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- PDB-8brm: Giardia ribosome in POST-T state, no E-site tRNA (A6) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8brm
タイトルGiardia ribosome in POST-T state, no E-site tRNA (A6)
要素
  • (Ribosomal protein ...) x 70
  • 5.8S rRNA
  • 5S rRNA
  • Large Subunit rRNA
  • Small Subunit rRNA
  • Ubiquitin/Ribosomal protein L40e
キーワードRIBOSOME / Translation / Giardia / Eukaryote / Eukaryotic / Macromolecule / tRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / positive regulation of apoptotic signaling pathway ...endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / positive regulation of apoptotic signaling pathway / modification-dependent protein catabolic process / rRNA processing / protein tag activity / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L40e, archaeal / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S2, eukaryotic ...Ribosomal protein L40e, archaeal / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein S6, eukaryotic / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein L35Ae signature. / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein L30/YlxQ
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Ribosomal protein L39 / Ribosomal protein S27 / 40S ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S19e / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein uS2 ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Ribosomal protein L39 / Ribosomal protein S27 / 40S ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S19e / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Ribosomal protein L10a / Ribosomal protein L29 / Large ribosomal subunit protein eL22 / Ribosomal protein L27 / 40S ribosomal protein S8 / Ribosomal protein L21 / Ribosomal L38e / 40S ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S28 / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal protein S24 / Ribosomal protein L30 / 40S ribosomal protein S6 / 60S ribosomal protein L13 / Ribosomal protein S29A / Ribosomal protein L4 / Ribosomal protein L24 / 40S ribosomal protein S25 / 40S ribosomal protein S3 / Ribosomal protein L15 / Ribosomal protein S15 / Ribosomal protein S13 / Ribosomal protein L17 / 40S ribosomal protein S4 / Ribosomal protein L26 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L11 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein L35a / Ribosomal protein S9 / 60S ribosomal protein L7a / Ribosomal protein L37 / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L32 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Ribosomal protein L31B / Ribosomal protein L23A / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein L37a / Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L44 / 40S ribosomal protein S26 / Ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S10B / Ribosomal protein L7 / Ribosomal protein L3 / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein S23 / 60S ribosomal protein L18a / 40S ribosomal protein S7 / Ribosomal protein L13a / Ribosomal protein S11 / 50S ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L36-1 / 60S ribosomal protein L29 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein L27a / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein L2 / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein S15A / Ribosomal protein S14 / 60S ribosomal protein L41
類似検索 - 構成要素
生物種Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.33 Å
データ登録者Majumdar, S. / Emmerich, A.G. / Sanyal, S.
資金援助 スウェーデン, 米国, 7件
組織認可番号国
Swedish Research Council2016-06264 スウェーデン
Swedish Research Council2018-05946 スウェーデン
Swedish Research Council2018-05498 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg FoundationKAW 2017.0055 スウェーデン
Carl Trygger FoundationCTS 18:338 スウェーデン
Carl Trygger FoundationCTS 19:806 スウェーデン
Wenner-Gren FoundationUPD2017:0238 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023
タイトル: Insights into translocation mechanism and ribosome evolution from cryo-EM structures of translocation intermediates of Giardia intestinalis.
著者: Soneya Majumdar / Andrew Emmerich / Sascha Krakovka / Chandra Sekhar Mandava / Staffan G Svärd / Suparna Sanyal /
要旨: Giardia intestinalis is a protozoan parasite that causes diarrhea in humans. Using single-particle cryo-electron microscopy, we have determined high-resolution structures of six naturally populated ...Giardia intestinalis is a protozoan parasite that causes diarrhea in humans. Using single-particle cryo-electron microscopy, we have determined high-resolution structures of six naturally populated translocation intermediates, from ribosomes isolated directly from actively growing Giardia cells. The highly compact and uniquely GC-rich Giardia ribosomes possess eukaryotic rRNAs and ribosomal proteins, but retain some bacterial features. The translocation intermediates, with naturally bound tRNAs and eukaryotic elongation factor 2 (eEF2), display characteristic ribosomal intersubunit rotation and small subunit's head swiveling-universal for translocation. In addition, we observe the eukaryote-specific 'subunit rolling' dynamics, albeit with limited features. Finally, the eEF2·GDP state features a uniquely positioned 'leaving phosphate (Pi)' that proposes hitherto unknown molecular events of Pi and eEF2 release from the ribosome at the final stage of translocation. In summary, our study elucidates the mechanism of translocation in the protists and illustrates evolution of the translation machinery from bacteria to eukaryotes from both the structural and mechanistic perspectives.
履歴
登録2022年11月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年5月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
LA: Ribosomal protein L2
LB: Ribosomal protein L3
LC: Ribosomal protein L4
LD: 5.8S rRNA
LE: 5S rRNA
LF: Ribosomal protein L5
LG: Ribosomal protein L39
LH: Ribosomal protein L7
LI: Ribosomal protein L7a
LJ: Ribosomal protein L6
LK: Ribosomal protein L10
LL: Ribosomal protein L11
LM: Ribosomal protein L13
LN: Ribosomal protein L14
LO: Ribosomal protein L15
LP: Ribosomal protein L13a
LQ: Ribosomal protein L17
LR: Ribosomal protein L18
LS: Ribosomal protein L19
LT: Ribosomal protein L18a
LU: Ribosomal protein L21
LV: Ribosomal protein L22e
LW: Ribosomal protein L23
LX: Ribosomal protein L24
LY: Ribosomal protein L23A
LZ: Ribosomal protein L26
La: Ribosomal protein L27
Lb: Ribosomal protein L27a
Lc: Ribosomal protein L29
Ld: Ribosomal protein L30
Le: Ribosomal protein L31B
Lf: Ribosomal protein L32
Lg: Ribosomal protein L35a
Lh: Ribosomal protein L34
Li: Ribosomal protein L29
Lj: Ribosomal protein L36-1
Lk: Ribosomal protein L37
Ll: Ribosomal protein L38e
Ln: Ribosomal protein L10a
Lo: Ribosomal protein L41
Lp: Ribosomal protein L44
Lq: Ribosomal protein L37a
Ls: Ubiquitin/Ribosomal protein L40e
Lt: Large Subunit rRNA
SA: Ribosomal protein SA
SB: Ribosomal protein S2
SC: Ribosomal protein S3
SD: Ribosomal protein S3a
SE: Ribosomal protein S4
SF: Ribosomal protein S5
SG: Ribosomal protein S6
SH: Ribosomal protein S7
SI: Ribosomal protein S8
SJ: Ribosomal protein S15A
SK: Ribosomal protein S9
SL: Ribosomal protein S10B
SM: Ribosomal protein S11
SO: Ribosomal protein S23
SP: Ribosomal protein S13
SQ: Ribosomal protein S14
SR: Ribosomal protein S15
ST: Ribosomal protein S16
SU: Ribosomal protein S17
SV: Ribosomal protein S18
SW: Ribosomal protein S19e
SX: Ribosomal protein S20
SY: Ribosomal protein S21
Sb: Ribosomal protein S24
Sc: Ribosomal protein S25
Sd: Ribosomal protein S26
Se: Ribosomal protein S27
Sg: Ribosomal protein S28
Sh: Ribosomal protein S29A
Sj: Ribosomal protein S30
St: Small Subunit rRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,707,39775
ポリマ－2,707,39775
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
Ribosomal protein ... , 70種, 70分子 LALBLCLFLGLHLILJLKLLLMLNLOLPLQLRLSLTLULVLWLXLYLZLaLbLcLdLeLf...

