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万見
- PDB-8bs9: Structure of USP36 in complex with Ubiquitin-PA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bs9
タイトルStructure of USP36 in complex with Ubiquitin-PA
要素
  • Polyubiquitin-B
  • Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 36
キーワードHYDROLASE / USP / USP36 / Ubiquitin / Fubi / S30 / Fau / probe / DUB / DUBs / Deubiquitinase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of rRNA processing / regulation of autophagy of mitochondrion / nucleolus organization / hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / K48-linked deubiquitinase activity / female meiosis I / positive regulation of protein monoubiquitination / mitochondrion transport along microtubule / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / fat pad development ...regulation of rRNA processing / regulation of autophagy of mitochondrion / nucleolus organization / hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / K48-linked deubiquitinase activity / female meiosis I / positive regulation of protein monoubiquitination / mitochondrion transport along microtubule / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / fat pad development / negative regulation of macroautophagy / female gonad development / seminiferous tubule development / protein deubiquitination / male meiosis I / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / energy homeostasis / regulation of neuron apoptotic process / regulation of proteasomal protein catabolic process / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Negative regulation of FLT3 / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / Regulation of FZD by ubiquitination / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / p75NTR recruits signalling complexes / Downregulation of ERBB4 signaling / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / Pexophagy / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / VLDLR internalisation and degradation / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / NF-kB is activated and signals survival / NRIF signals cell death from the nucleus / Regulation of PTEN localization / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Regulation of BACH1 activity / Translesion synthesis by REV1 / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Translesion synthesis by POLK / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Josephin domain DUBs / neuron projection morphogenesis / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / regulation of mitochondrial membrane potential / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / positive regulation of protein ubiquitination / Asymmetric localization of PCP proteins / TCF dependent signaling in response to WNT / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / Regulation of NF-kappa B signaling / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Assembly of the pre-replicative complex / Vpu mediated degradation of CD4 / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Degradation of DVL / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of signaling by CBL / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Fanconi Anemia Pathway / Hh mutants are degraded by ERAD
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site ...Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
prop-2-en-1-amine / Polyubiquitin-B / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 36
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者O'Dea, R. / Gersch, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck SocietyCGC-III-352S ドイツ
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2023
タイトル: Molecular basis for ubiquitin/Fubi cross-reactivity in USP16 and USP36.
著者: O'Dea, R. / Kazi, N. / Hoffmann-Benito, A. / Zhao, Z. / Recknagel, S. / Wendrich, K. / Janning, P. / Gersch, M.
履歴
登録2022年11月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 36
B: Polyubiquitin-B
C: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 36
D: Polyubiquitin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,52712
ポリマ－95,1054
非ポリマー4228
水12,088671
1
A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 36
B: Polyubiquitin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7646
ポリマ－47,5532
非ポリマー2114
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3670 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area16130 Å2
手法PISA
2
C: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 36
D: Polyubiquitin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7646
ポリマ－47,5532
非ポリマー2114
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area16060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.743, 65.307, 103.411
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.265, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 36 / Deubiquitinating enzyme 36 / Ubiquitin thioesterase 36 / Ubiquitin-specific-processing protease 36


分子量: 39032.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: USP36, KIAA1453 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9P275, ubiquitinyl hydrolase 1
#2: タンパク質 Polyubiquitin-B


分子量: 8519.778 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CG47

-
非ポリマー , 4種, 679分子

#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-AYE / prop-2-en-1-amine / ALLYLAMINE / アリルアミン


分子量: 57.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7N / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 671 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.19 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.3 M potassium formate, 14% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99986 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99986 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→45.24 Å / Num. obs: 152836 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 31.1 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.999 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 15177 / CC1/2: 0.604 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSVERSION Jan 10, 2022 BUILT=20220110データ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.9.6モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→45.24 Å / SU ML: 0.2379 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.0307
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2094 7607 4.98 %
Rwork0.171 145146 -
obs0.173 152753 97.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→45.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6170 0 14 671 6855
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01046326
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00698586
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0644978
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00871107
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.59822261
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.920.32592800.32784852X-RAY DIFFRACTION97.03
1.92-1.940.36662700.31584725X-RAY DIFFRACTION97.79
1.94-1.970.34451980.34849X-RAY DIFFRACTION97.17
1.97-1.990.29372140.29044911X-RAY DIFFRACTION97.75
1.99-2.020.30182670.27344754X-RAY DIFFRACTION97.89
2.02-2.050.29692320.264951X-RAY DIFFRACTION97.68
2.05-2.080.27822390.2434802X-RAY DIFFRACTION98.04
2.08-2.110.30032420.2424877X-RAY DIFFRACTION97.21
2.11-2.140.28022680.23114741X-RAY DIFFRACTION98.23
2.14-2.170.27482700.22344871X-RAY DIFFRACTION97.44
2.17-2.210.25522500.21214744X-RAY DIFFRACTION97.1
2.21-2.250.25022820.20394746X-RAY DIFFRACTION96.9
2.25-2.30.27882780.2024841X-RAY DIFFRACTION97.86
2.3-2.340.23642370.18474891X-RAY DIFFRACTION98.22
2.34-2.390.23742360.18714864X-RAY DIFFRACTION98.95
2.39-2.450.24572480.17774902X-RAY DIFFRACTION98.36
2.45-2.510.22452850.17734844X-RAY DIFFRACTION98.46
2.51-2.580.18472210.17664896X-RAY DIFFRACTION98.94
2.58-2.650.22092680.17724837X-RAY DIFFRACTION98.1
2.65-2.740.21612740.17914799X-RAY DIFFRACTION98.64
2.74-2.840.22733090.16584878X-RAY DIFFRACTION98.82
2.84-2.950.21172780.16134865X-RAY DIFFRACTION98.75
2.95-3.090.21752430.15794804X-RAY DIFFRACTION97.77
3.09-3.250.19642660.15474776X-RAY DIFFRACTION96.68
3.25-3.450.17792410.15214897X-RAY DIFFRACTION98.54
3.45-3.720.16732660.13834835X-RAY DIFFRACTION98.78
3.72-4.090.15342770.13294846X-RAY DIFFRACTION98.46
4.09-4.680.18432210.12124888X-RAY DIFFRACTION98.19
4.68-5.90.19132260.14744847X-RAY DIFFRACTION97.41
5.9-45.240.17542210.17774813X-RAY DIFFRACTION97.03

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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