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- PDB-8bs7: Multimerisation domain of Borna disease virus 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bs7
タイトルMultimerisation domain of Borna disease virus 1
要素Phosphoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / phosphoprotein / bornavirus
機能・相同性Borna disease virus P24 / Borna disease virus P24 protein / exit of virus from host cell nucleus through nuclear pore / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell nucleus / Phosphoprotein
機能・相同性情報
生物種Borna disease virus 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Whitehead, J.D. / Grimes, J.M. / Keown, J.R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust200835/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2023
タイトル: Structural and biophysical characterization of the Borna disease virus 1 phosphoprotein.
著者: Whitehead, J.D. / Grimes, J.M. / Keown, J.R.
履歴
登録2022年11月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoprotein
B: Phosphoprotein
C: Phosphoprotein
D: Phosphoprotein
E: Phosphoprotein
F: Phosphoprotein
G: Phosphoprotein
H: Phosphoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,8318
ポリマ－196,8318
非ポリマー00
水00
1
A: Phosphoprotein
B: Phosphoprotein
C: Phosphoprotein
D: Phosphoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,4164
ポリマ－98,4164
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Phosphoprotein
F: Phosphoprotein
G: Phosphoprotein
H: Phosphoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,4164
ポリマ－98,4164
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.873, 35.154, 153.125
Angle α, β, γ (deg.)89.970, 90.010, 90.540
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 85 through 93 or (resid 94...
d_2ens_1(chain "B" and resid 85 through 152)
d_3ens_1(chain "D" and resid 85 through 152)
d_4ens_1(chain "E" and (resid 85 through 93 or (resid 94...
d_5ens_1(chain "F" and (resid 85 through 93 or (resid 94...
d_6ens_1chain "G"
d_7ens_1(chain "H" and (resid 85 through 93 or (resid 94...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ASNMETA1 - 68
d_21ens_1ASNMETB3 - 70
d_31ens_1ASNMETD3 - 70
d_41ens_1ASNMETE4 - 71
d_51ens_1ASNMETF4 - 71
d_61ens_1ASNMETG1 - 68
d_71ens_1ASNMETH1 - 68

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.00136601902539, -0.999996756202, -0.00214978565884), (0.999996363656, 0.00136101343316, 0.00232815757469), (-0.00232522413545, -0.00215295814902, 0.999994979039)69.502736089, -2.8350934233, 0.141176911832
2given(0.0180804451254, 0.999836370442, 0.000574322445635), (-0.999825912409, 0.0180776021564, 0.00462008395063), (0.00460894559565, -0.000657755637568, 0.99998916243)1.88605342626, 67.7747990604, -0.262481455558
3given(0.00114077568051, 0.999987453235, -0.00487770473417), (0.999985675536, -0.0011152386688, 0.00523497520716), (0.00522946972022, -0.00488360679606, -0.999974401188)-14.1993962028, -20.7274833577, 294.518238409
4given(0.999994359384, 0.000627752897313, 0.00329956463492), (0.000628595113291, -0.99999977012, -0.000254219788046), (0.00329940428921, 0.000256292444295, -0.999994524108)-17.5189313642, 49.1254405551, 294.424285138
5given(0.0310488085397, -0.99951676132, 0.0014883980448), (-0.999500877462, -0.0310569292695, -0.00578472971803), (0.00582815938568, -0.00130804618632, -0.999982160628)50.6072418725, 53.5707095862, 294.325799719
6given(-0.999966968871, -0.0078621919723, -0.00206085017079), (-0.00786140575358, 0.999969022883, -0.000389325623685), (0.00206384728438, -0.00037311158443, -0.999997800659)54.9449791972, -17.3216234939, 294.373481343

-
要素

#1: タンパク質
Phosphoprotein / P protein / p23 / p24


分子量: 24603.912 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Borna disease virus 1 (ウイルス) / 遺伝子: P/X
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P0C799

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M (NH4)2-tartarate and 20% w/v PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→51.04 Å / Num. obs: 11877 / % possible obs: 93.22 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 41.32 Å2 / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 3.2→3.314 Å / Num. unique obs: 905 / CC1/2: 0.895

