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- PDB-8brg: Crystal structure of She4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8brg
タイトルCrystal structure of She4
要素KLLA0E16699p
キーワードCHAPERONE / UNC-45 / UCS / myosin
機能・相同性UNC-45/Cro1/She4, central domain / Myosin-binding striated muscle assembly central / chaperone-mediated protein folding / Hsp90 protein binding / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / cytoplasm / KLLA0E16699p
機能・相同性情報
生物種Kluyveromyces lactis (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Gudino, R. / Arnese, R. / Meinhart, A. / Clausen, T.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science Fund オーストリア
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2022
タイトル: UNC-45 assisted myosin folding depends on a conserved FX3HY motif implicated in Freeman Sheldon Syndrome
著者: Vogel, A. / Arnese, R. / Gudino, R. / Sehr, D. / Bylicki, A. / Meinhart, A. / Clausen, T.
履歴
登録2022年11月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KLLA0E16699p


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,8571
ポリマ－75,8571
非ポリマー00
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area30000 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)129.510, 129.510, 77.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 KLLA0E16699p


分子量: 75856.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: She4 / 由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (酵母) / 遺伝子: KLLA0_E16699g / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6CMY7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.07 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M MOPS/Hepes pH 7.5, 10% PEG 8000,20% Ethylene glycol, 0.03 mM CaCl2 and 0.03 mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.976261 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976261 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→19.83 Å / Num. obs: 29424 / % possible obs: 99.74 % / 冗長度: 19.7 % / Biso Wilson estimate: 58.65 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 19.71
反射 シェル解像度: 2.4→2.486 Å / Num. unique obs: 2908 / CC1/2: 0.589 / % possible all: 99.97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MZU

5mzu


解像度: 2.4→19.83 Å / SU ML: 0.3009 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.4881
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2555 1494 5.08 %
Rwork0.2064 27929 -
obs0.2089 29423 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 81.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5020 0 0 38 5058
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00855093
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02116899
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0507832
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0078875
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7411913
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.480.30811210.30192533X-RAY DIFFRACTION99.96
2.48-2.570.34781360.28232493X-RAY DIFFRACTION99.92
2.57-2.670.34631280.27292525X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.790.3061360.23952517X-RAY DIFFRACTION99.96
2.79-2.940.29821420.25042513X-RAY DIFFRACTION99.92
2.94-3.120.29611390.23752508X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.360.28681480.23482534X-RAY DIFFRACTION99.93
3.36-3.690.28491450.22632526X-RAY DIFFRACTION100
3.7-4.220.22711290.18922542X-RAY DIFFRACTION100
4.23-5.30.21311350.18222579X-RAY DIFFRACTION99.96
5.31-19.830.22421350.17242659X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.73885352603-0.109943135389-0.5786218259142.65385010210.4064099124351.658135197980.1803576199250.357945915591-0.347591955909-0.3473033353920.00101398687471-0.4754191670990.152197590123-0.000573284406331-0.1831025293520.574291578850.09247470709260.1021820366840.677028684491-0.08381612518210.788323057524-69.2384166469-6.842034529610.6298256933
25.0865169330.661236780044-1.795488609714.25557046936-0.06509397872343.561807839470.196385226834-0.1903359040860.3211772852950.652126933577-0.03876319765640.397240171678-0.1242295052240.00892694088827-0.1577242083850.524357402690.002237675335640.09405833914050.4774984227910.03478638160150.418933738374-39.479799919615.15956776049.31240821718
36.355608086940.121266566138-0.8146470747156.27396446865-1.379959863943.23525504875-0.00695815029987-0.371884425151-0.5486024426810.03064171386470.0542298091732-0.2161729299470.2900471431950.0130767466754-0.07125891911910.4106262893950.03209772704010.007690059033560.4494793137380.0100068402910.374629920165-18.783121463113.6164752239-6.37822461156
44.96823894280.788114570812-1.059917919942.099684478360.1511887420241.63869841928-0.0729574230905-0.2461292879170.2678917648340.128089256480.119666758441-0.185009098812-0.0921967490270.205262410478-0.06184283099490.4271539794760.0199881390836-0.007525349229050.455216364183-0.008704601470380.344601616391-0.10299377990131.1306823064-14.3354554622
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 246 )1 - 2461 - 239
22chain 'A' and (resid 247 through 425 )247 - 425240 - 393
33chain 'A' and (resid 426 through 507 )426 - 507394 - 475
44chain 'A' and (resid 508 through 665 )508 - 665476 - 633

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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