PDB-8bsx: IPNS H270D variant in complex with Fe and ACV after 10 min O2 exposure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bsx

タイトル

IPNS H270D variant in complex with Fe and ACV after 10 min O2 exposure

要素

Isopenicillin N synthase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Isopenicillin N synthase / antiobiotic biosynthesis / penicillin / beta lactam / oxygenase / anaerobic

機能・相同性

機能・相同性情報

isopenicillin-N synthase / isopenicillin-N synthase activity / penicillin biosynthetic process / L-ascorbic acid binding / iron ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus nidulans FGSC A4 (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.38 Å

データ登録者

Rabe, P. / Schofield, C.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: IPNS H270D variant in complex with Fe and ACV after 10 min O2 exposure
著者: Rabe, P. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2022年11月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bsx.cif.gz	171.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bsx.ent.gz	132.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bsx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/8bsx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/8bsx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zaeS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Isopenicillin N synthase

ヘテロ分子

38.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.352, 74.365, 101.402
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Isopenicillin N synthase / IPNS 分子量: 37540.777 Da / 分子数: 1 / 変異: H270D / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aspergillus nidulans FGSC A4 (カビ) 遺伝子: ipnA, ips, AN2622 / プラスミド: pCold_IPNS_H270D / 詳細 (発現宿主): pCold / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P05326, isopenicillin-N synthase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ACV / L-D-(A-AMINOADIPOYL)-L-CYSTEINYL-D-VALINE / δ-(L-α-アミノアジポイル)-L-システイニル-D-バリン分子量: 363.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₅N₃O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 413 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.77 % / 解説: needle morphology, 3 um x 3um x 200 um
結晶化	温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 8.3 / 詳細: 1.7 M Li2SO4, 0.1 M Tris pH 8.3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryogenic / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97628 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97628 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.38→50.7 Å / Num. obs: 65197 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.167 / R_pim(I) all: 0.048 / R_rim(I) all: 0.174 / Χ²: 0.9 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 867044
反射シェル	解像度: 1.38→1.4 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / R_merge(I) obs: 3.112 / Num. measured all: 43015 / Num. unique obs: 3269 / CC_1/2: 0.652 / R_pim(I) all: 0.892 / R_rim(I) all: 3.239 / Χ²: 0.86 / Net I/σ(I) obs: 1.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ZAE

6zae

解像度: 1.38→38.29 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.44 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1971	3245	4.99 %
R_work	0.1663	-	-
obs	0.1678	65067	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.38→38.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2612	0	35	414	3061

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2840
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.877	3889
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.33	1039
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.085	404
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	524

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.38-1.4	0.3138	138	0.3067	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4-1.42	0.3597	139	0.3002	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
1.42-1.45	0.284	141	0.2802	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.47	0.281	151	0.2589	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
1.47-1.5	0.2633	128	0.2336	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5-1.53	0.2564	141	0.2086	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
1.53-1.56	0.2201	138	0.2084	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
1.56-1.59	0.2376	144	0.1919	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.63	0.2512	152	0.1859	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.67	0.2126	136	0.1732	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.71	0.2091	118	0.1812	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
1.71-1.76	0.1954	151	0.1721	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.82	0.1846	135	0.1679	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.89	0.2189	156	0.1584	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.96	0.1834	144	0.1516	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2.05	0.1921	132	0.1427	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.16	0.182	130	0.1507	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.29	0.2039	154	0.1524	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.47	0.1697	150	0.1556	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.72	0.1899	129	0.1624	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-3.11	0.2188	138	0.1632	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.92	0.1759	144	0.1432	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
3.92-38.29	0.1483	156	0.1466	2904	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9988	-0.1857	0.0148	6.7124	3.7776	4.4972	-0.0573	-0.0535	-0.1648	0.3309	-0.0388	0.29	0.3448	-0.2136	0.0638	0.1613	-0.004	0.0168	0.1244	0.0396	0.0692	2.1279	-5.4552	11.5759
2	1.2835	0.0797	1.3713	0.6252	-0.1503	4.1167	0.0766	-0.1025	-0.0775	0.077	-0.0395	-0.0123	0.1861	-0.1429	-0.036	0.114	-0.0228	0.0086	0.1064	0.0163	0.0792	4.7843	-2.3957	13.544
3	1.6988	0.2017	-1.8096	0.7179	-0.363	4.7072	0.0781	0.1989	0.0343	-0.0659	0.0038	0.0371	-0.2835	-0.1933	-0.0923	0.1678	0.0165	-0.0126	0.0613	-0.008	0.0861	5.2499	6.2477	-17.8013
4	1.0222	0.2804	0.0225	0.9248	-0.0013	1.7104	-0.0172	0.0804	0.1067	-0.0687	0.0478	-0.0208	-0.287	0.015	-0.0114	0.162	0.0008	0.0072	0.0867	0.0184	0.075	10.582	10.4618	-13.6929
5	0.6467	-0.6776	0.5321	1.1871	-0.9897	3.2343	0.0223	-0.0403	0.0514	0.0306	0.0241	-0.0145	-0.3377	0.0563	-0.0181	0.1533	-0.019	0.0131	0.0699	-0.0123	0.0728	9.988	9.8253	5.6097
6	1.0875	0.0117	0.3943	0.5165	-0.0868	1.5594	0.049	0.0173	-0.1527	-0.043	0.0045	-0.0017	0.2415	0.0941	-0.0615	0.1439	0.0203	0.0011	0.0828	-0.0009	0.0888	8.7645	-9.0421	-3.2361
7	1.0486	0.0603	0.3197	0.8414	0.1626	1.7249	0.0688	0.042	-0.0902	0.0338	-0.0344	0.0923	0.214	-0.0733	-0.0304	0.135	-0.0033	-0.009	0.0851	-0.0042	0.0667	4.2167	-7.2245	-7.6452
8	0.8336	-0.6305	1.552	1.2924	-1.2264	3.1862	0.1004	-0.2967	-0.0858	0.168	-0.1475	-0.2019	0.1132	0.8974	0.0924	0.2263	0.0074	-0.0211	0.4829	0.0539	0.1641	26.7345	1.5038	10.5375
9	3.6959	2.8866	2.7525	7.9584	5.6669	4.2221	-0.1022	0.325	-0.2858	-0.2652	0.3344	-0.237	0.2462	0.5867	-0.2307	0.2447	0.0362	0.0176	0.2668	0.0245	0.152	21.4014	-1.3463	-8.3227

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 21 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 22 through 50 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 51 through 88 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 89 through 137 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 138 through 182 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 183 through 269 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 270 through 286 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 287 through 312 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 313 through 331 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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