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- PDB-8bs3: Structure of USP36 in complex with Fubi-PA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bs3
タイトルStructure of USP36 in complex with Fubi-PA
要素
  • 40S ribosomal protein S30
  • Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 36
キーワードHYDROLASE / USP / USP36 / Ubiquitin / Fubi / S30 / Fau / probe
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H2B deubiquitinase activity / regulation of rRNA processing / regulation of mitophagy / nucleolus organization / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / K48-linked deubiquitinase activity / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / Ribosomal scanning and start codon recognition / negative regulation of macroautophagy ...histone H2B deubiquitinase activity / regulation of rRNA processing / regulation of mitophagy / nucleolus organization / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / K48-linked deubiquitinase activity / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / Ribosomal scanning and start codon recognition / negative regulation of macroautophagy / Translation initiation complex formation / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Viral mRNA Translation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / protein deubiquitination / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / cytosolic ribosome / innate immune response in mucosa / regulation of protein stability / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / chromatin organization / small ribosomal subunit / transferase activity / cytosolic small ribosomal subunit / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / cytoplasmic translation / regulation of apoptotic process / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / protein stabilization / defense response to Gram-positive bacterium / structural constituent of ribosome / nuclear speck / translation / nucleolus / proteolysis / RNA binding / extracellular space / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / Ubiquitin-like protein FUBI / Ribosomal protein S30 ...: / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / Ubiquitin-like protein FUBI / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
prop-2-en-1-amine / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 36
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者O'Dea, R. / Gersch, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck SocietyCGC-III-352S ドイツ
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2023
タイトル: Molecular basis for ubiquitin/Fubi cross-reactivity in USP16 and USP36.
著者: O'Dea, R. / Kazi, N. / Hoffmann-Benito, A. / Zhao, Z. / Recknagel, S. / Wendrich, K. / Janning, P. / Gersch, M.
履歴
登録2022年11月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 36
B: 40S ribosomal protein S30
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6775
ポリマ－50,4892
非ポリマー1883
水4,846269
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3220 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area16820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.626, 75.892, 96.409
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 36 / Deubiquitinating enzyme 36 / Ubiquitin thioesterase 36 / Ubiquitin-specific-processing protease 36


分子量: 42781.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: USP36, KIAA1453 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9P275, ubiquitinyl hydrolase 1
#2: タンパク質 40S ribosomal protein S30 / Small ribosomal subunit protein eS30


分子量: 7707.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAU / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62861
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-AYE / prop-2-en-1-amine / ALLYLAMINE / アリルアミン


分子量: 57.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7N / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.64 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M MMT buffer pH 7.0, 25% (w/v) PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.91883 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91883 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→59.63 Å / Num. obs: 45243 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 24.1 Å2 / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.177 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / Rmerge(I) obs: 0.759 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4527 / CC1/2: 0.505 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia23.6.1データ削減
PHENIX1.19.2_4158精密化
DIALS3.6.2データ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.9.6モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→59.63 Å / SU ML: 0.2221 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.9068
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2272 2256 4.99 %
Rwork0.1956 42974 -
obs0.1972 45230 98.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→59.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3067 0 6 269 3342
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00213143
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.50294263
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0388485
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0029549
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.48811127
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.250.30181470.27722695X-RAY DIFFRACTION98.78
2.25-2.30.29791800.26462652X-RAY DIFFRACTION98.68
2.3-2.360.30521200.27022721X-RAY DIFFRACTION98.75
2.36-2.420.31041260.25162669X-RAY DIFFRACTION99.18
2.42-2.490.28821270.23942678X-RAY DIFFRACTION98.66
2.49-2.570.30011720.24592659X-RAY DIFFRACTION98.4
2.57-2.670.28811160.23982715X-RAY DIFFRACTION98.64
2.67-2.770.27081550.23372673X-RAY DIFFRACTION98.43
2.77-2.90.24171610.21232686X-RAY DIFFRACTION98.96
2.9-3.050.21691380.19072676X-RAY DIFFRACTION99.22
3.05-3.240.20111370.18232668X-RAY DIFFRACTION98.84
3.24-3.490.21891110.16382725X-RAY DIFFRACTION98.71
3.49-3.840.19491560.15452672X-RAY DIFFRACTION98.43
3.84-4.40.1411330.1412672X-RAY DIFFRACTION98.49
4.4-5.540.19911340.16392727X-RAY DIFFRACTION99.41
5.54-59.630.22171430.21092686X-RAY DIFFRACTION99.02
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.99052371927-0.512427422650.5370622699640.794904639956-0.1877483839661.24173687032-0.0250213313529-0.0768336928278-0.185317018827-0.03278310037780.0368424497720.06680842761380.141079007219-0.0943279535297-0.04117200364640.158197423277-0.0009913111339980.01109674747990.161328247673-0.01429097896490.16535510863-9.5473835784356.65698524328.76050783788
20.5678692166860.0922238514484-0.08038299639752.528066239950.04159884278030.934914816797-0.00495146343011-0.04691658122220.200669664914-0.165856539761-0.0645455949070.0817766566604-0.23712879583-0.06559035357990.06414968712150.2154267034020.0306591465162-0.006064388085520.236127572492-0.03492258397950.246307105738-14.882038956684.20985243492.53753975894
32.07621699544-0.818122315020.2565680877962.21718791538-0.5962770934721.464541622680.0129443770371-0.2821637596020.08006188389540.215474670120.05494248931230.0188535958709-0.2201528261790.0548349368774-0.06200654095390.2114808802470.008820742895330.002853485920220.261438499607-0.08162931084330.120215898568-8.7189856756571.552030676520.2201906646
46.202351403430.694516642205-1.615519402136.876989119120.6386067112791.312986403170.03555808157160.237551384280.349672790562-0.161212975831-0.0802957974854-0.677216656912-0.0926133523137-0.01505308150860.08542382959810.233250624861-0.0107930042853-0.01810774414950.1890303269040.05409939032420.247738230323-0.29666794217182.3795217268-3.50389878075
56.535316004684.23185494211-3.114498819554.92857689265-4.91511842865.5728121494-0.3622763649930.113615413439-0.527726722504-0.8770837585380.0113508449451-0.5045421063010.690029507956-0.1393598737230.3360589710160.4135429693730.01797405739580.04077157664470.170062340379-0.01291477255990.251044603388-3.1818349665971.1882720272-5.57956865654
62.8675907328-2.692264477510.6244030531864.29360095203-1.570643743630.665552832679-0.377960196938-0.1622299025030.290064435911-0.006721939818270.226164795925-0.062559852429-0.252774845959-0.1026255098310.0918508018180.190359752467-0.0281325414755-0.02603199496310.192195591270.006601019937480.229648380204-4.9839920133576.8759814216-1.38636823417
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 101 through 225 )AA101 - 2251 - 125
22chain 'A' and (resid 226 through 319 )AA226 - 319126 - 219
33chain 'A' and (resid 320 through 424 )AA320 - 424220 - 324
44chain 'B' and (resid 1 through 43 )BD1 - 431 - 43
55chain 'B' and (resid 44 through 53 )BD44 - 5344 - 53
66chain 'B' and (resid 54 through 73 )BD54 - 7354 - 73

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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