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- PDB-8bsb: Vc1313-LBD bound to D-lysine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bsb
タイトルVc1313-LBD bound to D-lysine
要素Methyl-accepting chemotaxis protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ligand binding domain / Methyl-accepting chemotaxis protein / chemotaxis
機能・相同性
機能・相同性情報


chemotaxis / signal transduction / membrane
類似検索 - 分子機能
Chemotaxis methyl-accepting receptor HlyB-like, 4HB MCP domain / Four helix bundle sensory module for signal transduction / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
D-LYSINE / Methyl-accepting chemotaxis protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者ter Beek, J. / Berntsson, R.P.-A.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Swedish Research Council2016-03599 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2023
タイトル: D-amino acids signal a stress-dependent run-away response in Vibrio cholerae.
著者: Irazoki, O. / Ter Beek, J. / Alvarez, L. / Mateus, A. / Colin, R. / Typas, A. / Savitski, M.M. / Sourjik, V. / Berntsson, R.P. / Cava, F.
履歴
登録2022年11月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id
改定 1.52024年5月1日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-accepting chemotaxis protein
B: Methyl-accepting chemotaxis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4214
ポリマ－40,1292
非ポリマー2922
水2,396133
1
A: Methyl-accepting chemotaxis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2112
ポリマ－20,0641
非ポリマー1461
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Methyl-accepting chemotaxis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2112
ポリマ－20,0641
非ポリマー1461
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.337, 44.927, 56.939
Angle α, β, γ (deg.)75.320, 79.170, 73.690
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 Methyl-accepting chemotaxis protein


分子量: 20064.357 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: FLM12_13895 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6B3LML0
#2: 化合物 ChemComp-DLY / D-LYSINE / D-リシン


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 146.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.6
詳細: 0.1 M Tris (base) bicine pH 8.2 - 8.8, 17 - 21% v/v PEG 500 MME, 8 - 10% w/v PEG 20000. Before setting up the drops 13 mg ml-1 Vc1313-LBD was mixed with 10 mM D-lysine from a 200 mM stock. ...詳細: 0.1 M Tris (base) bicine pH 8.2 - 8.8, 17 - 21% v/v PEG 500 MME, 8 - 10% w/v PEG 20000. Before setting up the drops 13 mg ml-1 Vc1313-LBD was mixed with 10 mM D-lysine from a 200 mM stock. The protein-ligand mixture was then mixed with reservoir solution in a 3:1 ratio. Before flash freezing the crystal in liquid nitrogen, the PEG concentrations were raised to 23% v/v PEG 500*MME, 12% w/v PEG 20000.
PH範囲: 8.2-8.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→36.5 Å / Num. obs: 26736 / % possible obs: 96.88 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 31.63 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.09516 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.968 Å / Rmerge(I) obs: 0.8823 / Num. unique obs: 2676 / CC1/2: 0.612

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20rc3_4406精密化
REFMAC5精密化
PHENIX1.20rc3_4406位相決定
Cootモデル構築
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Vc1313-LBD with D-arg

解像度: 1.9→36.5 Å / SU ML: 0.2529 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 28.4671
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2328 667 2.5 %
Rwork0.1885 26061 -
obs0.1895 26728 96.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→36.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2543 0 20 133 2696
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00322620
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5323553
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0327408
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0038462
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.6216355
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-2.050.34981320.31255182X-RAY DIFFRACTION96.69
2.05-2.250.30381340.22915236X-RAY DIFFRACTION96.55
2.25-2.580.2461340.18845216X-RAY DIFFRACTION97.5
2.58-3.250.26161340.18165263X-RAY DIFFRACTION97.61
3.25-36.50.18541330.16645164X-RAY DIFFRACTION96.15
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -5.66655293793 Å / Origin y: 5.32114121963 Å / Origin z: -19.3925904294 Å
111213212223313233
T0.216918454954 Å2-0.0120359298487 Å20.0363276521936 Å2-0.240827273762 Å2-0.000763585121022 Å2--0.24033286291 Å2
L0.556967514045 °20.0375337941152 °20.0463504098496 °2-0.65646305871 °2-0.107024394774 °2--0.326990929594 °2
S0.000477822413851 Å °-0.000222976074378 Å °0.0480565122745 Å °-0.0845997515465 Å °-0.00328332916111 Å °0.0116074538595 Å °0.0152721359645 Å °-0.0175304127471 Å °0.00602496626966 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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