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
autoPROCデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→51.04 Å / SU ML: 0.499 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 43.6487
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.387 589 5.27 %
Rwork0.3352 10589 -
obs0.3382 11178 93.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→51.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4525 0 0 0 4525
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00254533
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.45536052
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0307731
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0023780
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.0701618
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.95374861074
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.19965532808
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.15203766323
ens_1d_5AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.14617668982
ens_1d_6AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.969841529932
ens_1d_7AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.14815522404
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.520.4491380.35512302X-RAY DIFFRACTION80.55
3.52-4.030.3811120.3392728X-RAY DIFFRACTION96.73
4.03-5.080.35381610.30592829X-RAY DIFFRACTION98.61
5.08-51.040.39451780.35272730X-RAY DIFFRACTION97.45
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.58577545023-0.232367098152-0.3307980052312.412984675661.384865502862.01737200492-0.452681647028-0.5513294858620.2172712054940.514138689721-0.00788748397905-0.160880818030.3976922572010.4729211796440.1771965943390.2127547920430.01627000751750.09877086318270.2890338886890.01328236864320.22092461102522.702901342321.5579278809181.213339395
20.3086848391230.3395388911990.1086120353310.387752427473-0.1717436829230.643333084185-0.323893474344-0.2242167490570.1233872548430.2054110709490.03773662192160.2170992059240.01337272208840.1565667912640.04487153069170.349510534241-0.00272461512931-0.04095354417070.401374007912-0.054907097387-0.29526336745341.757809696837.042044171168.988216306
30.770326128487-0.332032951630.1698251763260.8722433143620.3849363897881.09673230088-0.218937860969-0.2875409881830.2697229587630.3234518220880.2207832266310.0697927012795-0.164581148205-0.1017242093820.1640598910780.2757231322220.2778613417820.110778330168-0.187537094539-0.01404561473310.16998664483732.056329085539.40029981115.592363225
40.5839867541140.1853403031220.0181411611520.5990968957140.2970415970070.244869517906-0.0935872995366-0.218598641840.2343627473180.273276332466-0.1469007911740.170401207364-0.13098965520.0910555963182-0.3061934114690.1919868370420.094778641796-0.5465456604840.337182344510.335173095714-0.61700610816132.206483407639.4207938844170.097185327
51.089457124550.2307812100380.8039419839031.63061353780.2962781978631.72829862309-0.0822263417422-0.0676979474224-0.0192654075039-0.0314051067483-0.37863618660.1341606418020.1855721547060.2094014449920.1742576715030.4261131847270.184269248212-0.07948088110610.1062760864590.154717476179-0.069073512126230.329497994928.8478193583110.815775841
60.5585300091340.05562728277040.6238511912250.4602686828710.4219388961711.224305098020.240363442263-0.367772146015-0.4869788100230.294556636846-0.1769837203290.235910956330.312669594215-0.5696949684670.1123621090740.178896054785-0.295529652112-0.3086065754850.179906461272-0.204089226671-0.012384343083729.818097643429.7958171261171.142825913
71.577328995180.8219909470820.3621594188861.024026178880.6173561980472.99498398662-0.3523046292070.286785599712-0.349064194487-0.1586434550580.200559914742-0.196688620325-0.2754202540440.5419303542250.1274469996890.3866149730650.015789522372-0.1224605321850.08571164946320.1425929371970.1038714849940.727774009428.2505813477108.275871701
80.994833911679-0.0966769830155-0.4314859236180.868024470914-0.09100112231342.91795567123-0.0209953794559-0.412620451314-0.1519230177930.229505447743-0.450259035591-0.409165905480.335828774151-0.2472347236330.1372954341320.292521567143-0.156532850402-0.1120206247310.292131415674-0.0355632244209-0.017194923222839.650799889327.3501600892169.914313537
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'H' and (resid 126 through 155 )HH126 - 15542 - 71
22chain 'A' and (resid 85 through 125 )AA85 - 1251 - 41
33chain 'A' and (resid 126 through 152 )AA126 - 15242 - 68
44chain 'B' and (resid 83 through 125 )BB83 - 1251 - 43
55chain 'B' and (resid 126 through 158 )BB126 - 15844 - 76
66chain 'C' and (resid 82 through 125 )CC82 - 1251 - 44
77chain 'C' and (resid 126 through 162 )CC126 - 16245 - 81
88chain 'D' and (resid 83 through 125 )DD83 - 1251 - 43
99chain 'D' and (resid 126 through 162 )DD126 - 16244 - 80
1010chain 'E' and (resid 82 through 125 )EE82 - 1251 - 44
1111chain 'E' and (resid 126 through 152 )EE126 - 15245 - 71
1212chain 'F' and (resid 82 through 125 )FF82 - 1251 - 44
1313chain 'F' and (resid 126 through 155 )FF126 - 15545 - 74
1414chain 'G' and (resid 85 through 125 )GG85 - 1251 - 41
1515chain 'G' and (resid 126 through 152 )GG126 - 15242 - 68
1616chain 'H' and (resid 85 through 125 )HH85 - 1251 - 41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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