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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bro | ||||||
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タイトル | Structure of the N-terminal domain of BC2L-C lectin (1-131) in complex with a synthetic beta-fucosylamide | ||||||
要素 | Lectinレクチン | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / Lectin (レクチン) / fucosylamides / antiadhesive drug | ||||||
機能・相同性 | Lectin Bc2l-C, N-terminal / : / Bc2l-C, N-terminal domain / Calcium-mediated lectin / Calcium-mediated lectin superfamily / Fucose-binding lectin II (PA-IIL) / identical protein binding / Chem-R7E / レクチン 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Burkholderia cenocepacia (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Varrot, A. / Lunstrom, J. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: Molecules / 年: 2023 タイトル: Identification of New L-Fucosyl and L-Galactosyl Amides as Glycomimetic Ligands of TNF Lectin Domain of BC2L-C from Burkholderia cenocepacia. 著者: Mazzotta, S. / Antonini, G. / Vasile, F. / Gillon, E. / Lundstrom, J. / Varrot, A. / Belvisi, L. / Bernardi, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8bro.cif.gz | 41.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8bro.ent.gz | 28.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8bro.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/8bro ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/8bro | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14010.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア) 株: ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610 遺伝子: BCAM0185 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B4EH86 |
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#2: 化合物 | ChemComp-R7E / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.74 % / 解説: cube |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 1.2M Tri sodium citrate ph 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→37.25 Å / Num. obs: 14192 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.0998 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 17.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.447 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 716 / CC1/2: 0.888 / Rpim(I) all: 0.297 / Rrim(I) all: 0.54 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→37.246 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / WRfactor Rfree: 0.163 / WRfactor Rwork: 0.139 / SU B: 1.289 / SU ML: 0.046 / Average fsc free: 0.9785 / Average fsc work: 0.9838 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.078 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 10.393 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→37.246 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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