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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bs4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of YTHDF1 YTH domain dimer | ||||||
要素 | YTH domain-containing family protein 1 | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN / YTHDF1 / Dimer / YTH / m6A | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of antigen processing and presentation / regulation of axon guidance / organelle assembly / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / regulation of long-term synaptic potentiation / immune system process / mRNA destabilization / positive regulation of translational initiation / stress granule assembly / regulation of mRNA stability ...regulation of antigen processing and presentation / regulation of axon guidance / organelle assembly / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / regulation of long-term synaptic potentiation / immune system process / mRNA destabilization / positive regulation of translational initiation / stress granule assembly / regulation of mRNA stability / learning / positive regulation of translation / P-body / memory / cytoplasmic stress granule / ribosome binding / mRNA binding / RNA binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Bedi, R.K. / Caflisch, A. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of YTHDF1 YTH domain dimer 著者: Bedi, R.K. / Caflisch, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8bs4.cif.gz | 114.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8bs4.ent.gz | 70.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8bs4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8bs4_validation.pdf.gz | 463.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8bs4_full_validation.pdf.gz | 464.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8bs4_validation.xml.gz | 17.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8bs4_validation.cif.gz | 24.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/8bs4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/8bs4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25007.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YTHDF1, C20orf21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BYJ9 #2: 化合物 | ChemComp-ACT / | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.83 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.8 M ammonium citrate, 100 mM sodium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→45.926 Å / Num. obs: 31056 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 16.13 % / Biso Wilson estimate: 49.85 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 27.77 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.23 Å / Num. unique obs: 4849 / CC1/2: 0.672 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→44.83 Å / SU ML: 0.2905 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.0303 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 55.42 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→44.83 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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