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万見
- PDB-8brb: Polyester Hydrolase Leipzig 7 (PHL7) bound to terephthalic acid (TPA) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8brb
タイトルPolyester Hydrolase Leipzig 7 (PHL7) bound to terephthalic acid (TPA)
要素Polyester Hydrolase Leipzig 7 (PHL-7), catalysis-deficient S131A mutant
キーワードHYDROLASE / PETase / Cutinase / Polyethylene terephthalate / terephthalic acid / TPA / polyester hydrolase
機能・相同性terephthalic acid
機能・相同性情報
生物種unidentified (未定義)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Richter, P.K. / Strater, N.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)358304989 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structure and function of the metagenomic plastic-degrading polyester hydrolase PHL7 bound to its product.
著者: Richter, P.K. / Blazquez-Sanchez, P. / Zhao, Z. / Engelberger, F. / Wiebeler, C. / Kunze, G. / Frank, R. / Krinke, D. / Frezzotti, E. / Lihanova, Y. / Falkenstein, P. / Matysik, J. / ...著者: Richter, P.K. / Blazquez-Sanchez, P. / Zhao, Z. / Engelberger, F. / Wiebeler, C. / Kunze, G. / Frank, R. / Krinke, D. / Frezzotti, E. / Lihanova, Y. / Falkenstein, P. / Matysik, J. / Zimmermann, W. / Strater, N. / Sonnendecker, C.
履歴
登録2022年11月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyester Hydrolase Leipzig 7 (PHL-7), catalysis-deficient S131A mutant
B: Polyester Hydrolase Leipzig 7 (PHL-7), catalysis-deficient S131A mutant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5696
ポリマ－58,0812
非ポリマー4894
水16,394910
1
A: Polyester Hydrolase Leipzig 7 (PHL-7), catalysis-deficient S131A mutant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2853
ポリマ－29,0401
非ポリマー2442
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Polyester Hydrolase Leipzig 7 (PHL-7), catalysis-deficient S131A mutant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2853
ポリマ－29,0401
非ポリマー2442
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.912, 56.510, 101.744
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.11, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Polyester Hydrolase Leipzig 7 (PHL-7), catalysis-deficient S131A mutant


分子量: 29040.262 Da / 分子数: 2 / 変異: S131A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: metagenomic analysis / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-UB7 / terephthalic acid / benzene-1,4-dicarboxylic acid / テレフタル酸


分子量: 166.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H6O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 910 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.91 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 100 mM sodium citrate 20 % (w/v) PEG 4,000 5 % (v/v) 2-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU PhotonJet-R / 波長: 1.5406 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5406 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→21.57 Å / Num. obs: 66097 / % possible obs: 99.84 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.07515 / Rpim(I) all: 0.0303 / Rrim(I) all: 0.08131 / Net I/σ(I): 18.33
反射 シェル解像度: 1.7→1.761 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.4792 / Num. unique obs: 6614 / CC1/2: 0.832 / Rpim(I) all: 0.2392 / Rrim(I) all: 0.537 / % possible all: 99.97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.2精密化
CrysalisPro171.41.112aデータ収集
CrysalisPro171.41.112aデータ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
Coot0.9.2モデル構築
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 7NEI

7nei


解像度: 1.7→21.57 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2059 2978 4.51 %copied from PDB ID: 7NEI
Rwork0.16 ---
obs0.162 66048 99.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→21.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3933 0 32 910 4875
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044181
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7735731
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0211540
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048634
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009781
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.730.2291420.19672980X-RAY DIFFRACTION100
1.73-1.760.271670.19773009X-RAY DIFFRACTION100
1.76-1.790.24121590.19292930X-RAY DIFFRACTION100
1.79-1.820.21881630.18512971X-RAY DIFFRACTION100
1.82-1.860.25461210.18112989X-RAY DIFFRACTION100
1.86-1.90.26021250.22893018X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.950.28841190.23433030X-RAY DIFFRACTION100
1.95-1.990.21131370.17432962X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.050.21781360.1573018X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.110.20981580.15472983X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.180.19361620.14692962X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.250.25571260.19752993X-RAY DIFFRACTION99
2.25-2.340.241060.18463019X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.450.20671440.1493005X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.580.19661420.14493002X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.740.19161280.13743002X-RAY DIFFRACTION100
2.74-2.950.18011500.14583021X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.250.2091460.15133010X-RAY DIFFRACTION100
3.25-3.720.18581360.1433036X-RAY DIFFRACTION100
3.72-4.670.17551410.12883040X-RAY DIFFRACTION100
4.68-21.570.17831700.15593090X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5283-0.0874-0.02480.8441-0.30820.89710.0088-0.0087-0.01540.0560.0090.00160.0174-0.12830.05190.0674-0.0128-0.01870.09490.00080.063413.2033.418743.6593
20.9430.16970.08150.6374-0.10180.68670.0105-0.0959-0.0018-0.0881-0.0124-0.04410.0333-0.0502-0.05210.05470.00150.02250.0546-0.00180.059916.8424-5.04487.0768
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 2 through 260)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 2 through 260)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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