#1: タンパク質 Ribosomal protein L2 / Ribosomal protein L8


分子量: 27090.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: E2RTN4
#2: タンパク質 Ribosomal protein L3


分子量: 42715.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8BRZ3
#3: タンパク質 Ribosomal protein L4


分子量: 35048.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8B7H8
#6: タンパク質 Ribosomal protein L5


分子量: 33961.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: E2RU47
#7: タンパク質 Ribosomal protein L39


分子量: 6353.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A0A644EZB9
#8: タンパク質 Ribosomal protein L7


分子量: 27103.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8BRY6
#9: タンパク質 Ribosomal protein L7a


分子量: 25427.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8BLL7
#10: タンパク質 Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L9


分子量: 20889.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8BNT5
#11: タンパク質 Ribosomal protein L10


分子量: 24283.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8BM86
#12: タンパク質 Ribosomal protein L11


分子量: 19767.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8BI95
#13: タンパク質 Ribosomal protein L13


分子量: 26640.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8B6M8
#14: タンパク質 Ribosomal protein L14


分子量: 14785.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8B4F8
#15: タンパク質 Ribosomal protein L15


分子量: 24353.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8B8Z6
#16: タンパク質 Ribosomal protein L13a


分子量: 22921.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8BU75
#17: タンパク質 Ribosomal protein L17


分子量: 18722.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8BE76
#18: タンパク質 Ribosomal protein L18


分子量: 20207.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8B4T7
#19: タンパク質 Ribosomal protein L19


分子量: 23199.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8BH61
#20: タンパク質 Ribosomal protein L18a


分子量: 20624.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8BT04
#21: タンパク質 Ribosomal protein L21


分子量: 18296.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8B2Q4
#22: タンパク質 Ribosomal protein L22e


分子量: 14427.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A0A644FC41
#23: タンパク質 Ribosomal protein L23


分子量: 15450.040 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8BS37
#24: タンパク質 Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L24e


分子量: 22751.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8B7P2
#25: タンパク質 Ribosomal protein L23A


分子量: 16053.919 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8BMP6
#26: タンパク質 Ribosomal protein L26


