PDB-8br6: Discovery of IRAK4 Inhibitor 40

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8br6

タイトル

Discovery of IRAK4 Inhibitor 40

要素

Interleukin-1 receptor-associated kinase 4

キーワード

TRANSFERASE / IRAK4 / KINASE

機能・相同性

機能・相同性情報

IRAK4 deficiency (TLR5) / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / neutrophil migration / interleukin-33-mediated signaling pathway / toll-like receptor 9 signaling pathway / neutrophil mediated immunity / interleukin-1 receptor binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.167 Å

データ登録者

Schafer, M. / Bothe, U. / Schmidt, N. / Gunther, J. / Nubbemeyer, R. / Siebeneicher, H. / Ring, S. / Boemer, U. / Peters, M. / Denner, K. ...

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Discovery of IRAK4 Inhibitors BAY1834845 (Zabedosertib) and BAY1830839 .
著者: Bothe, U. / Gunther, J. / Nubbemeyer, R. / Siebeneicher, H. / Ring, S. / Bomer, U. / Peters, M. / Rausch, A. / Denner, K. / Himmel, H. / Sutter, A. / Terebesi, I. / Lange, M. / Wengner, A.M. ...

履歴

登録	2022年11月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年1月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8br6.cif.gz	132.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8br6.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8br6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8br6_validation.pdf.gz	962.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8br6_full_validation.pdf.gz	969 KB	表示
XML形式データ	8br6_validation.xml.gz	23.4 KB	表示
CIF形式データ	8br6_validation.cif.gz	31.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/8br6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/8br6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8atbC 8atlC 8atnC 8br5C 8br7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (4) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (2) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (2) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (2) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (1) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (4)
#83 - 2006年11月
フィブリン (Fibrin)
類似性 (2)
#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (1)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (2)
#209 - 2017年5月
組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (2)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (2)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#224 - 2018年8月
レグマイン (Legumain)
類似性 (1)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4

BBB: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4

ヘテロ分子

67.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.7 kDa, 1 ポリマー

2

BBB: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.8 kDa, 1 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.725, 118.573, 138.709
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-1112- HOH

#1: タンパク質	Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 / IRAK-4 / Renal carcinoma antigen NY-REN-64 分子量: 33286.582 Da / 分子数: 2 / 変異: K400A, E401A, E402A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IRAK4 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9NWZ3, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-R6I / ~{N}-[6-methoxy-2-(2-methylsulfonylethyl)-1,3-dihydroindazol-5-yl]-6-(2-oxidanylpropan-2-yl)pyridine-2-carboxamide 分子量: 434.509 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₆N₄O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.82 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1M sodium acetate buffer pH 4.9, 2.13-2.145M sodium malonate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.167→46.303 Å / Num. obs: 38659 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.01 % / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.138 / Net I/σ(I): 10.85
反射シェル	解像度: 2.17→2.3 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.71 / Num. unique obs: 6104 / CC_1/2: 0.651

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: in house model

解像度: 2.167→46.303 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / WR_factor R_free: 0.227 / WR_factor R_work: 0.191 / SU B: 8.099 / SU ML: 0.187 / Average fsc free: 0.8409 / Average fsc work: 0.8539 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.237 / ESU R Free: 0.197 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2513	1932	5.001 %
R_work	0.2133	36701	-
all	0.215	-	-
obs	-	38633	99.634 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.702 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.289 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.981 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.692 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.167→46.303 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4440	0	64	106	4610

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	4594
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4364
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.22	1.657	6216
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.107	1.591	10025
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.009	5	564
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.548	24.133	225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.796	15	818
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.357	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.043	0.2	604
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5136
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	964
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.171	0.2	902
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.167	0.2	4097
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.151	0.2	2206
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	2098
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.119	0.2	140
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.167	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.172	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.014	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.577	3.314	2263
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.576	3.313	2261
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.77	11.154	2818
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.769	11.156	2819
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.251	3.615	2330
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.25	3.616	2331
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.29	11.931	3395
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.289	11.931	3396
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.351	60.2	4992
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.356	60.216	4981

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.167-2.223	0.346	137	0.354	2601	0.353	2828	0.581	0.573	96.8175	0.337
2.223-2.284	0.37	137	0.33	2608	0.332	2747	0.659	0.674	99.9272	0.305
2.284-2.35	0.382	135	0.309	2571	0.312	2711	0.752	0.763	99.8156	0.282
2.35-2.422	0.322	130	0.28	2461	0.282	2593	0.771	0.807	99.9229	0.249
2.422-2.501	0.315	125	0.268	2385	0.271	2514	0.834	0.834	99.8409	0.23
2.501-2.589	0.257	124	0.271	2338	0.27	2467	0.865	0.854	99.7973	0.233
2.589-2.686	0.295	117	0.253	2225	0.255	2344	0.857	0.876	99.9147	0.223
2.686-2.796	0.309	114	0.248	2169	0.251	2284	0.842	0.874	99.9562	0.217
2.796-2.919	0.312	109	0.242	2069	0.245	2178	0.853	0.896	100	0.21
2.919-3.061	0.272	105	0.235	2005	0.236	2113	0.905	0.915	99.858	0.208
3.061-3.226	0.294	99	0.228	1886	0.231	1986	0.89	0.918	99.9496	0.207
3.226-3.421	0.223	96	0.217	1807	0.218	1906	0.935	0.935	99.8426	0.201
3.421-3.655	0.223	89	0.19	1697	0.191	1787	0.946	0.953	99.944	0.18
3.655-3.946	0.173	83	0.162	1581	0.162	1664	0.961	0.965	100	0.154
3.946-4.32	0.182	77	0.142	1470	0.144	1549	0.963	0.97	99.8709	0.139
4.32-4.824	0.202	71	0.153	1331	0.156	1406	0.956	0.971	99.7155	0.152
4.824-5.561	0.267	62	0.19	1178	0.194	1241	0.94	0.951	99.9194	0.188
5.561-6.786	0.289	53	0.211	1026	0.214	1079	0.917	0.946	100	0.206
6.786-9.496	0.2	42	0.164	798	0.165	842	0.953	0.968	99.7625	0.168
9.496-46.303	0.175	27	0.209	495	0.207	530	0.975	0.966	98.4906	0.246

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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