PDB-8bro: Structure of the N-terminal domain of BC2L-C lectin (1-131) in co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bro

タイトル

Structure of the N-terminal domain of BC2L-C lectin (1-131) in complex with a synthetic beta-fucosylamide

要素

Lectin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Lectin / fucosylamides / antiadhesive drug

機能・相同性

Lectin Bc2l-C, N-terminal / : / Bc2l-C, N-terminal domain / Calcium-mediated lectin / Calcium-mediated lectin superfamily / Fucose-binding lectin II (PA-IIL) / identical protein binding / Chem-R7E / Lectin

機能・相同性情報

生物種

Burkholderia cenocepacia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Varrot, A. / Lunstrom, J.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Molecules / 年: 2023
タイトル: Identification of New L-Fucosyl and L-Galactosyl Amides as Glycomimetic Ligands of TNF Lectin Domain of BC2L-C from Burkholderia cenocepacia.
著者: Mazzotta, S. / Antonini, G. / Vasile, F. / Gillon, E. / Lundstrom, J. / Varrot, A. / Belvisi, L. / Bernardi, A.

履歴

登録	2022年11月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bro.cif.gz	45.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bro.ent.gz	28.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bro.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8bro_validation.pdf.gz	682.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bro_full_validation.pdf.gz	682.2 KB	表示
XML形式データ	8bro_validation.xml.gz	8.6 KB	表示
CIF形式データ	8bro_validation.cif.gz	11.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/8bro ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/8bro	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lectin

ヘテロ分子

14.4 kDa, 1 ポリマー
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1

A: Lectin

ヘテロ分子

A: Lectin

ヘテロ分子

A: Lectin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
43.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.008, 43.008, 94.217
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-303- HOH
2	1	A-325- HOH
3	1	A-388- HOH
4	1	A-415- HOH
5	1	A-420- HOH
6	1	A-421- HOH

#1: タンパク質	Lectin 分子量: 14010.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア) 株: ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610 遺伝子: BCAM0185 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B4EH86
#2: 化合物	ChemComp-R7E / 5-[3-(aminomethyl)phenyl]-~{N}-[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{S},6~{S})-6-methyl-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]furan-2-carboxamide / (5-(3'-aminomethyl)phenyl)furan-2-carboxamido-b-L-fucopyranose 分子量: 362.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₂N₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.74 % / 解説: cube
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 1.2M Tri sodium citrate ph 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→37.25 Å / Num. obs: 14192 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.6 % / CC_1/2: 0.0998 / R_merge(I) obs: 0.064 / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 17.8
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.447 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 716 / CC_1/2: 0.888 / R_pim(I) all: 0.297 / R_rim(I) all: 0.54 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.7.9	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→37.246 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / WR_factor R_free: 0.163 / WR_factor R_work: 0.139 / SU B: 1.289 / SU ML: 0.046 / Average fsc free: 0.9785 / Average fsc work: 0.9838 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.078 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1687	734	5.172 %
R_work	0.1424	13457	-
all	0.144	-	-
obs	-	14191	98.94 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.393 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.147 Å²	0.074 Å²	-0 Å²
2-	-	0.147 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.477 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→37.246 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	955	0	26	122	1103

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	1047
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.016	955
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.821	1.639	1440
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.644	1.553	2219
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.574	5	138
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.09	5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.328	10	146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.438	10	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	172
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.088	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	1190
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	207
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	135
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	847
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	510
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.091	0.2	558
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.193	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.178	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.516	1.046	546
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.52	1.045	546
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.275	1.563	686
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.286	1.57	687
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.667	1.175	501
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.665	1.175	502
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.697	1.7	754
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.694	1.7	755
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.616	18.635	1140
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.254	15.55	1103

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.55-1.59	0.359	64	0.296	1006	0.299	1073	0.938	0.951	99.7204	0.247
1.59-1.634	0.284	67	0.219	940	0.223	1009	0.968	0.972	99.8018	0.188
1.634-1.681	0.21	65	0.202	941	0.202	1008	0.977	0.973	99.8016	0.173
1.681-1.733	0.191	45	0.146	932	0.148	979	0.979	0.986	99.7957	0.129
1.733-1.79	0.14	35	0.13	892	0.131	931	0.987	0.989	99.5704	0.119
1.79-1.852	0.141	44	0.131	870	0.132	919	0.986	0.989	99.4559	0.123
1.852-1.922	0.136	40	0.125	825	0.126	872	0.986	0.99	99.1973	0.119
1.922-2	0.137	40	0.124	802	0.125	844	0.989	0.991	99.763	0.121
2-2.089	0.132	42	0.12	767	0.121	812	0.988	0.991	99.6305	0.119
2.089-2.191	0.124	28	0.126	742	0.126	777	0.991	0.991	99.0991	0.125
2.191-2.309	0.177	52	0.129	683	0.132	742	0.979	0.99	99.0566	0.131
2.309-2.448	0.181	36	0.142	658	0.144	701	0.984	0.988	99.0014	0.143
2.448-2.616	0.192	27	0.144	609	0.146	648	0.977	0.988	98.1481	0.145
2.616-2.825	0.165	32	0.132	575	0.133	621	0.981	0.989	97.7456	0.136
2.825-3.093	0.153	16	0.138	549	0.138	574	0.983	0.987	98.4321	0.144
3.093-3.455	0.128	32	0.129	465	0.129	510	0.99	0.989	97.451	0.139
3.455-3.983	0.138	33	0.128	414	0.129	459	0.989	0.989	97.3856	0.144
3.983-4.865	0.191	16	0.124	349	0.126	384	0.985	0.991	95.0521	0.135
4.865-6.822	0.235	14	0.15	275	0.153	299	0.983	0.988	96.6555	0.163
6.822-37.246	0.113	6	0.166	163	0.164	180	0.983	0.98	93.8889	0.181

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