分子量: 15621.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8BFT3
#27: タンパク質 Ribosomal protein L27


分子量: 15374.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8B1T3
#28: タンパク質 Ribosomal protein L27a


分子量: 17166.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8BZ78
#29: タンパク質 Ribosomal protein L29


分子量: 7363.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8BYY2
#30: タンパク質 Ribosomal protein L30


分子量: 11698.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8B5N7
#31: タンパク質 Ribosomal protein L31B / Ribosomal protein L31e


分子量: 12184.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8BMP3
#32: タンパク質 Ribosomal protein L32


分子量: 15985.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8BMD9
#33: タンパク質 Ribosomal protein L35a


分子量: 13913.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8BKK5
#34: タンパク質 Ribosomal protein L34


分子量: 13528.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8BMF7
#35: タンパク質 Ribosomal protein L29


分子量: 14292.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A0A644FBK5
#36: タンパク質 Ribosomal protein L36-1 / Ribosomal protein L36e


分子量: 10586.708 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8BYA6
#37: タンパク質 Ribosomal protein L37


分子量: 10329.022 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8BLV7
#38: タンパク質 Ribosomal protein L38e


分子量: 8605.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8B481
#39: タンパク質 Ribosomal protein L10a


分子量: 24630.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A0A644FB74
#40: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein L41


分子量: 3283.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: V6TX21
#41: タンパク質 Ribosomal protein L44


分子量: 12311.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8BQU8
#42: タンパク質 Ribosomal protein L37a


分子量: 10508.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8BN26
#45: タンパク質 Ribosomal protein SA


分子量: 28101.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A0A644FB17
#46: タンパク質 Ribosomal protein S2


分子量: 26765.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8BMZ1
#47: タンパク質 Ribosomal protein S3


分子量: 24779.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8B8Z2
#48: タンパク質 Ribosomal protein S3a


分子量: 28413.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A0A644F9A2
#49: タンパク質 Ribosomal protein S4


分子量: 30464.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8BFE3
#50: タンパク質 Ribosomal protein S5


分子量: 21058.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8BZD3
#51: タンパク質 Ribosomal protein S6


分子量: 28084.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8B6L8
#52: タンパク質 Ribosomal protein S7


分子量: 21786.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8BT38
#53: タンパク質 Ribosomal protein S8


分子量: 19451.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8B252
#54: タンパク質 Ribosomal protein S15A


分子量: 14770.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: E2RU77
#55: タンパク質 Ribosomal protein S9


分子量: 21699.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8BKS8
#56: タンパク質 Ribosomal protein S10B


分子量: 15406.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8BRX3
#57: タンパク質 Ribosomal protein S11


分子量: 18104.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8BVU0
#58: タンパク質 Ribosomal protein S23


分子量: 15897.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8BS96
#59: タンパク質 Ribosomal protein S13


分子量: 17627.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8BE02
#60: タンパク質 Ribosomal protein S14


分子量: 15755.995 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: E2RU83
#61: タンパク質 Ribosomal protein S15


分子量: 16728.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8BBP3
#62: タンパク質 Ribosomal protein S16


分子量: 17634.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8BKC6
#63: タンパク質 Ribosomal protein S17


分子量: 15787.378 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8BRG5
#64: タンパク質 Ribosomal protein S18


分子量: 17510.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8BZ58
#65: タンパク質 Ribosomal protein S19e


分子量: 15463.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A0A644F964
#66: タンパク質 Ribosomal protein S20


分子量: 14073.192 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8B4G0
#67: タンパク質 Ribosomal protein S21


分子量: 9686.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8B484
#68: タンパク質 Ribosomal protein S24


分子量: 14872.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8B593
#69: タンパク質 Ribosomal protein S25


分子量: 10121.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8B8H7
#70: タンパク質 Ribosomal protein S26


分子量: 12791.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8BQZ7
#71: タンパク質 Ribosomal protein S27


分子量: 9144.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A0A644F5K9
#72: タンパク質 Ribosomal protein S28


分子量: 7358.642 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8B4F3
#73: タンパク質 Ribosomal protein S29A


分子量: 6142.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8B7H6
#74: タンパク質 Ribosomal protein S30


分子量: 7932.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A0A644F843

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RNA鎖 , 4種, 4分子 LDLELtSt

#4: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 46196.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
#5: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38993.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
#44: RNA鎖 Large Subunit rRNA


分子量: 874762.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
#75: RNA鎖 Small Subunit rRNA


分子量: 471227.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)

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タンパク質 , 1種, 1分子 Ls

#43: タンパク質 Ubiquitin/Ribosomal protein L40e / Ubiquitin/ribosomal protein CEP52


分子量: 14343.675 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: A8BXE1

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Giardia ribosome in POST-T state, no E-site tRNA (A6)
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 1900 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm
撮影電子線照射量: 30 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 383193
3次元再構成解像度: 3.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 17963 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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