0.0141	0.1308	-22.8021	1.2599	-2.182
3	6.0738	1.0928	-2.323	5.4458	-0.0213	5.3263	0.0772	0.098	0.0725	-0.1043	-0.0859	0.0204	-0.3174	-0.0513	0.0153	0.137	-0.0011	-0.0026	0.0837	-0.0112	0.0515	-10.8855	6.7153	-23.9296
4	0.9003	0.4993	0.3086	1.1095	0.2555	1.8043	-0.0507	0.1095	0.0907	-0.0889	0.0984	-0.0622	-0.2763	0.0783	-0.0376	0.1097	-0.0053	0.0128	0.0905	0.0143	0.0913	-9.2906	10.3077	-13.9079
5	0.6631	-0.4892	0.5971	1.0404	-0.8301	3.5227	0.0079	-0.0371	0.0473	0.0222	0.0186	-0.0035	-0.2472	0.0406	0.0029	0.0978	-0.0142	0.0156	0.0731	-0.0112	0.0947	-10.5612	9.5753	5.8531
6	0.9381	0.0411	0.4728	0.7935	0.1636	1.7831	0.033	0.0029	-0.1042	-0.011	0.0021	0.0188	0.1906	0.0416	-0.0373	0.0826	0.0081	0.0091	0.0774	0.0042	0.093	-12.6894	-8.7148	-4.0098
7	1.4418	-0.3324	0.5907	2.3001	-0.8826	2.9038	0.0432	-0.3711	-0.069	0.2589	-0.1807	-0.2665	0.091	0.7932	0.1449	0.17	-0.0023	-0.0137	0.4015	0.0531	0.1785	5.8685	1.6153	10.4374
8	1.9313	1.1914	1.333	4.078	3.5583	5.9346	-0.0854	0.0743	-0.1206	-0.2115	0.2194	-0.131	0.0898	0.4664	-0.1296	0.1472	0.024	0.0183	0.2055	0.0266	0.171	0.7077	-1.3164	-8.3259

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 37 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 38 through 64 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 65 through 82 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 83 through 137 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 138 through 182 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 183 through 286 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 287 through 312 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 313 through 331 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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